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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请教达人：想找出两个细菌中差异表达的基因，有什么成熟且便宜的方法？
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qinjysdu

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】请教达人：想找出两个细菌中差异表达的基因，有什么成熟且便宜的方法？

现有两株细菌，暂命名为1和2，其中2对于某种抗逆环境具有更高的抵抗力，现在想找出在这种环境下两个菌株差异表达的基因，不知有什么办法？其中菌1已经完成了基因组测序，菌2未测序，由于经费有限，不太可能采用全基因组芯片方法，请教各位达人，有什么既便宜又比较成熟的方法？不胜感激！
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1楼 2010-12-07 09:21:36
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qinjysdu

金虫 (小有名气)
自己顶一下！
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2楼2010-12-07 20:00:25
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
qinjysdu(金币+2):谢谢，这个方法就怕自己找出的可能的基因没有包含实际的差异基因！ 2010-12-08 08:30:35
可不可以在抗逆条件下提RNA，找些可能的基因做qPCR看看~~~~
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3楼2010-12-07 22:33:42
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gastrodia

金虫 (正式写手)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
qinjysdu(金币+5):谢谢，该方法应该可行！ 2010-12-08 08:29:19
不知道差减杂交是不是可以
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-12-07 23:34:29
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wangleisdnu

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
rainwander(金币+2):鼓励积极参与~ 2010-12-08 08:15:07
Non-radioactive RNA fingerprint procedure
First strand cDNA synthesis was performed with 15 mg of total
RNA, 500 pmol oligo(dT)18 and 800U Superscript II reverse
transcriptase (Life Technologies) in a volume of 100ml RT
buffer, following the manufacturer’s instructions. After heat
inactivation of reverse transcriptase and RNase A digestion,
reaction products were purified from excess oligonucleotides
by using a QIAquick kit (Qiagen). cDNA derived from 75 ng of
total RNA was used as template for PCR. Amplification was
performed in 20 ml of PCR buffer (10mM Tris-Cl pH 8.3,
50mM KCl, 1.5mM MgCl2) with 125mM dNTPs (Pharmacia)
and 1mM each primer. For each reaction, two 18-mer
oligonucleotides, of arbitrary sequence and a GC content of
61%, were used. Sequences of all 131 oligonucleotides used
in this screen can be obtained upon request. All PCR
amplifications were performed on an Omni-Gene thermal
cycler (Hybaid). After 2 min of denaturation at 948C, 2 units of
Taq DNA polymerase (Roche) were added (manual ‘hot
start’). After 1 min at 948C, the profile was started with two,
low-stringency cycles (948C for 1.5 min, 508C for 3.5 min and
728C for 3 min) followed by 35–40 high-stringency cycles
(948C for 1 min, 658C for 1 min, and 728C for 1 min), and a final
5 min extension at 728C. Reaction products were separated
on 2% SeaKem LE agarose gels (FMC) for 3.5 h at 6–
7Vcm21 and 88C. Gel and running buffer was 0.5X TBE
(50mM Tris-borate pH 7.9, 1mM Na2-EDTA) containing
5mgml21 ethidium bromide. Bands of interest were excised,
DNA was eluted with a Jetsorb kit (Genomed) and the
amplicons were cloned directly by using a Topo TA cloning kit
(Invitrogen).

这种方法比较的原始，应该比较的便宜
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5楼2010-12-08 04:32:53
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qinjysdu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gastrodia at 2010-12-07 23:34:29:
不知道差减杂交是不是可以

请问这种方法的中文名和原理，谢谢！
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6楼2010-12-08 08:33:07
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qinjysdu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wangleisdnu at 2010-12-08 04:32:53:
Non-radioactive RNA fingerprint procedure
First strand cDNA synthesis was performed with 15 mg of total
RNA, 500 pmol oligo(dT)18 and 800U Superscript II reverse
transcriptase (Life Technologies ...

请问这种方法的中文名和原理是什么？
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7楼2010-12-08 08:34:18
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qinjysdu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qinjysdu at 2010-12-08 08:33:07:


请问这种方法的中文名和原理，谢谢！

回复错了，不好意思！
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8楼2010-12-08 08:35:08
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rainwander

铁杆木虫 (知名作家)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by qinjysdu at 2010-12-08 08:35:08:


回复错了，不好意思！

引用自己的
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9楼2010-12-08 08:40:12
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
qinjysdu(金币+2):学校暂时没有蛋白质组学设备，而且花费应该很大！ 2010-12-08 09:15:10
蛋白质组学的方法不知道可行不？
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10楼2010-12-08 08:41:10
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zhaoge_2005

金虫 (小有名气)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
帮楼主顶一下
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12楼2010-12-08 08:54:43
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YaYa785

银虫 (小有名气)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
你能确定抗力能力是因为什么吗？找到基因，检测mRNA差异会很能说明问题...
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13楼2010-12-08 11:17:31
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qinjysdu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2010-12-08 11:17:31:
你能确定抗力能力是因为什么吗？找到基因，检测mRNA差异会很能说明问题...

不能确定
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14楼2010-12-08 18:29:17
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YaYa785

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
dhd997(金币+1):鼓励交流 2010-12-09 10:32:09
看天(金币+2):热心 2010-12-13 12:31:48
引用回帖:
Originally posted by qinjysdu at 2010-12-08 18:29:17:


不能确定

不能个确定的话  这个差异只能是外在表现型....多看看相关文章，国内做的很多事国外已经做过的，不难查到资料，你可以一那些资料为基础来找，不外乎设计引物扩增预测目的片段，测序比较差异，这是最简单的了....嗯还有  中文文献可信度比较低，看个理论就行了，想得到可靠的数据还是看外文吧...
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15楼2010-12-09 10:21:39
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YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dhd997 at 2010-12-08 08:52:34:
帮顶一下

仁兄，你很缺钱么？都那么多金币你还这样回复捞钱...看你等级也不低啊，就这点水平，人家求助容易吗...
赞一下 回复此楼
16楼2010-12-09 10:24:21
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dhd997

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2010-12-09 10:24:21:



仁兄，你很缺钱么？都那么多金币你还这样回复捞钱...看你等级也不低啊，就这点水平，人家求助容易吗...

你以为我就只为几个金币吗？版主区散金币的多得是。我这也是帮他顶起来。帖子沉了，你想解答都看不到帖子
赞一下 回复此楼
17楼2010-12-09 10:33:07
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YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dhd997 at 2010-12-09 10:33:07:

你以为我就只为几个金币吗？版主区散金币的多得是。我这也是帮他顶起来。帖子沉了，你想解答都看不到帖子

..........
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18楼2010-12-09 11:07:23
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YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2010-12-09 11:07:23:



..........

好吧  我错了
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19楼2010-12-09 11:10:23
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YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dhd997 at 2010-12-08 08:52:34:
帮顶一下

好吧 ...我错了
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20楼2010-12-09 11:11:02
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dhd997

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2010-12-09 11:07:23:



..........

呵呵，版主就是每个帖子都要看，要顶帖，要评分
请理解吧
赞一下 回复此楼
21楼2010-12-09 11:41:44
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stewartywj

金虫 (小有名气)
★
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
转录组学方法
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22楼2010-12-09 12:41:35
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YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dhd997 at 2010-12-09 11:41:44:

呵呵，版主就是每个帖子都要看，要顶帖，要评分
请理解吧

不好意思  没注意你是版主....
嗯以后要培养一下阶级意识...
赞一下 回复此楼
23楼2010-12-09 12:49:44
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gastrodia

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
scelab(金币+3):谢谢提供 2010-12-13 10:22:06
差减杂交：http://202.204.208.83/yichuanxue/wlkc/ckzl/uyju/09.htm
我真晕，楼主要学会使用搜索引擎才好
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24楼2010-12-10 19:01:50
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snoopyzxx

木虫 (著名写手)
★
qinjysdu(金币+1):谢谢参与
我以前做过DDRT-PCR。好久没关注这个了。
不知道技术有没有发展。
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26楼2010-12-11 01:19:36
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YaYa785

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用同位素标记检测行么？？？
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27楼2010-12-13 09:50:06
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by gastrodia at 2010-12-10 19:01:50:
差减杂交：http://202.204.208.83/yichuanxue/wlkc/ckzl/uyju/09.htm
我真晕，楼主要学会使用搜索引擎才好

方法学的东西好多都不知道，偶也第一次听说
这个方法做起来貌似很复杂啊，不知道效果怎么样啊
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28楼2010-12-13 10:27:49
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by YaYa785 at 2010-12-09 12:49:44:




不好意思  没注意你是版主....
嗯以后要培养一下阶级意识...

版主基本上是每帖必回（看）的
赞一下 回复此楼
29楼2010-12-13 10:29:03
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by xp198766 at 2010-12-07 22:33:42:
可不可以在抗逆条件下提RNA，找些可能的基因做qPCR看看~~~~

位置gene如何做qPCR呢
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30楼2010-12-13 10:38:18
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
未知的，是蛮麻烦的，那还是测序吧……转录组了~~~
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31楼2010-12-13 14:36:29
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YaYa785

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-13 10:29:03:

版主基本上是每帖必回（看）的

我吐血.....
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32楼2010-12-14 09:35:53
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dhd99711楼
2010-12-08 08:52   回复  
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
帮顶一下
pjiang25楼
2010-12-11 00:41   回复  
qinjysdu(金币+2):谢谢参与
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