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zh1987hs

金虫 (著名写手)

[资源] 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖

">分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
作为一个分子模拟领域的门外汉，主要应用一些成型的软件进行课题相关对象的模拟，在接触分子模拟一年多的时间里，多多少少也接触了一些分子对接，同源模建和分子动力学的软件。在此想开一贴，介绍一下我用这些软件的简要介绍，自己的一些心得，也欢迎更多的虫友能对这些方向的软件进行介绍，补充，争取做成一个系列。
初步列下我接触过的软件，以后将持续更新
同源模建：
SWISS-MODEL
MODELLER
Geno3D
phyre
分子对接：
Autodock-5楼
MVD-7楼
iGEMDOCK-2楼
分子动力学：
DESMOND
NAMD
GROMACS
这些软件都仅仅是接触过的，谈不上精通，因此能提供的只是个简单的介绍，其中比较熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以详细点介绍，其它的就仅当抛砖引玉，希望能引起大家对这些软件应用的探讨，共同进步。

[ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ]

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1楼2010-09-12 10:08:55

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zh1987hs

金虫 (著名写手)

Molecule Virtual Docker 介绍

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-09-19 21:43:37

2-3分子对接软件Molecule Virtual Docker
Molecule Virtual Docker网站：http://www.molegro.com/mvd-features.php
是商业软件，不直接出售，需要通过国内的代理购买，国内的代理商叫天演。
最初接触这个软件的原因是想画出活性位点的疏水性残基分布，结果偶然搜到了一个免费的图形显示软件
就是这个软件自带的免费GUI（除了GUI都是要钱的）
优点：多平台下无障碍通用，可以再WIN,LINUX和MAC下使用，既可以利用其中的Docking Wizard从事主业
-分子对接，也可以利用其中的DATA ANALYZER进行3D-QSAR模型的建立，可以说是功能强大。
针对自己的一点使用体验来说：
1. 操作比较简单，需要设定对接配体所处的位置，可以是单个文件，也可以是文件夹，方便进行虚拟筛选
对接位点的选择仍然需要文献的指导。能给出配体和受体的结合能，但是其判断构想是否合理的依据并不是
之前提到的AD那种以聚类数目多少判别构象的合理与否。
2. 对接的准确度确实很高，多个体系的RMSD均<2
3.显示效果良好，可以显示活性口袋的电势分布，疏水残基分布等，同时，可将PDB文件里包含的部分以
蛋白，配体等拆分开来表示。比较人性化。
更多的功能希望虫友能给予补充

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7楼2010-09-18 00:06:33

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zh1987hs

金虫 (著名写手)

iGEMDOCK介绍

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-16 18:39:53

2-1:2代表属于分子对接软件，1为2中的第一个介绍，下同
iGEMDOCK网站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php
功能：分子对接，虚拟筛选
额外需要的软件：SWISS-PDBVIEWER
网站：http://spdbv.vital-it.ch/
功能介绍：
这是台湾一个大学开发的分子对接软件，目前最新的版本是2.1
这个对接软件给我的印象就是使用非常简单，整个运行实际上只需要选择活性位点，选择配体即可开始对接，活性位点的选择通过SWISS-PDBVIEWER进行，配体的结构可以利用CHEM3D绘制并优化获得。都准备齐全后，就可进行对接。
对接的模式分为标准对接，稳定对接,准确对接，药物筛选，快速对接和用户自定义对接，主要的区别在于遗传代数以及对接次数。药物筛选主要用于配体数据库，如ZINC的筛选，而其余几种则比较适合小规模的对接。
结果的表示：会给出最好的构象，PDB格式，默认的显示软件是RASMOL。
评价：自带的教程很详细，一步一步照着做就能顺利完成，对接的准确度尝试了不带柔性键的苯，RMSD很小，但是因为我的专业不是药学，因此，柔性键很多的分子并未尝试，希望各位虫友有兴趣的可以将自己的结果在此公布，大家一起来评价不同的软件对接的准确性，哈哈

[ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ]

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2楼2010-09-12 10:32:39

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