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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】DNA提取方法（用于PCR-DGGE）
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vanewan

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】DNA提取方法（用于PCR-DGGE）

我是环境专业的，课题做到这里导师要我用PCR-DGGE生物技术来做菌群分析。
    我的反应器是陶粒反应器，具体的就是在陶粒上负载吸附了能处理特定污染物的菌体,导师让我每个实验阶段都取样去做优势菌群分析。
    请问各位大虾我这个情况，要提取菌的DNA要用怎样的方法？还有陶粒上的微生物怎样才能全部洗脱下来做菌群分析？
    在生物方面我只知道皮毛，劳请各位生物方面做过这方面研究的同仁们了！
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1楼 2011-02-24 17:20:57
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vanewan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by glidingwater at 2011-02-24 18:46:41:
使用试剂盒提取总DNA,然后进行PCR，就是做个16s rRNA基因高可变片段的扩增，每种菌虽具有相同长度但具有碱基不同组合的片段，然后进行DGGE，得到条带的多样性，就是菌群的多样性了。
条带粗细的变化反应着优势菌 ...

谢谢你的回答，再问下做RNA和DNA扩增有什么区别，哪个更好或者更简便？
有必要做GC夹板吗？
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3楼2011-02-25 10:05:45
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vanewan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-02-26 10:32:49:
如果做DGGE的话，什么样的提取方法不重要吧？只要提取的质量好。
如果做细菌的，可以使用V3区的引物 GC338F和518R这对，做DGGE最好看。
如果做真菌的话，可以使用GCFung 和NS1。
GC是GC夹子的意思。做DGGE肯定 ...

谢谢你的回答，做DGGE有两种凝胶，一种是变性琼脂糖凝胶，一种是变性聚丙烯酰胺凝胶，我做的是细菌总DNA的鉴定，请问用哪种凝胶好点？我也不知道它的DNA长度有多长
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6楼2011-02-26 18:11:10
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vanewan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-02-27 13:43:45:
DGGE就是聚丙烯酰胺凝胶电泳的简称嘛。我没有听说过还有“变性琼脂糖凝胶”这个种DGGE胶。。
DGGE方法有其限制，所使用的PCR产物，带GC夹，长度只有小于500bp的PCR产物才能得到最后的分离。所以这么短的PCR产 ...

谢谢，接着请问，我用超声波破碎法使陶粒上的微生物洗脱下来，对后续做电泳有没有影响？对DNA片段有没有影响？
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9楼2011-02-27 17:01:51
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vanewan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-02-27 21:15:44:
我常用蛋白酶K-CTAB法提取环境样品中的DNA，超声波破碎法实验室的前辈有人尝试过，据说效果也就那样，可能跟样品特性有关。
我觉得如果你超声时间和强度把握好的话，对DNA片度是没有多大影响的。
你可以用超声 ...

谢谢！感激不尽！
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11楼2011-02-28 14:32:31
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vanewan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-02-27 21:15:44:
我常用蛋白酶K-CTAB法提取环境样品中的DNA，超声波破碎法实验室的前辈有人尝试过，据说效果也就那样，可能跟样品特性有关。
我觉得如果你超声时间和强度把握好的话，对DNA片度是没有多大影响的。
你可以用超声 ...

你好，再请问DGGE的变性梯度凝胶怎么做啊？在一般的制胶器上面能做吗？
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12楼2011-03-01 11:07:59
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vanewan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-03-01 11:25:51:
我们实验室是Bio-Rad公司的DGGE系统。胶是那个滚轴进样器做的呀

哦，了解了，那一般的制胶器是做不了了
如果我要做细菌菌群分析一定要用DGGE吗？可以做蛋白质分析吗？出同样效果的话
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14楼2011-03-01 11:30:05
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vanewan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 在雨中 at 2011-03-01 12:28:19:
没有做过蛋白质，貌似有点难度。
细菌群落分析的话那你使用的方法必须是专门针对细菌的呀？
很多分子方法可能做的话把真菌，放线菌等也做出来了。。。

好的，非常感谢~~
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16楼2011-03-01 15:36:54
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