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lhazrael

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】RNA干扰求助 已有3人参与

最近刚接触到RNA干扰,做的是丝状真菌,问人家要了一个载体 这载体的特点是有两个反向的启动子,直接用PCR从全基因组中得到目的基因的片段,然后插入到这两个启动子之间,就可以转录产生dsRNA,看起来挺方便的 我想问下目的基因序列已知,怎么选择插入的片段呢?有什么特别的要求吗?比如说长度,GC含量之类的。实验室没人做过,迷茫得很 请高手指导一下,不胜感激

附件是载体的图片

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randomqd

木虫 (小有名气)

樱花骑士

两建议。

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):谢谢交流 2010-12-14 15:15:46
一、现在有许多设计siRNA的网站,只要你把要沉默的目的基因放进去,设好参数就好了。自己找人合成siRNA
给你个网址
http://sysbio.kribb.re.kr:8080/AsiDesigner/designedSirna.jsf
设计的原则,自己找。。
二、找公司设计。。。
没做过真菌的沉默,不晓得它和动物有区别没?
未来天空才是极限
2楼2010-12-07 11:03:05
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lhazrael

木虫 (正式写手)

这个类似于shRNA表达载体吧?也是用siRNA设计方法吗?我看设计出来的序列也就几十bp,可我看载体的参考文献,他插入了400bp呢,搞不太懂
3楼2010-12-14 14:49:20
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dhd997

荣誉版主 (文坛精英)

自由人,我型我秀!

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by lhazrael at 2010-12-14 14:49:20:
这个类似于shRNA表达载体吧?也是用siRNA设计方法吗?我看设计出来的序列也就几十bp,可我看载体的参考文献,他插入了400bp呢,搞不太懂

可以引用回复
人生不过几十年,成败荣辱都在天,是非恩怨莫在意,健康快乐最值钱,自古人间苦无边,看得高远境如仙,愿你不为凡事恼,轻松快乐每一天。
4楼2010-12-14 15:16:09
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randomqd

木虫 (小有名气)

樱花骑士

可能因为你用的是真菌做为实验材料

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):谢谢交流 2010-12-15 09:03:04
呃,一楼给的是动物体内的shRNA设计,
你用的是真菌做为实验材料,沉默机制中的级联放大的作用,这和动物的有些不一样,可能一段大的dsRNA都可以吧,而且一般设计这么序列都是一下子设计四个序列,比较四个沉默效果,取最好的那个,
也就是说,麻烦点的,你取四个区域吧,选那个最好的
未来天空才是极限
5楼2010-12-14 15:58:07
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lhazrael

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by randomqd at 2010-12-14 15:58:07:
呃,一楼给的是动物体内的shRNA设计,
你用的是真菌做为实验材料,沉默机制中的级联放大的作用,这和动物的有些不一样,可能一段大的dsRNA都可以吧,而且一般设计这么序列都是一下子设计四个序列,比较四个沉默效 ...

非常感谢,那这段序列是怎么选取呢?有专门的软件吗?
6楼2010-12-15 08:39:30
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randomqd

木虫 (小有名气)

樱花骑士

你的载体是两个方向转录两条,我之前做的是一条两个短反向重复序列,在动物细胞体内


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
中间由一茎环(loop)序列分隔的,组成发夹结构,由polⅢ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。长度23个寡核苷酸可以更有效的;在启动子下游的酶切位点下方紧连一个C;ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。如果选择的目的序列不以G开头,必须在紧连正义链的上游加一个G;中间的茎环,5'TCAAGAG3'序列最为有效(AMBION use);5-6个T必须放置在shRNA插入片段尾部以确保RNA聚合酶III终止转录(stop)。;在正义链和反义链序列上不能出现连续3个或以上的T。
祝好
未来天空才是极限
7楼2010-12-16 13:58:28
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lhazrael

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by randomqd at 2010-12-16 13:58:28:
中间由一茎环(loop)序列分隔的,组成发夹结构,由polⅢ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。长度23个寡核苷酸可以更有效的;在启动子下游的酶切位点下方紧连一个C;ShRNA目的序列的第一个 ...

有没有示意图呢?有点迷糊...
8楼2010-12-16 14:17:56
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lhazrael

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by randomqd at 2010-12-16 13:58:28:
中间由一茎环(loop)序列分隔的,组成发夹结构,由polⅢ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。长度23个寡核苷酸可以更有效的;在启动子下游的酶切位点下方紧连一个C;ShRNA目的序列的第一个 ...

另外为什么在正义链和反义链序列上不能出现连续3个或以上的T呢?如果是设计几百bp的序列,很难没有3个或3个以上的T的
9楼2010-12-16 16:09:10
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randomqd

木虫 (小有名气)

樱花骑士

刚说了,我做的是23个核苷酸的


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
只是因为我用的启动子比如U6,碰到多个T会提前终止转录。。。
示意图?太麻烦了吧。其实就是回文结构,互补。。。
大家用的启动子不同。。。
未来天空才是极限
10楼2010-12-16 16:42:26
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