应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 计算晶体怎样减少键长键角的相对误差？怎样确定中心原子周围键的键组成？
51/1返回列表
查看: 1217  |  回复: 4
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

oyljw

至尊木虫 (著名写手)

格物致知Professional

[求助] 计算晶体怎样减少键长键角的相对误差？怎样确定中心原子周围键的键组成？

Sample TextSample Text如题： 计算晶体选择啥样的计算模型能尽量减少键长键角的相对误差？怎样确定中心原子周围键的组成？


以前自己做了个晶体，结构一般，想结合量化计算发个很小的杂志。原来用半经验软件MOPAC用PM3计算http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2117576

投稿快一年了，现在编辑来信说：
The application of the PM3 method to a single molecule of medium size is not acceptable.
I suggest that authors perform ab initio calculations and NBO analysis, in order to provide bond orders, net charges, and compositions of the bonds around Zn. The calculated bond lengths and bond angles should be included in Table 1. The relative errors for bond lengths and bond angles should be calculated. The low values for the errors (< 1%) should support the applicability of the computational model.

我改用高斯从头算，现在的问题是：
1.如何在高斯的log文件中provide compositions of the bonds around Zn.需要找哪个关键词。
2.计算键长键角相对误差，我用b3lyp+自定义机组（输入文件在下面注释中）计算得出结果后，应该对中心原子周围的主要的键长键角进行计算相对误差，以键长相对误差为例：键长相对误差=(晶体结构键长数据-计算的键长数据)的绝对值/晶体结构键长数据  X100%  这样做对吗？请指正。
另外，编辑说The low values for the errors (< 1%) should support the applicability of the computational model.低的误差(< 1%) 表明计算模型适用。我用b3lyp+自定义机组得到的结果相对误差都大于1%（最大的19.51%，最小的1.15%）是不是说明我的方法基组不合适？如果不合适应该换用什么基组？甚至用什么软件更好？





注释：我的输入文件为
%chk=aa.chk
%mem=2500MB
%nprocshared=8
#p opt freq b3lyp/genecp pop=NBOread

CSD ENTRY aa

0 1
Zn
N                  1    2.34247177
N                  1    2.26583009    2   74.67133567
N                  1    2.26470418    3  108.45387328    2  -84.27206505    0
N                  1    2.33272502    4   74.75545221    2  160.99037416    0
N                  3    2.17823069    1  148.25169943    4  -86.55567440    0
H                  6    0.86092684    3  160.41542137    1   -1.01784456    0
N                  4    2.20504647    1  147.50844368    3  -96.89107326    0
H                  8    0.86012208    4  160.80157179    1    8.22173323    0
N                  2    2.20403925    1  144.49312508    4  118.34174000    0
H                 10    0.85948066    2  159.86688321    1   -4.67754538    0
N                  5    2.19585177    1  145.31437552    4   -2.31310391    0
H                 12    0.85905646    5  160.71415979    1    7.78773274    0
O                  1    2.26530550    4  165.05672296    8   73.65400787    0
O                  1    2.32188738    4   87.36376751    8   89.42200324    0
O                 14    2.21802187    1  127.16598495    4   -3.87840996    0
O                 15    2.20426155    1  131.98817650    4   60.68101982    0
C                  8    1.36535783    4   72.37628372    1 -170.55864504    0
H                 18    0.92910710    8  126.28865769    4 -179.25965044    0
C                  4    1.31792299    1  112.56362863   14   80.11781918    0
C                  2    1.37645487    1  143.65164353    4  -72.08145626    0
H                 21    0.92798761    2  125.36748534    1    6.25531045    0
C                 17    2.37046936   15   62.48969697    1   82.92040062    0
C                  5    1.32101855    1  110.41221636    4    1.02756083    0
C                  6    1.37106163    3   73.33731042    1  179.37514784    0
H                 25    0.93157233    6  127.24743374    3  179.81070515    0
C                 10    1.37825578    2   73.88690557    1  173.66505552    0
H                 27    0.92993817   10  127.37067947    2  179.92442106    0
C                 23    1.39411978   17   92.06842273   15 -168.68933121    0
H                 29    0.92997258   23  119.51905308   17    1.41090098    0
C                 29    1.37268604   23  121.03945760   17 -178.64582025    0
H                 31    0.92937237   29  120.44902562   23 -177.30992652    0
C                 25    1.35085826    6  105.44858219    3   -0.11328181    0
H                 33    0.92967682   25  124.98905021    6 -179.74821115    0
C                 17    1.23806098   15   29.12935628    1   84.24421924    0
C                 31    1.39838837   29  119.24370484   23    2.64235067    0
H                 36    0.93014515   31  120.28024937   29 -179.27820822    0
C                 23    1.39360863   17  147.87132833   15   21.01926127    0
C                  2    1.31646990    1  110.27011083    4  113.83472528    0
C                 16    1.22801832   14   28.56196567    1   79.99893105    0
C                  3    1.31382114    1  113.69408285    4  -86.82019555    0
C                  5    1.37841939    1  143.49945056    4 -172.33062941    0
H                 42    0.93078945    5  125.55868867    1   -6.13936993    0
C                 36    1.36194457   31  119.67088988   29    0.77534788    0
H                 44    0.93133560   36  118.94760131   31  177.72557813    0
C                 42    1.34835195    5  108.87826344    1  173.68511212    0
H                 46    0.92933202   42  126.34591429    5 -179.63740854    0
C                 18    1.34070764    8  107.49813937    4    0.72070981    0
H                 48    0.92983708   18  125.26220807    8  178.75375593    0

C H N O 0
6-31g(d)
****
Zn  0
Lanl2dz
****

Zn  0
$nbo bndidx $end


对我上面的两个问题 我该怎样处理？麻烦高手出招！！谢谢！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
独立之精神自由之思想
1楼2011-07-20 09:12:19
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

涂易

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

oyljw(金币+4): 谢谢提醒 2011-07-20 09:57:11
你的分子中  有很多共轭体系  最好加上弥散函数和极化函数，你用posmol打开输出文件 可以知道哪些原子间形成键 及键矩等信息 不过键已经形式化了  不能区分单双键
赞一下 回复此楼
首孝悌，次谨信，泛爱众，而亲人，有余力，则学文
2楼2011-07-20 09:53:48
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oyljw

至尊木虫 (著名写手)

格物致知Professional
引用回帖:
Originally posted by 涂易 at 2011-07-20 09:53:48:
你的分子中  有很多共轭体系  最好加上弥散函数和极化函数，你用posmol打开输出文件 可以知道哪些原子间形成键 及键矩等信息 不过键已经形式化了  不能区分单双键

请问 极化是加d呢 还是d，p呢
弥散是加+，还是++？
C H N O 0
6-31g(d)
****
Zn  0
Lanl2dz
****

Zn  0


改成
C H N O 0
6-311++g(d，p)
****
Zn  0
Lanl2dz
****

Zn  0

可以吗？还是对氢有特殊的要求？我根基不好请帮助指正 谢谢
赞一下 回复此楼
独立之精神自由之思想
3楼2011-07-20 10:45:22
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

涂易

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
oyljw(金币+2): 2011-07-20 14:03:41
gmy1990(金币+2): 谢谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-20 21:55:48
对于有孤电子体系和共轭体系的  分子在选择基组上最好加上弥散和极化函数如：6-31G+(d)，是在6-31G（d)的基础上对重原子添加弥散函数；6-31G++（d)是在6-31G+（d)的基础上对H添加弥散函数；6-31G（d，p)的意思是对6-31G的基础上对重原子加一个d函数，对H添加一个p函数，就是分别添加了极化函数；除了H元素外，其他都简称重元素
赞一下(1人) 回复此楼
首孝悌，次谨信，泛爱众，而亲人，有余力，则学文
4楼2011-07-20 11:12:50
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oyljw

至尊木虫 (著名写手)

格物致知Professional
非常感谢
回复此楼
独立之精神自由之思想
5楼2011-08-12 20:39:00
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 oyljw 的主题更新
51/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 两个月二审还没完成 +7 建议Accept 2024-06-29 10/500 2024-07-01 08:09 by zxc1971zxc
[基金申请] 科研之友最近访客那出现来自北京的未知用户，什么情况？ +17 lihangshi 2024-06-28 42/2100 2024-07-01 07:48 by ericshine
[基金申请] 2024 年国社科基金上会知道比例？ +3 wlsysq 2024-06-30 4/200 2024-06-30 22:24 by wlsysq
[药学] 大佬们来讨论下，为什么分子里加入了有毒性的官能团分子反而没毒了 +4 HF111001 2024-06-24 6/300 2024-06-30 16:02 by HF111001
[访问学者] no news is good news +8 wyjecho666 2024-06-29 12/600 2024-06-30 13:49 by chang_jiang
[基金申请] 博后基金意难平…… +17 kkll2025 2024-06-29 21/1050 2024-06-30 10:40 by 超级无敌华子
[基金申请] 今年国自必中，不中回家种田 +11 wutzxt 2024-06-28 12/600 2024-06-30 09:06 by shl2112501
[博后之家] 75批博士后面上项目公布了 +4 ishow1989 2024-06-28 5/250 2024-06-30 00:58 by ishow1989
[基金申请] 青拔答辩通知出来了 +5 5011fudan 2024-06-28 5/250 2024-06-29 15:59 by Agela1129
[基金申请] 统计一波计分系数 +5 lyfbangong 2024-06-28 6/300 2024-06-29 13:30 by lddscut
[考博] 30岁 想读非全博，求建议 +7 八千里路云雨泥 2024-06-27 19/950 2024-06-29 11:24 by 八千里路云雨泥
[基金申请] 出结果了 +25 wuyue526 2024-06-28 31/1550 2024-06-29 00:16 by wjl_135
[基金申请] 恳请大家帮我看看如何提高 +10 drwuwenhan 2024-06-28 13/650 2024-06-28 22:14 by 好人与坏人
[基金申请] 有当年结题的在研国基对申请影响大不大 1+4 sunjc 2024-06-28 13/650 2024-06-28 17:09 by lijian7338
[基金申请] 青年基金E02口青基去年几个函评专家？ +6 他山攻玉之石 2024-06-25 9/450 2024-06-26 15:09 by 他山攻玉之石
[有机交流] 酚羟基甲基化 10+4 A好运来啦啦啦 2024-06-25 6/300 2024-06-26 10:08 by 88817753
[基金申请] 今天能不能出来名单 +8 地理学1995 2024-06-25 10/500 2024-06-26 09:46 by msjy
[考博] 申博好难 +6 自强不息a?a 2024-06-24 6/300 2024-06-25 23:02 by 考研吒儿
[有机交流] 对苯乙烯磺酰氯的合成机理 10+3 该死的科研 2024-06-24 5/250 2024-06-25 17:30 by 王学士
[基金申请] 说博后基金7月出的真打电话了吗？ +12 antonysole 2024-06-24 14/700 2024-06-24 13:39 by sizhouyi
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭