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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于审稿人的意见，请大家帮忙。着急。。。。。
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tpp001

金虫 (著名写手)

[求助] 关于审稿人的意见，请大家帮忙。着急。。。。。

审稿人提出来这样的一个问题：
On page 10 line 5-7, "Therefore the aggregation ... number integrals (Figure 8)." and Figure 8 are ambiguous.  What did authors use statistical sampling trajectories for the production of RDFs in Figure 8?  The trajectories were obtained by performing the simulation of m-HBA, o-HBA, or MeOH-CO2 bi-system? (Without HBA?)  The authors should clarify them.

我不太明白“What did authors use statistical sampling trajectories for the production of RDFs in Figure 8? ”，他问的什么意思，是问我的统计采样用的什么方法吗(我的体系都是用gromacs进行计算模拟的，不知道如何回答他的这个提问), 还是他想让我做这个“The trajectories were obtained by performing the simulation of m-HBA, o-HBA, or MeOH-CO2 bi-system? (Without HBA?)  The authors should clarify them
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼2011-06-14 08:41:36
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-06-14 17:44:44
tpp001(金币+5): 谢谢 2011-06-15 14:14:10
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2011-06-14 08:41:36:
审稿人提出来这样的一个问题：
On page 10 line 5-7, "Therefore the aggregation ... number integrals (Figure 8)." and Figure 8 are ambiguous.  What did authors use statistical sampling traj ...

如果你实在不是很明白审稿人的问题，可以明说，解释可以按照你的理解来。

你用Gromacs算，但是显然你不能回答说我就是用Gromacs软件包。用软件之前我们不是该弄清楚我们需要用什么样的方法，或者软件使用的是哪种方法吗？
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2楼2011-06-14 14:04:13
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2011-06-14 14:04:13:
如果你实在不是很明白审稿人的问题，可以明说，解释可以按照你的理解来。

你用Gromacs算，但是显然你不能回答说我就是用Gromacs软件包。用软件之前我们不是该弄清楚我们需要用什么样的方法，或者软件使用的 ...

非常感谢您的回复，我这里还有一个审稿意见不是很明白
“On page 5 line 10, "For the o-HBA and m-HBA molecules, the OPLS-AA force field was used [16].".  The authors should provide the details of the molecular model used in the present study.  I presume the solute molecule is treated at "flexible" and "non-polarizable", however, there is no obvious explanation through the Section 2.”
对于溶质分子的力场参数是"flexible"我可以理解。因为我用的力场中包含了“harmonic angle and dihedral angle”，但是对于“non-polarizable”我不能理解。怎么样才能体现出力场参数是“non-polarizable”
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
3楼2011-06-15 15:17:17
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-15 20:06:58
tpp001(金币+5): 谢谢~~ 2011-06-16 14:25:39
tpp001(金币+5): thanks 2011-06-23 10:14:17
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2011-06-15 15:17:17:
非常感谢您的回复，我这里还有一个审稿意见不是很明白
“On page 5 line 10, "For the o-HBA and m-HBA molecules, the OPLS-AA force field was used [16].".  The authors should provide the de ...

我没用过力场，不过就字面意思而言，审稿人似乎是问你所用的力场是否考虑极化。你可以花点时间了解你所用力场的细节，这样才能准确回答审稿人的提问。
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4楼2011-06-15 15:55:29
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zhaoliang_fly

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-06 09:36:12
个人认为“非极化”的意思就是力场使用对的是对势，不考虑多体效应。gromacs选用对势，这在它的手册一开始有介绍。
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Molecular dynamics simulation!
5楼2011-08-05 02:11:20
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