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sijifengsd

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】基于药效团的分子叠合

大家好：

求助个问题，最近在学习用sybyl 做药效团模型。
做法：在pharmacophore Alignment --GASP打开对话框，Run Name处输入名字，在input区域，选择SLN文件作为分子结构的来源，在【。。。】处要输入*.hts，请问这的hts文件时怎么得到的？

另外，我看有人做基于药效团的分子叠合，然后再做CoMFA研究，请问怎样利用药效团的结果进行分子叠合？

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1楼 2010-12-17 22:14:10

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sijifengsd

银虫 (小有名气)

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引用回帖:

Originally posted by houxuben at 2010-12-19 18:13:39:
就是把CoMFA分子叠合那一步用做出来的药效团进行叠合，也有基于对接结果叠合的CoMFA，做这个的不多了。。。

您说的用做出来的药效团叠合是什么意思啊？我知道如果有共同骨架，就可以基于骨架叠合，或者有对接结果，也可以读入对接构象叠合，然后再做CoMFA/CoMSIA分析，这方面的也做过一些。但就是您说的基于药效团叠合有点模糊。这个叠合方法怎么操作？给个具体的建议吧。
还有基于药效团分析还要区分training set 和test set 么？我知道CoMFA方法时候可以利用统计的方法来划分的，这里我不知道怎么做。
最后一个问题，做药效团分子怎么选?用整个的training set分子还是取其中的一部分啊？