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honglix

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教:引物设计的酶切位点等是否计算入Tm中?

请教高手,设计引物时5‘端加的酶切位点等是否在计算Tm时需要计入?上下游引物碱基个数不能相差太多,但是加入5’端的连接子酶切位点等在计算上下游碱基个数差别时是否计入?
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

honglix(金币+5): 2010-10-22 19:43:42
计算Tm看与互补配对的碱基个数
2楼2010-10-22 10:05:43
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-22 10:09:51
honglix(金币+5): 2010-10-22 19:44:18
我习惯分两步
前面是只考虑互补的,大概跑8~10个循环,后面的就考虑酶切位点,提高退火温度
3楼2010-10-22 10:07:33
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j2

木虫 (正式写手)

honglix(金币+1): 2010-10-22 19:44:27
我没有算也,扩增没问题
修炼ing,当虫仙……
4楼2010-10-22 13:00:33
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fjt198719

木虫 (著名写手)

永远的菜鸟


lstt09nk(金币+1):鼓励交流 2010-10-22 18:55:00
honglix(金币+3): 2010-10-22 19:45:34
本人从来不计算TM值,设计引物都是直接手写,扩增200-3000片段全部没得问题。SOE-PCR也没的问题,就是直接融合5个片段也没的问题,设计的中间融合引物都是50bp,跟30bp的一起扩增,刚刚的。
本人粗略觉得退火温度只与目的菌株的GC含量等有关
独YY不如众YY!!!
5楼2010-10-22 13:19:35
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taigongzaici

新虫 (小有名气)

honglix(金币+1): 2010-10-22 19:45:45
呵呵,应该看一下的,应该算进去的,不出问题一切都好,要是有问题,就不好说了
6楼2010-10-22 14:56:45
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hutingting

银虫 (正式写手)

honglix(金币+1): 2010-10-22 19:45:53
我算进去了 扩增300左右的,没有问题
7楼2010-10-22 15:56:13
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

honglix(金币+1): 2010-10-22 19:45:58
不计入。 退火只看配对的键值
8楼2010-10-22 16:03:03
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xulanzzz

木虫 (著名写手)

honglix(金币+1): 2010-10-22 19:46:03
计算Tm时不用考虑酶切位点。。
DOBEST
9楼2010-10-22 16:19:50
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最爱花诗雨

金虫 (正式写手)

穷鬼

honglix(金币+1): 2010-10-22 19:46:12
做个梯度PCR,肯定没问题了
严于律己,宽以待人
10楼2010-10-22 17:07:32
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