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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【讨论】【求助】固定键长优化，成功收敛；不固定键长放开全优化不收敛？
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xiafuting

新虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】【求助】固定键长优化，成功收敛；不固定键长放开全优化不收敛？

一条反应途径的各个稳定点在气相中优化都成功收敛。但审稿人要求在溶液中优化。
其中的一个过渡态在溶液中优化时总是往该过渡态链接的前一个中间体或后一个中间体跑。
于是我将这个过渡态的关键键长固定（使它不跑向任何一个中间体）后优化，成功收敛，虚频震动模式也对。
可是把固定的键长放开再全优化，又跑向中间体了。而且离收敛标准也远。请问在放开后优化有什么技巧吗？
我的输入是
%nproc=4
%mem=3400mb
# ub3lyp/6-31++g(df,p) opt(ts,calcfc,maxcycle=300,notrustupdate,noeigen) scf(maxcycle=400) iop(1/8=1) freq=noraman scrf=(solvent=water,pcm,read) test nosymm
在气相中优化时此过渡态很容易收敛的，为何加了PCM后，改变这么大呢？
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1楼 2010-10-29 12:27:03
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
xiafuting(金币+2): 2010-10-29 14:19:35
zhou2009(金币+1): 2010-10-29 15:11:15
有溶剂作用啊 说明溶剂化下的ts结构与气相的ts结构有差异的
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惺惺相惜情不自禁
2楼2010-10-29 13:08:07
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xiafuting

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-10-29 13:08:07:
有溶剂作用啊 说明溶剂化下的ts结构与气相的ts结构有差异的

恩。我也这样觉得。可气相中成功优化出来的过渡态怎么看怎么顺眼，一放到PCM下优化就跑向中间体了。现在要在溶液中重新找过渡态，好难重新设计初始结构哦。
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3楼2010-10-29 14:19:13
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ykwang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
xiafuting(金币+1):谢谢参与
xiafuting(金币+1): 2010-10-29 14:37:22
zhou2009(金币+2): 2010-10-29 15:12:20
xiafuting(金币+2): 2010-10-29 15:35:21
如果你用的是Gaussian03就别费劲了，能收敛是你的运气，不收敛才是常态。因为其溶液优化算法存在明显的缺陷（尽管Gaussian程序员不愿承认）。Gaussian09没有仔细研究过，但据说有了明显改进，特别是在溶剂参数方面的改进比较大，可以去试一试。
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Nothing_Is_Impossible!
4楼2010-10-29 14:21:00
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★ ★
xiafuting(金币+1):谢谢参与
xiafuting(金币+1): 2010-10-29 14:36:45
zhou2009(金币+1): 2010-10-29 15:12:55
有两种办法，一是偷懒的办法在气象中优化然后做个溶剂化效应的单点。二是在初始模型中引入溶剂分子，这个完全靠经验了。
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惺惺相惜情不自禁
5楼2010-10-29 14:25:00
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xiafuting

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-10-29 14:25:00:
有两种办法，一是偷懒的办法在气象中优化然后做个溶剂化效应的单点。二是在初始模型中引入溶剂分子，这个完全靠经验了。

呵呵，太凑巧了。
我投出去的文章就是在气相中做了优化，然后溶液中做的单点，但审稿人说不够，要在溶液中优化。而且两个审稿人都这样说，别无选择啊。呵呵！
另外，我的初始模型中就引入了6个水溶剂分子的。因为是水解反应，而且体系带负电荷，我在模型中加了6个显性水溶剂分子的，优化了，然后只用PCM做单点。
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6楼2010-10-29 14:36:15
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xiafuting

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-10-29 14:21:00:
如果你用的是Gaussian03就别费劲了，能收敛是你的运气，不收敛才是常态。因为其溶液优化算法存在明显的缺陷（尽管Gaussian程序员不愿承认）。Gaussian09没有仔细研究过，但据说有了明显改进，特别是在溶剂参数方面 ...

谢谢了。我就是用的Gaussian03，可这是两个审稿人都这样要求……
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7楼2010-10-29 14:38:56
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
引用回帖:
Originally posted by xiafuting at 2010-10-29 14:36:15:

呵呵，太凑巧了。
我投出去的文章就是在气相中做了优化，然后溶液中做的单点，但审稿人说不够，要在溶液中优化。而且两个审稿人都这样说，别无选择啊。呵呵！
另外，我的初始模型中就引入了6个水溶剂分子的。 ...

我觉得你引入了6个水溶剂分子了，审稿人还需要你做溶剂化？太苛刻了吧。你用的基组是什么
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惺惺相惜情不自禁
8楼2010-10-29 15:22:36
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xiafuting

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-10-29 15:22:36:

我觉得你引入了6个水溶剂分子了，审稿人还需要你做溶剂化？太苛刻了吧。你用的基组是什么

优化：B3LYP/6-31++G(df,p)
单点能：PCM-MP2/6-311++G(df,2p)
刚跟老板讨论了下，觉得可能溶液中的机理与气相中的不一样，在溶液中要重新设计反应机理。
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9楼2010-10-29 15:28:18
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xiafuting

新虫 (小有名气)
投的JCC，在论坛上看到说JCC对文章要求计算很全面和严谨，看来是真的啊。
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10楼2010-10-29 15:30:21
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