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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

[资源] 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖

">分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
作为一个分子模拟领域的门外汉，主要应用一些成型的软件进行课题相关对象的模拟，在接触分子模拟一年多的时间里，多多少少也接触了一些分子对接，同源模建和分子动力学的软件。在此想开一贴，介绍一下我用这些软件的简要介绍，自己的一些心得，也欢迎更多的虫友能对这些方向的软件进行介绍，补充，争取做成一个系列。
初步列下我接触过的软件，以后将持续更新
同源模建：
SWISS-MODEL
MODELLER
Geno3D
phyre
分子对接：
Autodock-5楼
MVD-7楼
iGEMDOCK-2楼
分子动力学：
DESMOND
NAMD
GROMACS
这些软件都仅仅是接触过的，谈不上精通，因此能提供的只是个简单的介绍，其中比较熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以详细点介绍，其它的就仅当抛砖引玉，希望能引起大家对这些软件应用的探讨，共同进步。

[ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ]
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1楼2010-09-12 10:08:55
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+9):谢谢 2010-11-27 13:23:01
引用回帖:
Originally posted by wdali at 2010-11-26 14:54:06:
楼主你好，这两天我在学习同源建模，看了你之前发的帖子受益匪浅。小弟有个问题，想请教一下。模型建好之后，我用Ramachandran plot 评估，发现构象不合理的红色点（不允许点）挺少的，大概3、4个。但是能量最小化 ...

呵呵~你好~同源模建的软件如SWISS-MODEL,MODELLER本身都会带有能量最小化的过程，但是随后对模型的修饰采用什么样的能量最小化方法一直是个不小的问题，现在也没有定论。有个学名叫过度优化，一般检测的结果都不会特别好的，只是要检测一般都是拿直接建模的结果进行检测就行
我的意见是：

1.如果你的目标序列和模板蛋白的序列一致性比较高，不用过度优化~
2.如果实在要优化，一般后面都会跟着分子动力学模拟~

[ Last edited by zh1987hs on 2010-11-26 at 15:07 ]
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18楼2010-11-26 15:05:37
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

iGEMDOCK介绍

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-16 18:39:53
2-1:2代表属于分子对接软件，1为2中的第一个介绍，下同
iGEMDOCK网站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php
功能：分子对接，虚拟筛选
额外需要的软件：SWISS-PDBVIEWER
网站：http://spdbv.vital-it.ch/
功能介绍：
这是台湾一个大学开发的分子对接软件，目前最新的版本是2.1
这个对接软件给我的印象就是使用非常简单，整个运行实际上只需要选择活性位点，选择配体即可开始对接，活性位点的选择通过SWISS-PDBVIEWER进行，配体的结构可以利用CHEM3D绘制并优化获得。都准备齐全后，就可进行对接。
对接的模式分为标准对接，稳定对接,准确对接，药物筛选，快速对接和用户自定义对接，主要的区别在于遗传代数以及对接次数。药物筛选主要用于配体数据库，如ZINC的筛选，而其余几种则比较适合小规模的对接。
结果的表示：会给出最好的构象，PDB格式，默认的显示软件是RASMOL。
评价：自带的教程很详细，一步一步照着做就能顺利完成，对接的准确度尝试了不带柔性键的苯，RMSD很小，但是因为我的专业不是药学，因此，柔性键很多的分子并未尝试，希望各位虫友有兴趣的可以将自己的结果在此公布，大家一起来评价不同的软件对接的准确性，哈哈

[ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ]
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2楼2010-09-12 10:32:39
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britney137803

至尊木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

过来顶顶了
楼楼谦虚啦，明明那么懂的~
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3楼2010-09-12 11:08:32
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张军帅

木虫 (正式写手)
写的挺好的呢，
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4楼2010-09-16 16:59:59
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