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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】基于药效团的分子叠合
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】基于药效团的分子叠合

大家好：

求助个问题，最近在学习用sybyl 做药效团模型。
做法：在pharmacophore Alignment --GASP打开对话框，Run Name处输入名字，在input区域，选择SLN文件作为分子结构的来源，在【。。。】处要输入*.hts，请问这的hts文件时怎么得到的？

另外，我看有人做基于药效团的分子叠合，然后再做CoMFA研究，请问怎样利用药效团的结果进行分子叠合？
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1楼 2010-12-17 22:14:10
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-25 23:04:49
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-20 09:45:39:


个人看法，如果有不对的地方请大家指正。药效团做的不多，检验药效团是可以用富集率，就是把数个已知有活性的compound比如说10个，和许多，比如说990个随机挑选的化合物（可用用ZINC库）放在一起，用药效团预 ...

嗯，是这样做的，在sybyl中 药效团做出来了，你的分子构象也出来了。这个就是一个叠合过程，再把这些分子保存为 hits（SLN格式）库，然后进行comfa、comsa 研究。
赞一下(2人) 回复此楼
13楼2010-12-24 15:28:32
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sijifengsd

银虫 (小有名气)

呵呵

大家给个建议啊！第一个问题我已经解决，但是基于药效团 的假设来做CoMFA我还是不会做。
赞一下 回复此楼
2楼2010-12-19 10:54:27
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黄石罐

至尊木虫 (著名写手)
★
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
看看。。。。。。。
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3楼2010-12-19 12:50:38
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黄石罐

至尊木虫 (著名写手)
★
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
祝福楼主
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4楼2010-12-19 12:50:57
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