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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何用PAUP 进行形态学分支分析，开始如何建立next 文件？
汕头大学海洋科学接受调剂
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绿星云

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】如何用PAUP 进行形态学分支分析，开始如何建立next 文件？

要用PAUP做分支分析，一开始建立的文件都是文本，怎么才能变成NEXT 格式呢？直接改文件名末尾也不行。开始可以运行但最后老是出问题导致paup 退出。希望高手解惑啊。由于是形态学性状编码，不是先调整DNA序列再从其他软件中输出的next格式，摸不得头啊
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1楼 2011-02-23 22:05:14
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纳兰清

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问，你这个问题解决了吗？我是刚开始用PAUP,也是形态学性状编码，摸不得头，如果已解决，请多多指教我
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4楼2016-05-12 09:02:11
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ko0ko0

铁虫 (小有名气)

用CLUSTAL

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+25): 楼主要求奖励！ 2011-12-22 18:21:21
在CLUSTAL打开，保存时选NEXUS
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2楼2011-04-13 17:48:59
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wodsh

铜虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
amisking(金币+25): 楼主要求奖励！ 2011-12-22 18:21:27
amisking(APEPI+1): 2011-12-22 18:21:34
引用回帖:
Originally posted by 绿星云 at 2011-02-23 22:05:14:
要用PAUP做分支分析，一开始建立的文件都是文本，怎么才能变成NEXT 格式呢？直接改文件名末尾也不行。开始可以运行但最后老是出问题导致paup 退出。希望高手解惑啊。由于是形态学性状编码，不是先调整DNA序列再从 ...

如果是.phy倒是可以用命令直转换，要不你借鉴下看行不行吧，文本文档中输入：
#nexus
Begin paup;
toNexus format=phylip fromfile=myfile(英文或数字，勿中文).phy tofile=myfile.nxs datatype=DNA interleave=yes;
End;
用paup打开该文本文档，excute文档，保证你要转化的文件也在这个文档的同一文件夹内。

或者说吧文本在paup里open是选edit，将文本文档编辑成
#nexus
Begin paup;

matrix
1······自己序列
2
1
2
；
end；
编辑完保存下，用FILE里的excute “myfile”选项是不是也可以啊，但是编辑过程应该挺麻烦的
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3楼2011-04-26 14:22:09
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