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sijifengsd

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】基于药效团的分子叠合

大家好：

求助个问题，最近在学习用sybyl 做药效团模型。
做法：在pharmacophore Alignment --GASP打开对话框，Run Name处输入名字，在input区域，选择SLN文件作为分子结构的来源，在【。。。】处要输入*.hts，请问这的hts文件时怎么得到的？

另外，我看有人做基于药效团的分子叠合，然后再做CoMFA研究，请问怎样利用药效团的结果进行分子叠合？

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1楼 2010-12-17 22:14:10

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houxuben

木虫 (正式写手)

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★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-12-20 14:56:03

引用回帖:

Originally posted by sijifengsd at 2010-12-20 08:41:44:

您说的用做出来的药效团叠合是什么意思啊？我知道如果有共同骨架，就可以基于骨架叠合，或者有对接结果，也可以读入对接构象叠合，然后再做CoMFA/CoMSIA分析，这方面的也做过一些。但就是您说的基于药效团叠合有 ...

个人看法，如果有不对的地方请大家指正。药效团做的不多，检验药效团是可以用富集率，就是把数个已知有活性的compound比如说10个，和许多，比如说990个随机挑选的化合物（可用用ZINC库）放在一起，用药效团预测。具体的基于药效团的叠合没有做过，但应该是，先将其他化合物导入药效团模型进行预测，软件会自动搜索最佳构象，把这些最佳构象导入一个database中应该就可以。不过基于药效团或对接的CoMFA结果经常不好，需要很多人工调整。。。。