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sijifengsd

银虫 (小有名气)


[交流] 【求助】基于药效团的分子叠合

大家好:

求助个问题,最近在学习用sybyl 做药效团模型。
做法:在pharmacophore Alignment --GASP打开对话框,Run Name处输入名字,在input区域,选择SLN文件作为分子结构的来源,在【。。。】处要输入*.hts,请问这的hts文件时怎么得到的?

另外,我看有人做基于药效团的分子叠合,然后再做CoMFA研究,请问怎样利用药效团的结果进行分子叠合?
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sijifengsd

银虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-19 18:13:39:
就是把CoMFA分子叠合那一步用做出来的药效团进行叠合,也有基于对接结果叠合的CoMFA,做这个的不多了。。。

您说的用做出来的药效团叠合是什么意思啊?我知道如果有共同骨架,就可以基于骨架叠合,或者有对接结果,也可以读入对接构象叠合,然后再做CoMFA/CoMSIA分析,这方面的也做过一些。但就是您说的基于药效团叠合有点模糊。这个叠合方法怎么操作?给个具体的建议吧。
   还有基于药效团分析还要区分training set 和test set 么?我知道CoMFA方法时候可以利用统计的方法来划分的,这里我不知道怎么做。
   最后一个问题,做药效团分子怎么选?用整个的training set分子还是取其中的一部分啊?
8楼2010-12-20 08:41:44
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sijifengsd

银虫 (小有名气)


呵呵

大家给个建议啊!第一个问题我已经解决,但是基于药效团 的假设来做CoMFA我还是不会做。
2楼2010-12-19 10:54:27
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黄石罐

至尊木虫 (著名写手)



sijifengsd(金币+5):谢谢参与
看看。。。。。。。
3楼2010-12-19 12:50:38
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黄石罐

至尊木虫 (著名写手)



sijifengsd(金币+5):谢谢参与
祝福楼主
4楼2010-12-19 12:50:57
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