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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】基于药效团的分子叠合
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】基于药效团的分子叠合

大家好：

求助个问题，最近在学习用sybyl 做药效团模型。
做法：在pharmacophore Alignment --GASP打开对话框，Run Name处输入名字，在input区域，选择SLN文件作为分子结构的来源，在【。。。】处要输入*.hts，请问这的hts文件时怎么得到的？

另外，我看有人做基于药效团的分子叠合，然后再做CoMFA研究，请问怎样利用药效团的结果进行分子叠合？
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1楼 2010-12-17 22:14:10
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

呵呵

大家给个建议啊！第一个问题我已经解决，但是基于药效团 的假设来做CoMFA我还是不会做。
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2楼2010-12-19 10:54:27
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黄石罐

至尊木虫 (著名写手)
★
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
看看。。。。。。。
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3楼2010-12-19 12:50:38
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黄石罐

至尊木虫 (著名写手)
★
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
祝福楼主
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4楼2010-12-19 12:50:57
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houxuben

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-19 23:01:03
就是把CoMFA分子叠合那一步用做出来的药效团进行叠合，也有基于对接结果叠合的CoMFA，做这个的不多了。。。
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5楼2010-12-19 18:12:48
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houxuben

木虫 (正式写手)
★
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
就是把CoMFA分子叠合那一步用做出来的药效团进行叠合，也有基于对接结果叠合的CoMFA，做这个的不多了。。。
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6楼2010-12-19 18:13:39
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houxuben

木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-19 23:01:16
sijifengsd(金币+5):谢谢您的回复，还有个问题要请教！ 2010-12-20 08:29:32
不好意思发重了，要真做CoMFA最好再把CoMISA也一块做了，在结合上药效团、对接，算是内容比较多了
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7楼2010-12-19 18:15:11
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sijifengsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-19 18:13:39:
就是把CoMFA分子叠合那一步用做出来的药效团进行叠合，也有基于对接结果叠合的CoMFA，做这个的不多了。。。

您说的用做出来的药效团叠合是什么意思啊？我知道如果有共同骨架，就可以基于骨架叠合，或者有对接结果，也可以读入对接构象叠合，然后再做CoMFA/CoMSIA分析，这方面的也做过一些。但就是您说的基于药效团叠合有点模糊。这个叠合方法怎么操作？给个具体的建议吧。
   还有基于药效团分析还要区分training set 和test set 么？我知道CoMFA方法时候可以利用统计的方法来划分的，这里我不知道怎么做。
   最后一个问题，做药效团分子怎么选?用整个的training set分子还是取其中的一部分啊？
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8楼2010-12-20 08:41:44
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

hehe

领金币可以，希望大家能给个建议再回帖
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11楼2010-12-20 09:07:31
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houxuben

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-12-20 14:56:03
引用回帖:
Originally posted by sijifengsd at 2010-12-20 08:41:44:

您说的用做出来的药效团叠合是什么意思啊？我知道如果有共同骨架，就可以基于骨架叠合，或者有对接结果，也可以读入对接构象叠合，然后再做CoMFA/CoMSIA分析，这方面的也做过一些。但就是您说的基于药效团叠合有 ...

个人看法，如果有不对的地方请大家指正。药效团做的不多，检验药效团是可以用富集率，就是把数个已知有活性的compound比如说10个，和许多，比如说990个随机挑选的化合物（可用用ZINC库）放在一起，用药效团预测。具体的基于药效团的叠合没有做过，但应该是，先将其他化合物导入药效团模型进行预测，软件会自动搜索最佳构象，把这些最佳构象导入一个database中应该就可以。不过基于药效团或对接的CoMFA结果经常不好，需要很多人工调整。。。。
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12楼2010-12-20 09:45:39
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-25 23:04:49
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-20 09:45:39:


个人看法，如果有不对的地方请大家指正。药效团做的不多，检验药效团是可以用富集率，就是把数个已知有活性的compound比如说10个，和许多，比如说990个随机挑选的化合物（可用用ZINC库）放在一起，用药效团预 ...

嗯，是这样做的，在sybyl中 药效团做出来了，你的分子构象也出来了。这个就是一个叠合过程，再把这些分子保存为 hits（SLN格式）库，然后进行comfa、comsa 研究。
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13楼2010-12-24 15:28:32
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zoujin129

禁虫 (知名作家)
★
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
15楼2010-12-24 15:32:40
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Sybyl 常见问题及使用教程》
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16楼2011-09-05 19:57:01
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高興丶

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
帮顶一下 我也不太懂这个 等大神讲解 我也学习学习
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18楼2013-02-27 12:48:36
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简单回复
lhx005559楼
2010-12-20 09:02   回复  
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
祝福祝福
lhx0055510楼
2010-12-20 09:03   回复  
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
祝福祝福
zoujin12914楼
2010-12-24 15:32   回复  
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
祝福祝福。。。
joy1117楼
2013-02-24 08:56   回复  
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