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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请教：引物设计的酶切位点等是否计算入Tm中?
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【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 honglix 的 31 个金币
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honglix

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教：引物设计的酶切位点等是否计算入Tm中?

请教高手，设计引物时5‘端加的酶切位点等是否在计算Tm时需要计入？上下游引物碱基个数不能相差太多，但是加入5’端的连接子酶切位点等在计算上下游碱基个数差别时是否计入？
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1楼2010-10-22 10:02:59
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fjt198719

木虫 (著名写手)

永远的菜鸟
★
lstt09nk(金币+1):鼓励交流 2010-10-22 18:55:00
honglix(金币+3): 2010-10-22 19:45:34
本人从来不计算TM值，设计引物都是直接手写，扩增200-3000片段全部没得问题。SOE-PCR也没的问题，就是直接融合5个片段也没的问题，设计的中间融合引物都是50bp，跟30bp的一起扩增，刚刚的。
本人粗略觉得退火温度只与目的菌株的GC含量等有关
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独YY不如众YY！！！
5楼2010-10-22 13:19:35
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)
honglix(金币+5): 2010-10-22 19:43:42
计算Tm看与互补配对的碱基个数
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2楼2010-10-22 10:05:43
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-22 10:09:51
honglix(金币+5): 2010-10-22 19:44:18
我习惯分两步
前面是只考虑互补的，大概跑8~10个循环，后面的就考虑酶切位点，提高退火温度
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3楼2010-10-22 10:07:33
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j2

木虫 (正式写手)
honglix(金币+1): 2010-10-22 19:44:27
我没有算也，扩增没问题
赞一下 回复此楼
修炼ｉｎｇ，当虫仙……
4楼2010-10-22 13:00:33
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