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【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
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">分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖 作为一个分子模拟领域的门外汉，主要应用一些成型的软件进行课题相关对象的模拟，在接触分子模拟一年多的时间里，多多少少也接触了一些分子对接，同源模建和分子动力学的软件。在此想开一贴，介绍一下我用这些软件的简要介绍，自己的一些心得，也欢迎更多的虫友能对这些方向的软件进行介绍，补充，争取做成一个系列。 初步列下我接触过的软件，以后将持续更新 同源模建： SWISS-MODEL MODELLER Geno3D phyre 分子对接： Autodock-5楼 MVD-7楼 iGEMDOCK-2楼 分子动力学： DESMOND NAMD GROMACS 这些软件都仅仅是接触过的，谈不上精通，因此能提供的只是个简单的介绍，其中比较熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以详细点介绍，其它的就仅当抛砖引玉，希望能引起大家对这些软件应用的探讨，共同进步。 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ] |
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iGEMDOCK介绍
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lei0736(金币+5):谢谢 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-16 18:39:53
lei0736(金币+5):谢谢 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-16 18:39:53
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2-1:2代表属于分子对接软件，1为2中的第一个介绍，下同 iGEMDOCK网站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php 功能：分子对接，虚拟筛选 额外需要的软件：SWISS-PDBVIEWER 网站：http://spdbv.vital-it.ch/ 功能介绍： 这是台湾一个大学开发的分子对接软件，目前最新的版本是2.1 这个对接软件给我的印象就是使用非常简单，整个运行实际上只需要选择活性位点，选择配体即可开始对接，活性位点的选择通过SWISS-PDBVIEWER进行，配体的结构可以利用CHEM3D绘制并优化获得。都准备齐全后，就可进行对接。 对接的模式分为标准对接，稳定对接,准确对接，药物筛选，快速对接和用户自定义对接，主要的区别在于遗传代数以及对接次数。药物筛选主要用于配体数据库，如ZINC的筛选，而其余几种则比较适合小规模的对接。 结果的表示：会给出最好的构象，PDB格式，默认的显示软件是RASMOL。 评价：自带的教程很详细，一步一步照着做就能顺利完成，对接的准确度尝试了不带柔性键的苯，RMSD很小，但是因为我的专业不是药学，因此，柔性键很多的分子并未尝试，希望各位虫友有兴趣的可以将自己的结果在此公布，大家一起来评价不同的软件对接的准确性，哈哈 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ] |
2楼2010-09-12 10:32:39
Autodock介绍
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ghcacj(金币+10):谢谢分享 2010-09-17 09:59:33
ghcacj(金币+10):谢谢分享 2010-09-17 09:59:33
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2-2: 分子对接软件Autodock Autodock网站：http://autodock.scripps.edu/ 功能介绍：号称是现在应用最为广泛的免费分子对接软件，最新版本是4.2 这个对接软件是我目前最爱用的，一方面是因为我买不起商用软件，诸如SYBYL中的SURFLEX,Schrodinger中的Glide等， 另一方面，就我目前对接的结果来看，AD的准确性还是很不错的，曾经看过MVD的官方介绍，讲到对比不同的对接软件 对已经解析获得的PDB复合物的再现性，得出MVD有87%是最高的，与之进行比较的包括Gold,glide和FLEXX,但是没有提 到和AD的比较，实际上AD的对接效果还是非常不错的。 首先，我们需要明确AD的组成，其核心部件只有两个，一个是Autodock4.exe,另一个是Autogrid4.exe。前者执行对接 后者执行格点计算。大家经常看到的图形化操作界面-AutodockTools不是对接所必需的，但是能给初学者很大的方便。 AD在LINUX和WIN下都可以正常运行，而win下的计算速度要比LINUX下慢六倍左右（自己的体系结果，仅供参考） 如果用LINUX，推荐UBUNTU,可以下载AD的deb文件，直接双击就可安装，没有编译的过程。 win下的安装略微复杂，不过现在不用Cygwin就可以运行！ 配体的准备同iGEMDOCK的所述，受体的话需要加氢，去水。具体的可以看教程。 对接的时候需要对对接的位点进行定义，一般选择文献已报道的活性位点作为对接的中心。 结果的评价：主要看簇聚类情况，通常来说，合理的构象在对接中出现的概率较高，因此，通常一个簇中含有较多的 构象就说明这个构象可能是合理的，当然，也要结合实际体系具体判断。 |
5楼2010-09-16 22:51:13
Molecule Virtual Docker 介绍
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-09-19 21:43:37
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-09-19 21:43:37
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2-3分子对接软件Molecule Virtual Docker Molecule Virtual Docker网站：http://www.molegro.com/mvd-features.php 是商业软件，不直接出售，需要通过国内的代理购买，国内的代理商叫天演。 最初接触这个软件的原因是想画出活性位点的疏水性残基分布，结果偶然搜到了一个免费的图形显示软件 就是这个软件自带的免费GUI（除了GUI都是要钱的） 优点：多平台下无障碍通用，可以再WIN,LINUX和MAC下使用，既可以利用其中的Docking Wizard从事主业 -分子对接，也可以利用其中的DATA ANALYZER进行3D-QSAR模型的建立，可以说是功能强大。 针对自己的一点使用体验来说： 1. 操作比较简单，需要设定对接配体所处的位置，可以是单个文件，也可以是文件夹，方便进行虚拟筛选 对接位点的选择仍然需要文献的指导。能给出配体和受体的结合能，但是其判断构想是否合理的依据并不是 之前提到的AD那种以聚类数目多少判别构象的合理与否。 2. 对接的准确度确实很高，多个体系的RMSD均<2 3.显示效果良好，可以显示活性口袋的电势分布，疏水残基分布等，同时，可将PDB文件里包含的部分以 蛋白，配体等拆分开来表示。比较人性化。 更多的功能希望虫友能给予补充 |
7楼2010-09-18 00:06:33
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-29 17:13:01
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-29 17:13:01
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http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ 这是一个介绍多种对接软件，量化计算，QSAR等的网站，希望大家能从中了解哪些软件可以应用~ |
8楼2010-09-29 17:09:42
10楼2010-10-22 10:09:00
12楼2010-10-22 16:07:09
15楼2010-11-17 22:32:01
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ghcacj(金币+9):谢谢 2010-11-27 13:23:01
ghcacj(金币+9):谢谢 2010-11-27 13:23:01
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呵呵~你好~同源模建的软件如SWISS-MODEL,MODELLER本身都会带有能量最小化的过程，但是随后对模型的修饰采用什么样的能量最小化方法一直是个不小的问题，现在也没有定论。有个学名叫过度优化，一般检测的结果都不会特别好的，只是要检测一般都是拿直接建模的结果进行检测就行 我的意见是： 1.如果你的目标序列和模板蛋白的序列一致性比较高，不用过度优化~ 2.如果实在要优化，一般后面都会跟着分子动力学模拟~ [ Last edited by zh1987hs on 2010-11-26 at 15:07 ] |
18楼2010-11-26 15:05:37
20楼2011-02-20 12:28:28
30楼2013-06-19 23:27:41