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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请求大家帮忙看一下审稿人的回复
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lj623

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请求大家帮忙看一下审稿人的回复 已有6人参与

文章最近的审稿意思，请大家帮我分析其中一个审稿人的修改意见
注：我是catalyst来建立药效团模型

审稿人的意见如下:
1.  本文是利用分子叠加的方式，分析特异的药效基团，进而进行药物模型设计；

2.  本文用24个样本作为训练集，这个训练集比较小，在统计学上有较大的局限性，有可能漏掉个别特异的药效基团；

3.在有明确靶点，并且靶点结构明确的请况下，应该利用靶点的结构，验证抑制剂分子的叠合结果，这样能获得更准确药效基团模型；

4.建议作者分析一下靶点的结构，弥补训练集偏小带来的误差。
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1楼 2010-12-31 16:48:25
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2011-01-04 17:11:59
样本太少，再增加多些样本就是了。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2011-01-01 08:56:57
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2011-01-04 17:12:05
感觉所做的确实存在一定的问题，样本集太小。。。可以根据审稿人的需求就行修改。。。
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√：寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
3楼2011-01-03 19:50:49
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lj623

金虫 (小有名气)
手册中说，Hypogen方法训练集通常不能太多
请问样本数通常为多少合适？
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4楼2011-01-05 12:40:31
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-06 09:12:38
我觉得如果可以的话可以增加一倍，四五十个差不多啦
下面的意见主要是让你用蛋白里的配体（晶体结构）去验证，这样可信度高，因为你用的配体不是晶体结构吧？应该是自己优化的~
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5楼2011-01-05 23:55:47
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)
★ ★
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ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-01-23 15:47:07
既然受体抑制，可以用ligandscout试一下基于受体的药效团设计
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6楼2011-01-20 12:00:48
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federche

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-01-23 15:46:50
HYPOGEN算法决定了不需要太多分子做训练集 但最少要大于16个才具有统计学意义 一般是16-32个 不过一般构建的药效团的分子数在20个左右 虽然但是这样会使模型不稳定 但这是算法本身决定的 而且增加样本数量不一定能提高模型质量 还不如用后续很多验证来说明你构建模型的可靠性
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7楼2011-01-20 14:20:13
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