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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】(请教！！)请问有没有哪一种对接软件比较适合做蛋白与RNA的对接呢？？
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】(请教！！)请问有没有哪一种对接软件比较适合做蛋白与RNA的对接呢？？

大家好：
     本人最近遇到一个问题，需要得到一个蛋白与RNA的复合物结构，然后才能进行后续工作。
     RNA：30nt 有结构坐标
     蛋白：80-100 aa 也有坐标，不过据实验报道柔性比较大。

    现在大多对接软件基本是针对蛋白与蛋白或蛋白与小分子的，貌似蛋白-RNA的对接效果不
    太理想。。请问你们有没有做过类似的工作，或者比较而言，觉得哪种类型对接软件最适合
    上述体系呢。。

    本来想用一下AutoDock4做一个的,不过被师兄否定了,觉得不太可靠,现在也不知道下步该
    怎么走了..

    非常感激大家的帮助...........
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1楼 2010-12-10 22:45:15
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vip_zzc

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by caixin5120 at 2010-12-11 13:54:38:
DS 的ZDOCK 可以实现，不过是商业软件。

DS 我们实验室倒是有的。。

不过真没听说过它在对接Protein 与 RNA 上有优势。。

我在网上见一个HADOCK，自称其软件对接上述体系效果不错，

不知道您是怎么看待的呢。。期待您的友情帮助。。
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3楼2010-12-12 15:21:04
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-12-11 23:06:27
vip_zzc(金币+1):恩。感谢你的提议，不过有支撑依据吗。如果能提供相关说明就好了。。 2010-12-12 15:18:41
vip_zzc(金币+1):能具体点吗？ 2010-12-19 18:03:49
DS 的ZDOCK 可以实现，不过是商业软件。
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2楼2010-12-11 13:54:38
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