24小时热门版块排行榜

返回列表

本帖产生 1 个 APEPI ，点击这里进行查看

绿星云

木虫 (正式写手)

应助: 23 (小学生)
金币: 2929.8
帖子: 568
在线: 249.2小时
虫号: 1006301

[交流] 【求助/交流】如何用PAUP 进行形态学分支分析，开始如何建立next 文件？

要用PAUP做分支分析，一开始建立的文件都是文本，怎么才能变成NEXT 格式呢？直接改文件名末尾也不行。开始可以运行但最后老是出问题导致paup 退出。希望高手解惑啊。由于是形态学性状编码，不是先调整DNA序列再从其他软件中输出的next格式，摸不得头啊

回复此楼

» 猜你喜欢

面上项目计划书系统状态已经有18人回复
NSFC-UNEP（与联合国环境规划署）合作项目已经有33人回复
植物学论文润色/翻译怎么收费? 已经有184人回复
和伊朗人合作已经有32人回复
江苏省自然基金已经有8人回复
生命科学新英文普刊《INVESTIGATION OF LIFE SCIENCE》已经有13人回复
国际普刊官网征稿INVESTIGATION OF LIFE SCIENCE 已经有8人回复
200一版的国际普刊（新刊活动），全流程只需七天已经有2人回复
适合大创赛生科赛结项，学分紧急的同学，国际新刊INVESTIGATION OF LIFE SCIENCE 已经有18人回复
INVESTIGATION OF LIFE SCIENCE 第三期开放投稿，审稿快、版面费低已经有7人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

数据拟合已经有12人回复
制备液相已经有8人回复
电化学分析法基础知识及方法已经有375人回复
被起诉DV，公家公派文件里有没有规定严重的后果啊已经有12人回复
formchk命令的使用 .chk文件转化成.fchk文件已经有14人回复
WIEN2k的能带数据文件case.spaghetti_ene。你们都是怎么分析提取数据？和我的看法。已经有8人回复
Goovearts Pierre在2011年来武汉大学进行短期地统计分析培训所用的ppt 已经有45人回复
CASTEP对优化后的晶体进行分态密度分析，应该怎么操作已经有14人回复
DFT Scan之后使用MP2计算能量，如何建立批量输入文件？已经有6人回复
如何冲洗色谱柱中残留的表面活性剂已经有8人回复
【求助】XRD分析峰型已经有19人回复
超星文件格式不对已经有6人回复
【求助/交流】关于PAUP软件做系统树，如何在分支上显示自检举值。已经有9人回复
寻找分支图的合作者,千万火急!!!!!!!!! 已经有23人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2011-02-23 22:05:14

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ko0ko0

铁虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 6.8
帖子: 56
在线: 10小时
虫号: 1229704

用CLUSTAL

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+25): 楼主要求奖励！ 2011-12-22 18:21:21

在CLUSTAL打开，保存时选NEXUS

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2011-04-13 17:48:59

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wodsh

铜虫 (正式写手)

APEPI: 1
应助: 0 (幼儿园)
金币: 69.2
帖子: 369
在线: 81小时
虫号: 847212

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
amisking(金币+25): 楼主要求奖励！ 2011-12-22 18:21:27
amisking(APEPI+1): 2011-12-22 18:21:34

引用回帖:

Originally posted by 绿星云 at 2011-02-23 22:05:14:
要用PAUP做分支分析，一开始建立的文件都是文本，怎么才能变成NEXT 格式呢？直接改文件名末尾也不行。开始可以运行但最后老是出问题导致paup 退出。希望高手解惑啊。由于是形态学性状编码，不是先调整DNA序列再从 ...

如果是.phy倒是可以用命令直转换，要不你借鉴下看行不行吧，文本文档中输入：
#nexus
Begin paup;
toNexus format=phylip fromfile=myfile(英文或数字，勿中文).phy tofile=myfile.nxs datatype=DNA interleave=yes;
End;
用paup打开该文本文档，excute文档，保证你要转化的文件也在这个文档的同一文件夹内。

或者说吧文本在paup里open是选edit，将文本文档编辑成
#nexus
Begin paup;

matrix
1······自己序列
2
1
2
；
end；
编辑完保存下，用FILE里的excute “myfile”选项是不是也可以啊，但是编辑过程应该挺麻烦的

赞一下(3人)

回复此楼

3楼2011-04-26 14:22:09

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖