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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 计算晶体怎样减少键长键角的相对误差？怎样确定中心原子周围键的键组成？
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional

[求助] 计算晶体怎样减少键长键角的相对误差？怎样确定中心原子周围键的键组成？

Sample TextSample Text如题： 计算晶体选择啥样的计算模型能尽量减少键长键角的相对误差？怎样确定中心原子周围键的组成？


以前自己做了个晶体，结构一般，想结合量化计算发个很小的杂志。原来用半经验软件MOPAC用PM3计算http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2117576

投稿快一年了，现在编辑来信说：
The application of the PM3 method to a single molecule of medium size is not acceptable.
I suggest that authors perform ab initio calculations and NBO analysis, in order to provide bond orders, net charges, and compositions of the bonds around Zn. The calculated bond lengths and bond angles should be included in Table 1. The relative errors for bond lengths and bond angles should be calculated. The low values for the errors (< 1%) should support the applicability of the computational model.

我改用高斯从头算，现在的问题是：
1.如何在高斯的log文件中provide compositions of the bonds around Zn.需要找哪个关键词。
2.计算键长键角相对误差，我用b3lyp+自定义机组（输入文件在下面注释中）计算得出结果后，应该对中心原子周围的主要的键长键角进行计算相对误差，以键长相对误差为例：键长相对误差=(晶体结构键长数据-计算的键长数据)的绝对值/晶体结构键长数据  X100%  这样做对吗？请指正。
另外，编辑说The low values for the errors (< 1%) should support the applicability of the computational model.低的误差(< 1%) 表明计算模型适用。我用b3lyp+自定义机组得到的结果相对误差都大于1%（最大的19.51%，最小的1.15%）是不是说明我的方法基组不合适？如果不合适应该换用什么基组？甚至用什么软件更好？





注释：我的输入文件为
%chk=aa.chk
%mem=2500MB
%nprocshared=8
#p opt freq b3lyp/genecp pop=NBOread

CSD ENTRY aa

0 1
Zn
N                  1    2.34247177
N                  1    2.26583009    2   74.67133567
N                  1    2.26470418    3  108.45387328    2  -84.27206505    0
N                  1    2.33272502    4   74.75545221    2  160.99037416    0
N                  3    2.17823069    1  148.25169943    4  -86.55567440    0
H                  6    0.86092684    3  160.41542137    1   -1.01784456    0
N                  4    2.20504647    1  147.50844368    3  -96.89107326    0
H                  8    0.86012208    4  160.80157179    1    8.22173323    0
N                  2    2.20403925    1  144.49312508    4  118.34174000    0
H                 10    0.85948066    2  159.86688321    1   -4.67754538    0
N                  5    2.19585177    1  145.31437552    4   -2.31310391    0
H                 12    0.85905646    5  160.71415979    1    7.78773274    0
O                  1    2.26530550    4  165.05672296    8   73.65400787    0
O                  1    2.32188738    4   87.36376751    8   89.42200324    0
O                 14    2.21802187    1  127.16598495    4   -3.87840996    0
O                 15    2.20426155    1  131.98817650    4   60.68101982    0
C                  8    1.36535783    4   72.37628372    1 -170.55864504    0
H                 18    0.92910710    8  126.28865769    4 -179.25965044    0
C                  4    1.31792299    1  112.56362863   14   80.11781918    0
C                  2    1.37645487    1  143.65164353    4  -72.08145626    0
H                 21    0.92798761    2  125.36748534    1    6.25531045    0
C                 17    2.37046936   15   62.48969697    1   82.92040062    0
C                  5    1.32101855    1  110.41221636    4    1.02756083    0
C                  6    1.37106163    3   73.33731042    1  179.37514784    0
H                 25    0.93157233    6  127.24743374    3  179.81070515    0
C                 10    1.37825578    2   73.88690557    1  173.66505552    0
H                 27    0.92993817   10  127.37067947    2  179.92442106    0
C                 23    1.39411978   17   92.06842273   15 -168.68933121    0
H                 29    0.92997258   23  119.51905308   17    1.41090098    0
C                 29    1.37268604   23  121.03945760   17 -178.64582025    0
H                 31    0.92937237   29  120.44902562   23 -177.30992652    0
C                 25    1.35085826    6  105.44858219    3   -0.11328181    0
H                 33    0.92967682   25  124.98905021    6 -179.74821115    0
C                 17    1.23806098   15   29.12935628    1   84.24421924    0
C                 31    1.39838837   29  119.24370484   23    2.64235067    0
H                 36    0.93014515   31  120.28024937   29 -179.27820822    0
C                 23    1.39360863   17  147.87132833   15   21.01926127    0
C                  2    1.31646990    1  110.27011083    4  113.83472528    0
C                 16    1.22801832   14   28.56196567    1   79.99893105    0
C                  3    1.31382114    1  113.69408285    4  -86.82019555    0
C                  5    1.37841939    1  143.49945056    4 -172.33062941    0
H                 42    0.93078945    5  125.55868867    1   -6.13936993    0
C                 36    1.36194457   31  119.67088988   29    0.77534788    0
H                 44    0.93133560   36  118.94760131   31  177.72557813    0
C                 42    1.34835195    5  108.87826344    1  173.68511212    0
H                 46    0.92933202   42  126.34591429    5 -179.63740854    0
C                 18    1.34070764    8  107.49813937    4    0.72070981    0
H                 48    0.92983708   18  125.26220807    8  178.75375593    0

C H N O 0
6-31g(d)
****
Zn  0
Lanl2dz
****

Zn  0
$nbo bndidx $end


对我上面的两个问题 我该怎样处理？麻烦高手出招！！谢谢！！
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独立之精神自由之思想
1楼2011-07-20 09:12:19
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涂易

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

oyljw(金币+4): 谢谢提醒 2011-07-20 09:57:11
你的分子中  有很多共轭体系  最好加上弥散函数和极化函数，你用posmol打开输出文件 可以知道哪些原子间形成键 及键矩等信息 不过键已经形式化了  不能区分单双键
赞一下 回复此楼
首孝悌，次谨信，泛爱众，而亲人，有余力，则学文
2楼2011-07-20 09:53:48
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional
引用回帖:
Originally posted by 涂易 at 2011-07-20 09:53:48:
你的分子中  有很多共轭体系  最好加上弥散函数和极化函数，你用posmol打开输出文件 可以知道哪些原子间形成键 及键矩等信息 不过键已经形式化了  不能区分单双键

请问 极化是加d呢 还是d，p呢
弥散是加+，还是++？
C H N O 0
6-31g(d)
****
Zn  0
Lanl2dz
****

Zn  0


改成
C H N O 0
6-311++g(d，p)
****
Zn  0
Lanl2dz
****

Zn  0

可以吗？还是对氢有特殊的要求？我根基不好请帮助指正 谢谢
赞一下 回复此楼
独立之精神自由之思想
3楼2011-07-20 10:45:22
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涂易

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
oyljw(金币+2): 2011-07-20 14:03:41
gmy1990(金币+2): 谢谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-20 21:55:48
对于有孤电子体系和共轭体系的  分子在选择基组上最好加上弥散和极化函数如：6-31G+(d)，是在6-31G（d)的基础上对重原子添加弥散函数；6-31G++（d)是在6-31G+（d)的基础上对H添加弥散函数；6-31G（d，p)的意思是对6-31G的基础上对重原子加一个d函数，对H添加一个p函数，就是分别添加了极化函数；除了H元素外，其他都简称重元素
赞一下(1人) 回复此楼
首孝悌，次谨信，泛爱众，而亲人，有余力，则学文
4楼2011-07-20 11:12:50
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oyljw

至尊木虫 (职业作家)

格物致知Professional
非常感谢
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独立之精神自由之思想
5楼2011-08-12 20:39:00
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