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sijifengsd

银虫 (小有名气)


[交流] 【求助】基于药效团的分子叠合

大家好:

求助个问题,最近在学习用sybyl 做药效团模型。
做法:在pharmacophore Alignment --GASP打开对话框,Run Name处输入名字,在input区域,选择SLN文件作为分子结构的来源,在【。。。】处要输入*.hts,请问这的hts文件时怎么得到的?

另外,我看有人做基于药效团的分子叠合,然后再做CoMFA研究,请问怎样利用药效团的结果进行分子叠合?
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★
sijifengsd(金币+5):谢谢参与
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-25 23:04:49
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-20 09:45:39:


个人看法,如果有不对的地方请大家指正。药效团做的不多,检验药效团是可以用富集率,就是把数个已知有活性的compound比如说10个,和许多,比如说990个随机挑选的化合物(可用用ZINC库)放在一起,用药效团预 ...

嗯,是这样做的,在sybyl中 药效团做出来了,你的分子构象也出来了。这个就是一个叠合过程,再把这些分子保存为 hits(SLN格式)库,然后进行comfa、comsa 研究。
13楼2010-12-24 15:28:32
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sijifengsd

银虫 (小有名气)


呵呵

大家给个建议啊!第一个问题我已经解决,但是基于药效团 的假设来做CoMFA我还是不会做。
2楼2010-12-19 10:54:27
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黄石罐

至尊木虫 (著名写手)



sijifengsd(金币+5):谢谢参与
看看。。。。。。。
3楼2010-12-19 12:50:38
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黄石罐

至尊木虫 (著名写手)



sijifengsd(金币+5):谢谢参与
祝福楼主
4楼2010-12-19 12:50:57
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