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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】DNA提取方法（用于PCR-DGGE）
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vanewan

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】DNA提取方法（用于PCR-DGGE）

我是环境专业的，课题做到这里导师要我用PCR-DGGE生物技术来做菌群分析。
    我的反应器是陶粒反应器，具体的就是在陶粒上负载吸附了能处理特定污染物的菌体,导师让我每个实验阶段都取样去做优势菌群分析。
    请问各位大虾我这个情况，要提取菌的DNA要用怎样的方法？还有陶粒上的微生物怎样才能全部洗脱下来做菌群分析？
    在生物方面我只知道皮毛，劳请各位生物方面做过这方面研究的同仁们了！
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1楼 2011-02-24 17:20:57
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在雨中

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
rainwander(金币+3): 鼓励积极参与交流~~~ 2011-02-27 16:40:59
vanewan(金币+2): 2011-02-27 16:52:06
引用回帖:
Originally posted by vanewan at 2011-02-26 18:11:10:
谢谢你的回答，做DGGE有两种凝胶，一种是变性琼脂糖凝胶，一种是变性聚丙烯酰胺凝胶，我做的是细菌总DNA的鉴定，请问用哪种凝胶好点？我也不知道它的DNA长度有多长

DGGE就是聚丙烯酰胺凝胶电泳的简称嘛。我没有听说过还有“变性琼脂糖凝胶”这个种DGGE胶。。
DGGE方法有其限制，所使用的PCR产物，带GC夹，长度只有小于500bp的PCR产物才能得到最后的分离。所以这么短的PCR产物所包含的序列信息是有限的。很多不同条带测序后的结果竟然是同一物种。。
如果你做细菌的话，可以用下比较长的引物做DGGE，比如引物341F和907R，这个扩增产物较长，但有时DGGE不怎么好看，因为PCR产物分离的不彻底，太长了。
如果想得到很好看的细菌图谱，就用338F和518R吧，这个只有180bp的PCR片段在DGGE的时候会得到最彻底的分离。
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7楼2011-02-27 13:43:45
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glidingwater

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
翱宇(金币+1): 鼓励新虫 2011-02-24 19:46:13
amisking(金币+2): 鼓励发帖交流。 2011-02-24 19:48:07
vanewan(金币+10): 2011-02-26 18:11:40
使用试剂盒提取总DNA,然后进行PCR，就是做个16s rRNA基因高可变片段的扩增，每种菌虽具有相同长度但具有碱基不同组合的片段，然后进行DGGE，得到条带的多样性，就是菌群的多样性了。
条带粗细的变化反应着优势菌群的变化

[ Last edited by glidingwater on 2011-2-24 at 19:09 ]
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2楼2011-02-24 18:46:41
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vanewan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by glidingwater at 2011-02-24 18:46:41:
使用试剂盒提取总DNA,然后进行PCR，就是做个16s rRNA基因高可变片段的扩增，每种菌虽具有相同长度但具有碱基不同组合的片段，然后进行DGGE，得到条带的多样性，就是菌群的多样性了。
条带粗细的变化反应着优势菌 ...

谢谢你的回答，再问下做RNA和DNA扩增有什么区别，哪个更好或者更简便？
有必要做GC夹板吗？
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3楼2011-02-25 10:05:45
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glidingwater

银虫 (小有名气)
★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励交流 2011-02-26 08:56:35
vanewan(金币+3): 2011-02-26 18:11:30
RNA目前似乎是难以扩增的
若要增加其量，还需反转录为DNA进行扩增的
引物有必要加上GC-clamp。
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4楼2011-02-25 22:14:42
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