应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请教达人：想找出两个细菌中差异表达的基因，有什么成熟且便宜的方法？
321/1返回列表
查看: 3582  |  回复: 31
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

qinjysdu

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】请教达人：想找出两个细菌中差异表达的基因，有什么成熟且便宜的方法？

现有两株细菌，暂命名为1和2，其中2对于某种抗逆环境具有更高的抵抗力，现在想找出在这种环境下两个菌株差异表达的基因，不知有什么办法？其中菌1已经完成了基因组测序，菌2未测序，由于经费有限，不太可能采用全基因组芯片方法，请教各位达人，有什么既便宜又比较成熟的方法？不胜感激！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-12-07 09:21:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qinjysdu

金虫 (小有名气)
自己顶一下！
回复此楼
2楼2010-12-07 20:00:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
qinjysdu(金币+2):谢谢，这个方法就怕自己找出的可能的基因没有包含实际的差异基因！ 2010-12-08 08:30:35
可不可以在抗逆条件下提RNA，找些可能的基因做qPCR看看~~~~
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-12-07 22:33:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gastrodia

金虫 (正式写手)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
qinjysdu(金币+5):谢谢，该方法应该可行！ 2010-12-08 08:29:19
不知道差减杂交是不是可以
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-12-07 23:34:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangleisdnu

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
rainwander(金币+2):鼓励积极参与~ 2010-12-08 08:15:07
Non-radioactive RNA fingerprint procedure
First strand cDNA synthesis was performed with 15 mg of total
RNA, 500 pmol oligo(dT)18 and 800U Superscript II reverse
transcriptase (Life Technologies) in a volume of 100ml RT
buffer, following the manufacturer’s instructions. After heat
inactivation of reverse transcriptase and RNase A digestion,
reaction products were purified from excess oligonucleotides
by using a QIAquick kit (Qiagen). cDNA derived from 75 ng of
total RNA was used as template for PCR. Amplification was
performed in 20 ml of PCR buffer (10mM Tris-Cl pH 8.3,
50mM KCl, 1.5mM MgCl2) with 125mM dNTPs (Pharmacia)
and 1mM each primer. For each reaction, two 18-mer
oligonucleotides, of arbitrary sequence and a GC content of
61%, were used. Sequences of all 131 oligonucleotides used
in this screen can be obtained upon request. All PCR
amplifications were performed on an Omni-Gene thermal
cycler (Hybaid). After 2 min of denaturation at 948C, 2 units of
Taq DNA polymerase (Roche) were added (manual ‘hot
start’). After 1 min at 948C, the profile was started with two,
low-stringency cycles (948C for 1.5 min, 508C for 3.5 min and
728C for 3 min) followed by 35–40 high-stringency cycles
(948C for 1 min, 658C for 1 min, and 728C for 1 min), and a final
5 min extension at 728C. Reaction products were separated
on 2% SeaKem LE agarose gels (FMC) for 3.5 h at 6–
7Vcm21 and 88C. Gel and running buffer was 0.5X TBE
(50mM Tris-borate pH 7.9, 1mM Na2-EDTA) containing
5mgml21 ethidium bromide. Bands of interest were excised,
DNA was eluted with a Jetsorb kit (Genomed) and the
amplicons were cloned directly by using a Topo TA cloning kit
(Invitrogen).

这种方法比较的原始，应该比较的便宜
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-12-08 04:32:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qinjysdu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gastrodia at 2010-12-07 23:34:29:
不知道差减杂交是不是可以

请问这种方法的中文名和原理，谢谢！
赞一下 回复此楼
6楼2010-12-08 08:33:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qinjysdu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wangleisdnu at 2010-12-08 04:32:53:
Non-radioactive RNA fingerprint procedure
First strand cDNA synthesis was performed with 15 mg of total
RNA, 500 pmol oligo(dT)18 and 800U Superscript II reverse
transcriptase (Life Technologies ...

请问这种方法的中文名和原理是什么？
赞一下 回复此楼
7楼2010-12-08 08:34:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qinjysdu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qinjysdu at 2010-12-08 08:33:07:


请问这种方法的中文名和原理，谢谢！

回复错了，不好意思！
赞一下 回复此楼
8楼2010-12-08 08:35:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainwander

铁杆木虫 (知名作家)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by qinjysdu at 2010-12-08 08:35:08:


回复错了，不好意思！

引用自己的
回复此楼
9楼2010-12-08 08:40:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
qinjysdu(金币+2):学校暂时没有蛋白质组学设备，而且花费应该很大！ 2010-12-08 09:15:10
蛋白质组学的方法不知道可行不？
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-12-08 08:41:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoge_2005

金虫 (小有名气)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
帮楼主顶一下
回复此楼
12楼2010-12-08 08:54:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YaYa785

银虫 (小有名气)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
你能确定抗力能力是因为什么吗？找到基因，检测mRNA差异会很能说明问题...
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2010-12-08 11:17:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qinjysdu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2010-12-08 11:17:31:
你能确定抗力能力是因为什么吗？找到基因，检测mRNA差异会很能说明问题...

不能确定
回复此楼
14楼2010-12-08 18:29:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YaYa785

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
dhd997(金币+1):鼓励交流 2010-12-09 10:32:09
看天(金币+2):热心 2010-12-13 12:31:48
引用回帖:
Originally posted by qinjysdu at 2010-12-08 18:29:17:


不能确定

不能个确定的话  这个差异只能是外在表现型....多看看相关文章，国内做的很多事国外已经做过的，不难查到资料，你可以一那些资料为基础来找，不外乎设计引物扩增预测目的片段，测序比较差异，这是最简单的了....嗯还有  中文文献可信度比较低，看个理论就行了，想得到可靠的数据还是看外文吧...
赞一下(2人) 回复此楼
15楼2010-12-09 10:21:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dhd997 at 2010-12-08 08:52:34:
帮顶一下

仁兄，你很缺钱么？都那么多金币你还这样回复捞钱...看你等级也不低啊，就这点水平，人家求助容易吗...
赞一下 回复此楼
16楼2010-12-09 10:24:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dhd997

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2010-12-09 10:24:21:



仁兄，你很缺钱么？都那么多金币你还这样回复捞钱...看你等级也不低啊，就这点水平，人家求助容易吗...

你以为我就只为几个金币吗？版主区散金币的多得是。我这也是帮他顶起来。帖子沉了，你想解答都看不到帖子
赞一下 回复此楼
17楼2010-12-09 10:33:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dhd997 at 2010-12-09 10:33:07:

你以为我就只为几个金币吗？版主区散金币的多得是。我这也是帮他顶起来。帖子沉了，你想解答都看不到帖子

..........
回复此楼
18楼2010-12-09 11:07:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2010-12-09 11:07:23:



..........

好吧  我错了
回复此楼
19楼2010-12-09 11:10:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dhd997 at 2010-12-08 08:52:34:
帮顶一下

好吧 ...我错了
回复此楼
20楼2010-12-09 11:11:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dhd997

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2010-12-09 11:07:23:



..........

呵呵，版主就是每个帖子都要看，要顶帖，要评分
请理解吧
赞一下 回复此楼
21楼2010-12-09 11:41:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stewartywj

金虫 (小有名气)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
转录组学方法
回复此楼
22楼2010-12-09 12:41:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dhd997 at 2010-12-09 11:41:44:

呵呵，版主就是每个帖子都要看，要顶帖，要评分
请理解吧

不好意思  没注意你是版主....
嗯以后要培养一下阶级意识...
赞一下 回复此楼
23楼2010-12-09 12:49:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gastrodia

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
scelab(金币+3):谢谢提供 2010-12-13 10:22:06
差减杂交：http://202.204.208.83/yichuanxue/wlkc/ckzl/uyju/09.htm
我真晕，楼主要学会使用搜索引擎才好
赞一下(1人) 回复此楼
24楼2010-12-10 19:01:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopyzxx

木虫 (著名写手)
★
qinjysdu(金币+1):谢谢参与
我以前做过DDRT-PCR。好久没关注这个了。
不知道技术有没有发展。
赞一下(1人) 回复此楼
26楼2010-12-11 01:19:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YaYa785

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用同位素标记检测行么？？？
赞一下(1人) 回复此楼
27楼2010-12-13 09:50:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by gastrodia at 2010-12-10 19:01:50:
差减杂交：http://202.204.208.83/yichuanxue/wlkc/ckzl/uyju/09.htm
我真晕，楼主要学会使用搜索引擎才好

方法学的东西好多都不知道，偶也第一次听说
这个方法做起来貌似很复杂啊，不知道效果怎么样啊
赞一下(1人) 回复此楼
28楼2010-12-13 10:27:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2010-12-09 12:49:44:




不好意思  没注意你是版主....
嗯以后要培养一下阶级意识...

版主基本上是每帖必回（看）的
赞一下 回复此楼
29楼2010-12-13 10:29:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2010-12-07 22:33:42:
可不可以在抗逆条件下提RNA，找些可能的基因做qPCR看看~~~~

位置gene如何做qPCR呢
赞一下 回复此楼
30楼2010-12-13 10:38:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
未知的，是蛮麻烦的，那还是测序吧……转录组了~~~
赞一下(1人) 回复此楼
31楼2010-12-13 14:36:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-13 10:29:03:

版主基本上是每帖必回（看）的

我吐血.....
回复此楼
32楼2010-12-14 09:35:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
dhd99711楼
2010-12-08 08:52   回复  
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
帮顶一下
pjiang25楼
2010-12-11 00:41   回复  
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 qinjysdu 的主题更新
321/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭