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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 动植物 » 综合其他 » 【求助/交流】请教小麦HSP70的一段序列
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Arisna

木虫 (职业作家)

[交流] 【求助/交流】请教小麦HSP70的一段序列

我做过HSP70蛋白的western表达，有趋势。所以想继续从RNA水平做RT试试。但是没有找到小麦HSP70的序列，无法设计引物，有高人知道么，希望不吝赐教，感恩不尽。嘿嘿
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1楼2011-01-16 10:03:40
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hyw1989960

木虫 (正式写手)
★ ★
amisking(金币+2): 鼓励发帖交流！ 2011-01-16 18:45:12
Arisna(金币+1): 2011-01-16 20:08:43
Arisna(金币+14): 2011-01-16 20:09:05
从NCBI上找就行，我帮你看了一下是不是这个http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/542817
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/6996622
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2楼2011-01-16 14:44:39
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Arisna

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by hyw1989960 at 2011-01-16 14:44:39:
从NCBI上找就行，我帮你看了一下是不是这个http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/542817
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/6996622

十分感谢 对我很有帮助 祝好 哈哈
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3楼2011-01-16 20:11:53
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henrylee223

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2): 辛苦~~ 2011-03-15 12:36:53
hsp70不是一个成员，应该有多个基因。你看看这两个
AK332587.1|   Triticum aestivum cDNA   145-2199
  1 gaaggcctct cgccatttct cccttctctc aatcgcccaa aacccacgcg aatccaccag
       61 ccccttcctt caacttcctg ccccttgtag ggtttcgccc cccaccaacc cctacccccc
      121 gggttactgc tcgtgctctc agccatggcg accacgacct tccccacctc gacccccttc
      181 ttcgtccatc acggcacccg gcgcccctcc gtcaacctcc gaacggccgc ggtggtgtac
      241 ggccgtggtg ggcggcggtg gcggccactg cgcgtcgcct gcgagaaggt ggtggggatc
      301 gacctcggga ccaccaactc agcggtcgcg gcgatggagg gcggcaagcc caccatcgtc
      361 accaacgccg agggcgcgcg gaccacgccg tcggtcgtgg cgtacaccaa ggccggggac
      421 cggctggtgg gacagatcgc caagaggcag gcggtggtca acccggagaa caccttcttc
      481 tcagtcaaga ggttcatcgg ccgaaagatg aacgaggtcg ccgaagagtc caagcaggtt
      541 tcctaccgcc ttgtccggga cgataacggc aacgtcaagc tcgattgccc agcaattggc
      601 aagcagttcg ccgcggagga gatctctgca caggtcctga gaaagctggt tgatgatgca
      661 tcaaagtttt taaatgacaa agtcaccaag gcagtgatca cagttcctgc ttatttcaat
      721 gactcccaga ggacggctac aaaagatgcc ggccgcattg caggcctgga tgttctccgt
      781 atcataaacg agcctaccgc ggcatcgttg gcatatggtt ttgaaaaaaa gaacaatgaa
      841 acaattctgg tttttgacct gggaggaggc acctttgatg tttcagttct cgaagttggt
      901 gatggtgttt ttgaggtgct gtctacatct ggtgatactc accttggcgg tgatgacttt
      961 gacaagagaa ttgttgattg gctggctggg agcttcaaga atgatgaggg tattgacctg
     1021 ctaaaagaca agcaagctct ccagcgtctt acagaagcag ctgagaaggc caagatggaa
     1081 ttgtcatcgt tgacccaaac aaatatcagt ttacctttca ttacagctac tgctgatggg
     1141 cccaagcata ttgagacaac acttaccagg ggtaaatttg aggagctatg ctcagatctt
     1201 cttgacaggc tgaggacacc tgttgacaat tctcttagag atgcgaagtt gtcacttaaa
     1261 gaaatagatg aggtgattct tgtgggtggt tccacaagaa ttccagctgt tcaggatctt
     1321 gtgaagaaaa tgacgggaaa ggatcccaat gtgacagtca atcccgatga ggttgttgct
     1381 cttggagcag cggtgcaggc aggagtattg tcgggcgatg tgagcgatat tgtgcttctt
     1441 gatgttacgc cactgtctct tggtttggag acactgggtg ggatgatgac caagattatc
     1501 ccaaggaaca caaccctccc tacctccaag tcagaggtct tttcaacggc tgctgatgga
     1561 cagactagtg tggagattaa tgttctccaa ggagaaagag agtttgttag ggacaataaa
     1621 tcccttggta gcttcaggct tgatggaatt cctcctgctc cgcgtggtgt tccccaaatt
     1681 gaagtcaagt ttgatattga tgccaacggc attctgtctg ttgctgcggt ggataagggc
     1741 actgggaaga agcaggacat tacgatcact ggagccagca cactgccaaa ggatgaggta
     1801 gagaagatgg tggaagaagc tgaaaaattt gcggcggagg acaaggagaa gagggacgca
     1861 attgacacca agaaccaggc agagtctgtg atgtaccaga ctgagaaaca actgaaggag
     1921 ctcggagaca aggtcccagg cgatgtcaag gagaaggtgg aggggaagct caaggaactc
     1981 caggatgccg ttgctggtgg atcgacacag acgataaagg atgcactagc tgcgttgaac
     2041 caagaagtga tgcagcttgg tcagtccctc taccagcagc aggggtcggg ccctacccct
     2101 ggagctgacg gcgctgctga ctctacaggc ccaggcccat ctgagaagac aggcgatggt
     2161 ggtgacgtca tagacgctga ttttaccgac agcaattgaa tagaacagta ggttaggaca
     2221 tgatgcaaca agtgagtatg aatttgttcc acaggattgc ctagcagtat acgggtgacc
     2281 gttttctttg gattgagacc ttgtttgctg tcagggtgtt ggccgagttt ttgatgttga
     2341 ggtttggaga cttcagttat cagtttggat gggatagatt ggcttttgct tgttgggaac
     2401 ccgacccctt ggccttgtac ggttatgtat tggatttact aactctctag agaactgggt
     2461 catttcctgt ttggagcatg tgccaaaaac tggattgtta ttttggggag cattctactc
     2521 ccttcgttta taaatataaa gcccttttag agaaaaaaaa aaaaaaaaac ga

Cds
1      ATGGCGACCA CGACCTTCCC CACCTCGACC CCCTTCTTCG TCCATCACGG CACCCGGCGC
61     CCCTCCGTCA ACCTCCGAAC GGCCGCGGTG GTGTACGGCC GTGGTGGGCG GCGGTGGCGG
121    CCACTGCGCG TCGCCTGCGA GAAGGTGGTG GGGATCGACC TCGGGACCAC CAACTCAGCG
181    GTCGCGGCGA TGGAGGGCGG CAAGCCCACC ATCGTCACCA ACGCCGAGGG CGCGCGGACC
241    ACGCCGTCGG TCGTGGCGTA CACCAAGGCC GGGGACCGGC TGGTGGGACA GATCGCCAAG
301    AGGCAGGCGG TGGTCAACCC GGAGAACACC TTCTTCTCAG TCAAGAGGTT CATCGGCCGA
361    AAGATGAACG AGGTCGCCGA AGAGTCCAAG CAGGTTTCCT ACCGCCTTGT CCGGGACGAT
421    AACGGCAACG TCAAGCTCGA TTGCCCAGCA ATTGGCAAGC AGTTCGCCGC GGAGGAGATC
481    TCTGCACAGG TCCTGAGAAA GCTGGTTGAT GATGCATCAA AGTTTTTAAA TGACAAAGTC
541    ACCAAGGCAG TGATCACAGT TCCTGCTTAT TTCAATGACT CCCAGAGGAC GGCTACAAAA
601    GATGCCGGCC GCATTGCAGG CCTGGATGTT CTCCGTATCA TAAACGAGCC TACCGCGGCA
661    TCGTTGGCAT ATGGTTTTGA AAAAAAGAAC AATGAAACAA TTCTGGTTTT TGACCTGGGA
721    GGAGGCACCT TTGATGTTTC AGTTCTCGAA GTTGGTGATG GTGTTTTTGA GGTGCTGTCT
781    ACATCTGGTG ATACTCACCT TGGCGGTGAT GACTTTGACA AGAGAATTGT TGATTGGCTG
841    GCTGGGAGCT TCAAGAATGA TGAGGGTATT GACCTGCTAA AAGACAAGCA AGCTCTCCAG
901    CGTCTTACAG AAGCAGCTGA GAAGGCCAAG ATGGAATTGT CATCGTTGAC CCAAACAAAT
961    ATCAGTTTAC CTTTCATTAC AGCTACTGCT GATGGGCCCA AGCATATTGA GACAACACTT
1021   ACCAGGGGTA AATTTGAGGA GCTATGCTCA GATCTTCTTG ACAGGCTGAG GACACCTGTT
1081   GACAATTCTC TTAGAGATGC GAAGTTGTCA CTTAAAGAAA TAGATGAGGT GATTCTTGTG
1141   GGTGGTTCCA CAAGAATTCC AGCTGTTCAG GATCTTGTGA AGAAAATGAC GGGAAAGGAT
1201   CCCAATGTGA CAGTCAATCC CGATGAGGTT GTTGCTCTTG GAGCAGCGGT GCAGGCAGGA
1261   GTATTGTCGG GCGATGTGAG CGATATTGTG CTTCTTGATG TTACGCCACT GTCTCTTGGT
1321   TTGGAGACAC TGGGTGGGAT GATGACCAAG ATTATCCCAA GGAACACAAC CCTCCCTACC
1381   TCCAAGTCAG AGGTCTTTTC AACGGCTGCT GATGGACAGA CTAGTGTGGA GATTAATGTT
1441   CTCCAAGGAG AAAGAGAGTT TGTTAGGGAC AATAAATCCC TTGGTAGCTT CAGGCTTGAT
1501   GGAATTCCTC CTGCTCCGCG TGGTGTTCCC CAAATTGAAG TCAAGTTTGA TATTGATGCC
1561   AACGGCATTC TGTCTGTTGC TGCGGTGGAT AAGGGCACTG GGAAGAAGCA GGACATTACG
1621   ATCACTGGAG CCAGCACACT GCCAAAGGAT GAGGTAGAGA AGATGGTGGA AGAAGCTGAA
1681   AAATTTGCGG CGGAGGACAA GGAGAAGAGG GACGCAATTG ACACCAAGAA CCAGGCAGAG
1741   TCTGTGATGT ACCAGACTGA GAAACAACTG AAGGAGCTCG GAGACAAGGT CCCAGGCGAT
1801   GTCAAGGAGA AGGTGGAGGG GAAGCTCAAG GAACTCCAGG ATGCCGTTGC TGGTGGATCG
1861   ACACAGACGA TAAAGGATGC ACTAGCTGCG TTGAACCAAG AAGTGATGCA GCTTGGTCAG
1921   TCCCTCTACC AGCAGCAGGG GTCGGGCCCT ACCCCTGGAG CTGACGGCGC TGCTGACTCT
1981   ACAGGCCCAG GCCCATCTGA GAAGACAGGC GATGGTGGTG ACGTCATAGA CGCTGATTTT
2041   ACCGACAGCA ATTGA

TA GU452716
CDS             38..2110
                     /codon_start=1
                     /product="70 kDa heat shock protein"
                     /protein_id="ADD23344.1"
                     /db_xref="GI:290131414"
                     /translation="MATFTSQVSAMAGASPSCSLFVSRRRPAVMPLQMRVARGGRPRG
                     LAMRVTCEKVVGIDLGTTNSAVAAMEGGKPTVITNAEGQRTTPSVVAYTKGGERLVGQ
                     IAKRQAVVNPVNTFFSVKRFIGRKMAEVDDEAKQVSYNVVRDENGNVKLDCPAIGKQF
                     AAEEISAQVLRKLVDDASKFLNDKITKAVVTVPAYFNDSQRTATKDAGRIAGLEVLRI
                     INEPTAASLAYGFEKKNNETILVFDLGGGTFDVSVLEVGDGVFEVLSTSGDTHLGGDD
                     FDKKIVDWLASTFKNDEGIDLLKDKQALQRLTEAAEKAKMELSTLTQANISLPFITAT
                     ADGPKHIEATLSRAKFEELCSDLIDRLKTPVNNALKDAKLSVSNLDEVILVGGSTRIP
                     AVQETVRKITGKDPNVTVNPDEVVSLGAAVQGGVLAGDVKDVVLLDVTPLSIGLETLG
                     GVMTKIIPRNTTLPTSKSEVFSTAADGQTSVEINVLQGEREFVRDNKSLGSFRLDGIP
                     PAPRGVPQIEVKFDIDANGILSVAAVDKGTGKKQDITITGASTLPKDEVERMVEEADK
                     FAQEDKEKRDAIDTKNQADSVVYQTEKQLKELGDKVPAPVKEKVDVKLQELKDAIAGG
                     STQSMKTAMEALNQEVMQIGQAMYNQTSAGDAGSTDAETEPGAGSTSSGKGPNDGDVI
                     DADFTDSN"
ORIGIN      
        1 ttcactaggg ttagggttta cgtaacgaac ccgcgccatg gctaccttca cttcccaggt
       61 cagcgcgatg gctggcgcct ccccgtcgtg ctctctcttc gtgagccggc ggcggccggc
      121 ggtcatgccc ctgcagatgc gggttgctcg tggcgggagg ccgcgcgggt tggcgatgcg
      181 ggtgacgtgc gagaaggtgg tgggaatcga cctgggcacc accaactccg ccgtcgcggc
      241 gatggagggc ggtaagccga cggtgatcac caacgccgag ggccagcgga cgacgccgtc
      301 ggtggtggcg tacaccaagg gaggagaacg gctagtgggc cagattgcca agaggcaggc
      361 cgtcgtcaac ccggtgaaca ccttcttctc cgtcaagcgc ttcattggac gcaagatggc
      421 tgaggtagat gacgaggcca agcaggtctc gtataacgtt gtgcgcgatg agaacggaaa
      481 cgtcaagctc gactgccctg ctatcggcaa gcagttcgca gcggaagaga tatccgcgca
      541 ggtattgagg aaattggtgg atgatgcatc taagtttctg aatgacaaaa ttacaaaagc
      601 ggtggttacc gttccagcgt acttcaatga ctcgcagaga acagcaacaa aggatgctgg
      661 ccgtattgca gggctggaag ttctgcgcat tataaatgag ccaactgctg catctcttgc
      721 ttatggtttt gagaagaaaa acaatgaaac gattctagtg tttgacttgg gtggcggtac
      781 ttttgatgtc tctgtattgg aggttggaga tggtgtattt gaggtgcttt ccacatctgg
      841 ggacacacac ttaggtggag atgactttga taagaaaatt gtagattggc ttgctagcac
      901 cttcaagaat gatgaaggca tcgatcttct taaggataaa caagcccttc agcgtcttac
      961 tgaggcagca gaaaaagcta aaatggaatt gtcaacgctc acacaggcga acattagctt
     1021 gccattcata actgctactg ctgatgggcc caaacacatt gaggcaaccc tctctagagc
     1081 taaattcgag gaactgtgtt cagatctgat tgataggctt aaaactcctg ttaataacgc
     1141 cttgaaagat gccaagctat ctgttagtaa tctagatgaa gtgattcttg tgggtggatc
     1201 cacccgaatc cctgcagtgc aagaaactgt taggaagatt acaggcaagg atcccaatgt
     1261 tacagtcaac cctgatgagg ttgtttctct tggggcggcc gtacagggtg gagttttggc
     1321 tggagatgtg aaggatgttg ttcttcttga tgttactcca ttgtcaattg gtttggagac
     1381 gttgggtgga gtgatgacga agattatccc caggaataca acactgccca cctccaaatc
     1441 agaggtattc tcaacggctg ctgatggaca gacaagtgtt gagattaatg tgctccaggg
     1501 agagagagag tttgtcaggg acaacaagtc tcttggaagc ttccgactgg atgggatccc
     1561 tcctgcacca cgtggtgtac cacaaattga agtgaagttt gacattgatg ccaatggcat
     1621 tctgtcagta gcagctgttg ataagggtac tggaaagaag caggatatca ccatcactgg
     1681 tgctagtact ctaccaaagg atgaggtcga gagaatggta gaagaagctg acaagtttgc
     1741 ccaggaggac aaagagaaaa gagatgctat tgacaccaag aaccaagcag actctgtggt
     1801 gtaccagacg gagaagcaac tgaaggagct tggggacaag gtccctgctc ctgtgaaaga
     1861 gaaggttgat gtaaagctcc aggaactgaa agatgccatt gctggtggat cgacacagag
     1921 catgaaaact gccatggagg ctttgaacca ggaggtaatg cagatcggac aggctatgta
     1981 caaccaaact agtgctggtg atgctggctc tactgatgct gaaactgagc ctggtgctgg
     2041 atcaacaagc tcaggaaagg gaccaaatga tggagatgtt atcgatgcgg acttcacaga
     2101 tagcaattaa aggatggtca atggatcgtg gtgagtgata catagaccct gagttatatt
     2161 ctgagtggca ttctagggtt gaggatgtta tttttgtatc tcggctccat gtatctacaa
     2221 gctgtttatt cagtatatga aatttggtag cggtaggact caacaacgtt tgctagagtg
     2281 atcttgaatc aagtataccc ctctggtaat gcaaagatgc aaaaggattt tggtcgaaac
     2341 agtagcatat tccctaaaaa gtaaactagc catgtttagg ttagcaataa acgaagtttc
     2401 atggtgtaaa
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4楼2011-03-13 12:43:23
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Arisna

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by henrylee223 at 2011-03-13 12:43:23:
hsp70不是一个成员，应该有多个基因。你看看这两个
AK332587.1|   Triticum aestivum cDNA   145-2199
  1 gaaggcctct cgccatttct cccttctctc aatcgcccaa aacccacgcg aatccaccag
       61 ccccttcctt caacttc ...

谢谢你这么认真回帖，我做的就是整个HSP70家族，没有分很细。
嘿嘿，
愿一切都好 A good day everyday!!～～～
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5楼2011-03-13 19:12:29
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henrylee223

新虫 (小有名气)
应 该分开，因为它们的功能有分化 。再说，小麦是六倍体 ，成员比拟南芥应更多
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6楼2011-03-14 19:36:21
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Arisna

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by henrylee223 at 2011-03-14 19:36:21:
应 该分开，因为它们的功能有分化 。再说，小麦是六倍体 ，成员比拟南芥应更多

确实么？？我做的是熱激条件下HSP70的表达，抗体也是HSP70家族的。
你说的功能分化，有点不懂，愿听高论。。。嗬嗬
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7楼2011-03-14 19:42:10
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henrylee223

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lstt09nk(金币+1): 热心 2011-03-15 12:37:03
Twelve full- length and two truncated DnaK type heat shock protein 70 (hsp70)
genes have been identified in Arabidopsis since the completion of the genome sequencing
project. While the biochemical mechanism and structure of hsp70 are highly conserved
among organisms, the physiological roles of hsp70s in plants remain largely unknown
due to promiscuous substrate specificity and functional redundancy of individual hsp70s.
To characterize the roles of hsp70 genes in Arabidopsis, the following objectives were
undertaken: 1) a comprehensive RT-PCR and genomic analysis for the hsp70 gene
family, 2) transgenic approach to over/underexpress two members of the hsp70 gene
family, cytosolic Hsc70-1 and ER luminal BiP-2, and 3) microarray analysis of gene
expression during induction of acquired thermotolerance. I isolated two nuclear-encoded,
organellar members of the Arabidopsis hsp70 gene family mtHsc70-2 (AF217458) and
xii
cpHsc70-2 (AF217459). Genomic analysis revealed several unique characteristics of the
subfamily of Arabidopsis hsp70 gene family such as gene structure, sequence relatedness,
C-terminal sequence

DONG YUL SUNG 's thesis for doctor degreee , 2001,CHARACTERIZATION OF ARABIDOPSIS HEAT SHOCK PROTEIN 70 (HSP70)
GENE FAMILY AND MICROARRAY ANALYSIS OF GENE EXPRESSION IN
RESPONSE TO TEMPERATURE EXTREMES. UNIVERSITY OF FLORIDA

Plant Physiology, June 2001, Vol. 126, pp. 789–800
Comprehensive Expression Profile Analysis of the
Arabidopsis Hsp70 Gene Family1
Dong Yul Sung, Elizabeth Vierling, and Charles L. Guy*
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8楼2011-03-15 07:44:44
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Arisna

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by henrylee223 at 2011-03-15 07:44:44:
Twelve full- length and two truncated DnaK type heat shock protein 70 (hsp70)
genes have been identified in Arabidopsis since the completion of the genome sequencing
project. While the biochemica ...

非常感谢指点 我会好好看下这篇文章的

这个帖子发了很久了，不能加BB了，嘿嘿。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2951781 这个我灌水的  可以追加
邀请你过来领红包～～ 呼呼～～
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9楼2011-03-15 20:43:13
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