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【求助/交流】同源克隆设计的引物Tm值过低怎么办
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xnbioinfor
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[交流]
【求助/交流】同源克隆设计的引物Tm值过低怎么办
计算Tm值是否要考虑酶切序列和保护碱基,我的引物Tm值过低,怎么想办法提高呢?望指点
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2011-02-27 09:08:16
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rainwander(金币+1): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-02-27 16:37:07
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Originally posted by
xnbioinfor
at 2011-02-27 13:50:44:
一般Tm 值多少比较合适
看你是用来干嘛了,
Tm值高一般意味这引物比较长,特异性较好。所以如果在你从基因组中扩基因的话,需要将Tm设置高一点,55-65都是可以的。
比如我经常做表达截断的克隆,原本就是连在载体上的,这时候载体满满才5-6kb,所以一般15个bp的引物扩出来特异性都很高。这种情况下,就没有必要合成那么长的引物了。
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9楼
2011-02-27 13:53:38
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xnbioinfor(金币+1): 2011-02-27 12:56:27
rainwander(金币+1): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-02-27 16:36:33
Tm值的计算只考虑能够配对的部分,保护碱基一般不予考虑,酶切位点分情况。
你的引物才17bp啊,可以继续延长啊。
[
Last edited by brightfuture01 on 2011-2-27 at 11:19
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2011-02-27 11:18:19
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Originally posted by
brightfuture01
at 2011-02-27 11:18:19:
Tm值的计算只考虑能够配对的部分,保护碱基一般不予考虑,酶切位点分情况。
你的引物才17bp啊,可以继续延长啊。
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Last edited by brightfuture01 on 2011-2-27 at 11:19
]
引物合成清单上的Tm 难道不算保护碱基和酶切位点吗
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2011-02-27 13:00:41
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xnbioinfor(金币
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):谢谢参与
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Originally posted by
xnbioinfor
at 2011-02-27 13:00:41:
引物合成清单上的Tm 难道不算保护碱基和酶切位点吗
呵呵,保护碱基在退火的时候会和模板结合么?
不结合当然不算了。
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2011-02-27 13:27:24
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