应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】RNA干扰求助
111/2返回列表12下一页
查看: 1868  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lhazrael

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】RNA干扰求助 已有3人参与

最近刚接触到RNA干扰，做的是丝状真菌，问人家要了一个载体 这载体的特点是有两个反向的启动子，直接用PCR从全基因组中得到目的基因的片段，然后插入到这两个启动子之间，就可以转录产生dsRNA，看起来挺方便的 我想问下目的基因序列已知，怎么选择插入的片段呢？有什么特别的要求吗？比如说长度，GC含量之类的。实验室没人做过，迷茫得很 请高手指导一下，不胜感激

附件是载体的图片

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-12-07 09:54:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

randomqd

木虫 (小有名气)

樱花骑士

两建议。

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):谢谢交流 2010-12-14 15:15:46
一、现在有许多设计siRNA的网站，只要你把要沉默的目的基因放进去，设好参数就好了。自己找人合成siRNA
给你个网址
http://sysbio.kribb.re.kr:8080/AsiDesigner/designedSirna.jsf
设计的原则，自己找。。
二、找公司设计。。。
没做过真菌的沉默，不晓得它和动物有区别没？
赞一下(2人) 回复此楼
未来天空才是极限
2楼2010-12-07 11:03:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lhazrael

木虫 (正式写手)
这个类似于shRNA表达载体吧？也是用siRNA设计方法吗？我看设计出来的序列也就几十bp，可我看载体的参考文献，他插入了400bp呢，搞不太懂
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-14 14:49:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dhd997

荣誉版主 (文坛精英)

自由人，我型我秀！

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by lhazrael at 2010-12-14 14:49:20:
这个类似于shRNA表达载体吧？也是用siRNA设计方法吗？我看设计出来的序列也就几十bp，可我看载体的参考文献，他插入了400bp呢，搞不太懂

可以引用回复
回复此楼
人生不过几十年，成败荣辱都在天，是非恩怨莫在意，健康快乐最值钱，自古人间苦无边，看得高远境如仙，愿你不为凡事恼，轻松快乐每一天。
4楼2010-12-14 15:16:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

randomqd

木虫 (小有名气)

樱花骑士

可能因为你用的是真菌做为实验材料

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):谢谢交流 2010-12-15 09:03:04
呃，一楼给的是动物体内的shRNA设计，
你用的是真菌做为实验材料，沉默机制中的级联放大的作用，这和动物的有些不一样，可能一段大的dsRNA都可以吧，而且一般设计这么序列都是一下子设计四个序列，比较四个沉默效果，取最好的那个，
也就是说，麻烦点的，你取四个区域吧，选那个最好的
赞一下(2人) 回复此楼
未来天空才是极限
5楼2010-12-14 15:58:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lhazrael

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by randomqd at 2010-12-14 15:58:07:
呃，一楼给的是动物体内的shRNA设计，
你用的是真菌做为实验材料，沉默机制中的级联放大的作用，这和动物的有些不一样，可能一段大的dsRNA都可以吧，而且一般设计这么序列都是一下子设计四个序列，比较四个沉默效 ...

非常感谢，那这段序列是怎么选取呢？有专门的软件吗？
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-15 08:39:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

randomqd

木虫 (小有名气)

樱花骑士

你的载体是两个方向转录两条，我之前做的是一条两个短反向重复序列，在动物细胞体内

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，由polⅢ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。长度23个寡核苷酸可以更有效的；在启动子下游的酶切位点下方紧连一个C；ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。如果选择的目的序列不以G开头，必须在紧连正义链的上游加一个G；中间的茎环，5'TCAAGAG3'序列最为有效(AMBION use)；5-6个T必须放置在shRNA插入片段尾部以确保RNA聚合酶III终止转录(stop)。；在正义链和反义链序列上不能出现连续3个或以上的T。
祝好
赞一下(2人) 回复此楼
未来天空才是极限
7楼2010-12-16 13:58:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lhazrael

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by randomqd at 2010-12-16 13:58:28:
中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，由polⅢ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。长度23个寡核苷酸可以更有效的；在启动子下游的酶切位点下方紧连一个C；ShRNA目的序列的第一个 ...

有没有示意图呢？有点迷糊...
赞一下 回复此楼
8楼2010-12-16 14:17:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lhazrael

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by randomqd at 2010-12-16 13:58:28:
中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，由polⅢ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。长度23个寡核苷酸可以更有效的；在启动子下游的酶切位点下方紧连一个C；ShRNA目的序列的第一个 ...

另外为什么在正义链和反义链序列上不能出现连续3个或以上的T呢？如果是设计几百bp的序列，很难没有3个或3个以上的T的
赞一下 回复此楼
9楼2010-12-16 16:09:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

randomqd

木虫 (小有名气)

樱花骑士

刚说了，我做的是23个核苷酸的

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
只是因为我用的启动子比如U6，碰到多个T会提前终止转录。。。
示意图？太麻烦了吧。其实就是回文结构，互补。。。
大家用的启动子不同。。。
赞一下(1人) 回复此楼
未来天空才是极限
10楼2010-12-16 16:42:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lhazrael 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 4/200 2026-08-23 01:04 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +11 羊腰板 2026-08-21 11/550 2026-08-22 22:03 by lsbin3733
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 3/150 2026-08-22 22:03 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭