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wwling

铜虫 (小有名气)


[交流] 【求助/交流】请教下巢式PCR与二次PCR的区别 已有12人参与

最近纠结于这个问题,具体的是因为不太懂巢式PCR,是不是只要有两对引物就可以呢?看网上说的是直接拿第一轮PCR产物为模板做第二轮扩增,想问的是为什么不直接用第二轮的引物扩增,得到的产物做模板继续用第二轮引物扩增(即二次PCR)?
  望虫子们指导下~~
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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dhd997(金币+6): good 2011-02-23 09:40:00

巢式PCR虽然也是扩增两次,但是跟二次PCR相比,它的优势是多方面的。

巢式PCR的两对引物是嵌套的,即第二对引物是在第一对引物往里的。

这点区别产生的优点很多:能够提高检测的特异性,在巢式过程中往往第一轮的PCR

产物跑电泳啥都看不到,但是经过第二轮的PCR,产物就很亮了。这点我深有体会,

曾经试验室里一个兄弟帮别人检测黄瓜根际真菌,只要一个孢子,液氮碾磨,做巢式

就能检测出来。

这个优点是二次PCR所不能媲美的。



另外还有一点就是从酶的角度分析,你从3kb的片段上扩1kb的序列的效率要比1kb设

计引物扩增自身高的多得多。聚合酶起作用的时候同样需要扩增起始位点的上游有一

段序列,方便结合。所以说,巢式PCR在检测中的检测限要比二次PCR低的低得多,要

更加灵敏。尤其是样品中目的序列的丰度较低的情况下,巢式PCR的优势就展现出来了。
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
4楼2011-02-22 18:40:33
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普通回帖

abc5710110

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
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dhd997(金币+2): good 2011-02-22 18:39:29

在百度百科上找到些关于巣式PCR的信息,与普通PCR相比,优点主要的提高了特异性,有效的减少了错配影响。
http://baike.baidu.com/view/688277.htm
强化多边交流,实现互利共赢
2楼2011-02-22 18:33:17
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冬虫夏草1

金虫 (小有名气)


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建议你读一下基因工程这本书
倚楼听风雨,淡看江湖路!
3楼2011-02-22 18:37:23
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

★ ★ ★
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dhd997(金币+2): good 2011-02-23 09:40:08

一点最重要,巢式PCR第二次扩增的时候更有利于引物与模板结合。
Thank-you,so-blue.
5楼2011-02-22 20:04:12
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wwling

铜虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2011-02-22 10:40:33:
巢式PCR虽然也是扩增两次,但是跟二次PCR相比,它的优势是多方面的。

巢式PCR的两对引物是嵌套的,即第二对引物是在第一对引物往里的。

这点区别产生的优点很多:能够提高检测的特异性,在巢式过程中往往第 ...

十分感谢!
的确我也体会到了 我用文献中的一对引物扩的效果很不好,然后我自己设计了一对引物,也刚好在这对引物扩增区域内,效果的确不错,所以想用这两对引物做两轮PCR(不知道叫不叫巢式?)但老师更倾向于用我自己设计的这对引物直接做二次PCR,不知道到底哪种合理
  ps:后续要用产物做DGGE,不知可不可行?
6楼2011-02-22 20:31:35
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

★ ★ ★
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dhd997(金币+2): 谢谢交流 2011-02-23 09:40:27

两轮PCR增强特异性,排除序列相似的模板
7楼2011-02-22 21:53:20
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luckyph.D

新虫 (初入文坛)


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提高PCR特异性 减少错配的几率
8楼2012-10-26 14:49:48
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ljx2ljx

新虫 (初入文坛)


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我也是做巢式PCR,第一轮没有检测啥也没有,现在正在做第二轮,可以交流一下啊。
9楼2013-05-16 20:03:53
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glittering9

新虫 (初入文坛)


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引用回帖:
9楼: Originally posted by ljx2ljx at 2013-05-16 20:03:53
我也是做巢式PCR,第一轮没有检测啥也没有,现在正在做第二轮,可以交流一下啊。

请问你扩出来了么?我一直都没有扩出来,体系时一个老师构建的,他之前就扩的很好,但是我做就做不出来了,而且样品一直在点样孔了出不来,可不可以交流一下
10楼2013-06-03 15:27:56
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