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【求助/交流】测序问题
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kakaqa
铜虫
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[交流]
【求助/交流】测序问题
最近一直在做连接转化,3000bp左右的片段用pMD18-T easy vector连,之前一直连不上,现在好了,有几个连上的,大小也差不多,可是测序结果确是在一开始两个引物就连在一起,在末端还有引物,最后比对结果是载体序列,请问这是为什么啊,难道是引物自连了,还是测序的问题?请高手指教!
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2010-12-08 09:15:38
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kakaqa(金币
+1
):谢谢参与
rainwander(金币+2):鼓励积极参与~~~ 2010-12-08 10:33:01
引用回帖:
Originally posted by
kakaqa
at 2010-12-08 09:15:38:
最近一直在做连接转化,3000bp左右的片段用pMD18-T easy vector连,之前一直连不上,现在好了,有几个连上的,大小也差不多,可是测序结果确是在一开始两个引物就连在一起,在末端还有引物,最后比对结果是载体序 ...
我也是新手,谈谈我的看法。给你顶一下。
你说的引物是测序引物还是PCR引物?
如果是PCR引物,你的意思是测序发现两个引物连到一起了?然后后面接着载体序列,后面还有PCR引物?
好诡异,如果这样我也不知道是怎么来的。。。我感觉以上理解不对。
如果是测序引物,是不是载体自连了。。。
诡异,重新测序看下吧。我没出现过这样的情况。上海英俊测的。
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2010-12-08 09:49:41
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kakaqa(金币
+1
):谢谢参与
rainwander(金币+2):鼓励积极参与~~~ 2010-12-08 10:33:08
请确保,
1、目的片段是纯的,无污染的,在3000bp的,希望你能切胶后回收在电泳检测一下
2、连接不成功的可能性为载体与目的片段的比例不合适,每个试剂盒都有规定的最佳比例,请用紫外或者marker的目测结果,来配制载体和目的片段的加入量。从而达到最优化,希望楼主试一试
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2010-12-08 09:56:18
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kakaqa
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关于测序问题
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Originally posted by
adslye
at 2010-12-08 09:49:41:
我也是新手,谈谈我的看法。给你顶一下。
你说的引物是测序引物还是PCR引物?
如果是PCR引物,你的意思是测序发现两个引物连到一起了?然后后面接着载体序列,后面还有PCR引物?
好诡异,如果这样我也不知 ...
是我的PCR引物,我也感觉很郁闷的,我怀疑是测序的问题,其实我以前也遇到过这种问题,不过因为当时只有1个样是,其他的都正确就没有在意,可是这次全是这样的,我是在华大测的,师兄建议我送生工测下。
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2010-12-08 09:59:13
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kakaqa(金币
+1
):谢谢参与
估计还是没连接上吧,不知道lz怎么确定连接上了?
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2010-12-08 10:01:54
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TA连接应该很容易成功,长出来的基本都是。起码我做的是这样。。。愿楼主好运,只能重复了。
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6楼
2010-12-08 10:09:40
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kakaqa
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Originally posted by
gongeleven
at 2010-12-08 10:01:54:
估计还是没连接上吧,不知道lz怎么确定连接上了?
通过菌液PCR检测,条带大小跟我要的大小一样。
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7楼
2010-12-08 10:36:19
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yujiaping1
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dhd997(金币+1):谢谢交流 2010-12-08 11:05:16
3000bp,不算短了,可能不太好连。
你如果已经做了克隆,测序使用通用引物比较好
另外一开始就出现两个引物,这种可能也不是不存在,你的引物是否存在二聚体,如果有很厉害的二聚体,还是有可能出现这种情况的,不过你的测序结果应该看到的是两个引物搭起来的情况
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8楼
2010-12-08 10:37:29
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bin86
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9楼
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