应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何用PAUP 进行形态学分支分析，开始如何建立next 文件？
汕头大学海洋科学接受调剂
51/1返回列表
查看: 921  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 APEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

绿星云

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】如何用PAUP 进行形态学分支分析，开始如何建立next 文件？

要用PAUP做分支分析，一开始建立的文件都是文本，怎么才能变成NEXT 格式呢？直接改文件名末尾也不行。开始可以运行但最后老是出问题导致paup 退出。希望高手解惑啊。由于是形态学性状编码，不是先调整DNA序列再从其他软件中输出的next格式，摸不得头啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-02-23 22:05:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wodsh

铜虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
amisking(金币+25): 楼主要求奖励！ 2011-12-22 18:21:27
amisking(APEPI+1): 2011-12-22 18:21:34
引用回帖:
Originally posted by 绿星云 at 2011-02-23 22:05:14:
要用PAUP做分支分析，一开始建立的文件都是文本，怎么才能变成NEXT 格式呢？直接改文件名末尾也不行。开始可以运行但最后老是出问题导致paup 退出。希望高手解惑啊。由于是形态学性状编码，不是先调整DNA序列再从 ...

如果是.phy倒是可以用命令直转换，要不你借鉴下看行不行吧，文本文档中输入：
#nexus
Begin paup;
toNexus format=phylip fromfile=myfile(英文或数字，勿中文).phy tofile=myfile.nxs datatype=DNA interleave=yes;
End;
用paup打开该文本文档，excute文档，保证你要转化的文件也在这个文档的同一文件夹内。

或者说吧文本在paup里open是选edit，将文本文档编辑成
#nexus
Begin paup;

matrix
1······自己序列
2
1
2
；
end；
编辑完保存下，用FILE里的excute “myfile”选项是不是也可以啊，但是编辑过程应该挺麻烦的
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2011-04-26 14:22:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

ko0ko0

铁虫 (小有名气)

用CLUSTAL

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+25): 楼主要求奖励！ 2011-12-22 18:21:21
在CLUSTAL打开，保存时选NEXUS
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-04-13 17:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

纳兰清

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问，你这个问题解决了吗？我是刚开始用PAUP,也是形态学性状编码，摸不得头，如果已解决，请多多指教我
赞一下 回复此楼
4楼2016-05-12 09:02:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 290求调剂 +21 luoziheng 2026-04-10 23/1150 2026-04-14 15:49 by zs92450
[考研] 085404 298分求调剂 +11 呼啦呼啦呼呼呼 2026-04-10 12/600 2026-04-14 08:38 by wfj257
[考研] 机械工程313分找工科调剂 +4 双一流本科机械 2026-04-08 4/200 2026-04-14 07:32 by Abskk
[考研] 22专硕求调剂 +8 haoyun上岸 2026-04-11 10/500 2026-04-13 22:15 by zhq0425
[考研] 一志愿211 0703化学 346分求调剂 +26 土豆er? 2026-04-09 29/1450 2026-04-13 15:15 by 独醉梦孤城
[考研] 2本，初试303，0860求调剂 +6 floriea 2026-04-12 8/400 2026-04-12 18:13 by zhouxiaoyu
[考研] 085410 273求调剂 +10 X1999 2026-04-09 10/500 2026-04-12 09:24 by 逆水乘风
[考研] 22408调剂315分 +3 zhuangyan123 2026-04-09 3/150 2026-04-12 00:25 by 蓝云思雨
[考研] 085600材料与化工329分求调剂 +16 叶zilin 2026-04-10 16/800 2026-04-11 11:04 by may_新宇
[考研] 求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:55 by zhq0425
[考研] 085410-273求调剂 +6 X1999 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:32 by Delta2012
[考研] 288求调剂 +15 代fish 2026-04-09 16/800 2026-04-11 10:26 by wwj2530616
[考研] 297求调剂 +9 Kwgyz 2026-04-09 9/450 2026-04-11 10:09 by zhq0425
[考研] 085506-求调剂-285分 +3 雷欧飞踢 2026-04-08 3/150 2026-04-11 08:37 by zhq0425
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 复试调剂，一志愿郑州大学材料与化工289分 +31 硕星赴 2026-04-08 31/1550 2026-04-09 16:54 by Delta2012
[考研] 083200 初试305分 求调剂 暂不考虑跨专业 +15 Claireyyyy 2026-04-09 15/750 2026-04-09 16:11 by zhuimr
[考研] 材料307分求大佬组收留 +17 Hll胡 2026-04-07 17/850 2026-04-09 10:53 by liuhuiying09
[考研] 生物学328分求调剂 +9 闪电kkl 2026-04-08 10/500 2026-04-08 21:42 by liuhuiying09
[考研] 求调剂，现在还能填的 +3 上岸小莹加油 2026-04-08 3/150 2026-04-08 14:30 by zhq0425
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭