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【求助/交流】求助一个pcr条件的问题
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铜虫
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[交流]
【求助/交流】求助一个pcr条件的问题
已有5人参与
想求助两个pcr条件的问题:
1.我的两端引物tm都是57,在设定尝试退火温度的时候应该设定在多少合适呢?
2.关于延伸 和退火的时间是不是和片段的长度有关系呢 特别是延伸时间是怎么算出来的呢(用Dreamtaq)我的片段在600bp左右,请问应该设定在多少比较合适?如果过长了会有什么影响呢
呵呵 新手提问 麻烦各位高手作答了
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2010-09-21 17:04:14
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小小豆豆
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):给个红包,谢谢回帖交流
楼上的退火温度计算反了,应该是减5至10度。
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3楼
2010-09-21 22:42:05
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lstt09nk(金币+1):热心 2010-09-21 20:00:11
1、用50mM Na+的Tm值作参考,把这个Tm加5~10度即可。不同离子强度下的Tm是不一样的~
2、一般按1kb/min来算。600bp设个40秒足够了
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2楼
2010-09-21 19:45:22
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Originally posted by
小小豆豆
at 2010-09-21 22:42:05:
楼上的退火温度计算反了,应该是减5至10度。
没有反,你说的减,是传统的以设计软件PP5给出的Tm做参考的
而事实上,按照我的个人经验,按照PP5的Tm减5做出来的效果不好,比如做半定量,经常有dimer
还不如参考50mM Na+的Tm来加5~10,适用克隆和实时定量级的实验
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2010-09-21 23:42:49
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还是做个温度梯度比较好
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2010-09-22 09:39:44
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