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oyljw至尊木虫 (著名写手)
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计算晶体怎样减少键长键角的相对误差？怎样确定中心原子周围键的键组成？
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Sample TextSample Text如题： 计算晶体选择啥样的计算模型能尽量减少键长键角的相对误差？怎样确定中心原子周围键的组成？ 以前自己做了个晶体，结构一般，想结合量化计算发个很小的杂志。原来用半经验软件MOPAC用PM3计算http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2117576 投稿快一年了，现在编辑来信说： The application of the PM3 method to a single molecule of medium size is not acceptable. I suggest that authors perform ab initio calculations and NBO analysis, in order to provide bond orders, net charges, and compositions of the bonds around Zn. The calculated bond lengths and bond angles should be included in Table 1. The relative errors for bond lengths and bond angles should be calculated. The low values for the errors (< 1%) should support the applicability of the computational model. 我改用高斯从头算，现在的问题是： 1.如何在高斯的log文件中provide compositions of the bonds around Zn.需要找哪个关键词。 2.计算键长键角相对误差，我用b3lyp+自定义机组（输入文件在下面注释中）计算得出结果后，应该对中心原子周围的主要的键长键角进行计算相对误差，以键长相对误差为例：键长相对误差=(晶体结构键长数据-计算的键长数据)的绝对值/晶体结构键长数据 X100% 这样做对吗？请指正。 另外，编辑说The low values for the errors (< 1%) should support the applicability of the computational model.低的误差(< 1%) 表明计算模型适用。我用b3lyp+自定义机组得到的结果相对误差都大于1%（最大的19.51%，最小的1.15%）是不是说明我的方法基组不合适？如果不合适应该换用什么基组？甚至用什么软件更好？ 注释：我的输入文件为 %chk=aa.chk %mem=2500MB %nprocshared=8 #p opt freq b3lyp/genecp pop=NBOread CSD ENTRY aa 0 1 Zn N 1 2.34247177 N 1 2.26583009 2 74.67133567 N 1 2.26470418 3 108.45387328 2 -84.27206505 0 N 1 2.33272502 4 74.75545221 2 160.99037416 0 N 3 2.17823069 1 148.25169943 4 -86.55567440 0 H 6 0.86092684 3 160.41542137 1 -1.01784456 0 N 4 2.20504647 1 147.50844368 3 -96.89107326 0 H 8 0.86012208 4 160.80157179 1 8.22173323 0 N 2 2.20403925 1 144.49312508 4 118.34174000 0 H 10 0.85948066 2 159.86688321 1 -4.67754538 0 N 5 2.19585177 1 145.31437552 4 -2.31310391 0 H 12 0.85905646 5 160.71415979 1 7.78773274 0 O 1 2.26530550 4 165.05672296 8 73.65400787 0 O 1 2.32188738 4 87.36376751 8 89.42200324 0 O 14 2.21802187 1 127.16598495 4 -3.87840996 0 O 15 2.20426155 1 131.98817650 4 60.68101982 0 C 8 1.36535783 4 72.37628372 1 -170.55864504 0 H 18 0.92910710 8 126.28865769 4 -179.25965044 0 C 4 1.31792299 1 112.56362863 14 80.11781918 0 C 2 1.37645487 1 143.65164353 4 -72.08145626 0 H 21 0.92798761 2 125.36748534 1 6.25531045 0 C 17 2.37046936 15 62.48969697 1 82.92040062 0 C 5 1.32101855 1 110.41221636 4 1.02756083 0 C 6 1.37106163 3 73.33731042 1 179.37514784 0 H 25 0.93157233 6 127.24743374 3 179.81070515 0 C 10 1.37825578 2 73.88690557 1 173.66505552 0 H 27 0.92993817 10 127.37067947 2 179.92442106 0 C 23 1.39411978 17 92.06842273 15 -168.68933121 0 H 29 0.92997258 23 119.51905308 17 1.41090098 0 C 29 1.37268604 23 121.03945760 17 -178.64582025 0 H 31 0.92937237 29 120.44902562 23 -177.30992652 0 C 25 1.35085826 6 105.44858219 3 -0.11328181 0 H 33 0.92967682 25 124.98905021 6 -179.74821115 0 C 17 1.23806098 15 29.12935628 1 84.24421924 0 C 31 1.39838837 29 119.24370484 23 2.64235067 0 H 36 0.93014515 31 120.28024937 29 -179.27820822 0 C 23 1.39360863 17 147.87132833 15 21.01926127 0 C 2 1.31646990 1 110.27011083 4 113.83472528 0 C 16 1.22801832 14 28.56196567 1 79.99893105 0 C 3 1.31382114 1 113.69408285 4 -86.82019555 0 C 5 1.37841939 1 143.49945056 4 -172.33062941 0 H 42 0.93078945 5 125.55868867 1 -6.13936993 0 C 36 1.36194457 31 119.67088988 29 0.77534788 0 H 44 0.93133560 36 118.94760131 31 177.72557813 0 C 42 1.34835195 5 108.87826344 1 173.68511212 0 H 46 0.92933202 42 126.34591429 5 -179.63740854 0 C 18 1.34070764 8 107.49813937 4 0.72070981 0 H 48 0.92983708 18 125.26220807 8 178.75375593 0 C H N O 0 6-31g(d) **** Zn 0 Lanl2dz **** Zn 0 $nbo bndidx $end 对我上面的两个问题 我该怎样处理？麻烦高手出招！！谢谢！！ |
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