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lhazrael

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】RNA干扰求助 已有3人参与

最近刚接触到RNA干扰,做的是丝状真菌,问人家要了一个载体 这载体的特点是有两个反向的启动子,直接用PCR从全基因组中得到目的基因的片段,然后插入到这两个启动子之间,就可以转录产生dsRNA,看起来挺方便的 我想问下目的基因序列已知,怎么选择插入的片段呢?有什么特别的要求吗?比如说长度,GC含量之类的。实验室没人做过,迷茫得很 请高手指导一下,不胜感激

附件是载体的图片

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lhazrael

木虫 (正式写手)

这个类似于shRNA表达载体吧?也是用siRNA设计方法吗?我看设计出来的序列也就几十bp,可我看载体的参考文献,他插入了400bp呢,搞不太懂
3楼2010-12-14 14:49:20
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randomqd

木虫 (小有名气)

樱花骑士

两建议。

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):谢谢交流 2010-12-14 15:15:46
一、现在有许多设计siRNA的网站,只要你把要沉默的目的基因放进去,设好参数就好了。自己找人合成siRNA
给你个网址
http://sysbio.kribb.re.kr:8080/AsiDesigner/designedSirna.jsf
设计的原则,自己找。。
二、找公司设计。。。
没做过真菌的沉默,不晓得它和动物有区别没?
未来天空才是极限
2楼2010-12-07 11:03:05
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dhd997

荣誉版主 (文坛精英)

自由人,我型我秀!

优秀版主

引用回帖:
Originally posted by lhazrael at 2010-12-14 14:49:20:
这个类似于shRNA表达载体吧?也是用siRNA设计方法吗?我看设计出来的序列也就几十bp,可我看载体的参考文献,他插入了400bp呢,搞不太懂

可以引用回复
人生不过几十年,成败荣辱都在天,是非恩怨莫在意,健康快乐最值钱,自古人间苦无边,看得高远境如仙,愿你不为凡事恼,轻松快乐每一天。
4楼2010-12-14 15:16:09
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randomqd

木虫 (小有名气)

樱花骑士

可能因为你用的是真菌做为实验材料

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):谢谢交流 2010-12-15 09:03:04
呃,一楼给的是动物体内的shRNA设计,
你用的是真菌做为实验材料,沉默机制中的级联放大的作用,这和动物的有些不一样,可能一段大的dsRNA都可以吧,而且一般设计这么序列都是一下子设计四个序列,比较四个沉默效果,取最好的那个,
也就是说,麻烦点的,你取四个区域吧,选那个最好的
未来天空才是极限
5楼2010-12-14 15:58:07
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