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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

[资源] 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖

">分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
作为一个分子模拟领域的门外汉，主要应用一些成型的软件进行课题相关对象的模拟，在接触分子模拟一年多的时间里，多多少少也接触了一些分子对接，同源模建和分子动力学的软件。在此想开一贴，介绍一下我用这些软件的简要介绍，自己的一些心得，也欢迎更多的虫友能对这些方向的软件进行介绍，补充，争取做成一个系列。
初步列下我接触过的软件，以后将持续更新
同源模建：
SWISS-MODEL
MODELLER
Geno3D
phyre
分子对接：
Autodock-5楼
MVD-7楼
iGEMDOCK-2楼
分子动力学：
DESMOND
NAMD
GROMACS
这些软件都仅仅是接触过的，谈不上精通，因此能提供的只是个简单的介绍，其中比较熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以详细点介绍，其它的就仅当抛砖引玉，希望能引起大家对这些软件应用的探讨，共同进步。

[ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ]
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1楼2010-09-12 10:08:55
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britney137803

至尊木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

过来顶顶了
楼楼谦虚啦，明明那么懂的~
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3楼2010-09-12 11:08:32
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

iGEMDOCK介绍

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-16 18:39:53
2-1:2代表属于分子对接软件，1为2中的第一个介绍，下同
iGEMDOCK网站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php
功能：分子对接，虚拟筛选
额外需要的软件：SWISS-PDBVIEWER
网站：http://spdbv.vital-it.ch/
功能介绍：
这是台湾一个大学开发的分子对接软件，目前最新的版本是2.1
这个对接软件给我的印象就是使用非常简单，整个运行实际上只需要选择活性位点，选择配体即可开始对接，活性位点的选择通过SWISS-PDBVIEWER进行，配体的结构可以利用CHEM3D绘制并优化获得。都准备齐全后，就可进行对接。
对接的模式分为标准对接，稳定对接,准确对接，药物筛选，快速对接和用户自定义对接，主要的区别在于遗传代数以及对接次数。药物筛选主要用于配体数据库，如ZINC的筛选，而其余几种则比较适合小规模的对接。
结果的表示：会给出最好的构象，PDB格式，默认的显示软件是RASMOL。
评价：自带的教程很详细，一步一步照着做就能顺利完成，对接的准确度尝试了不带柔性键的苯，RMSD很小，但是因为我的专业不是药学，因此，柔性键很多的分子并未尝试，希望各位虫友有兴趣的可以将自己的结果在此公布，大家一起来评价不同的软件对接的准确性，哈哈

[ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ]
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2楼2010-09-12 10:32:39
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张军帅

木虫 (正式写手)
写的挺好的呢，
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4楼2010-09-16 16:59:59
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

Autodock介绍

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10):谢谢分享 2010-09-17 09:59:33
2-2: 分子对接软件Autodock
Autodock网站：http://autodock.scripps.edu/
功能介绍：号称是现在应用最为广泛的免费分子对接软件，最新版本是4.2
这个对接软件是我目前最爱用的，一方面是因为我买不起商用软件，诸如SYBYL中的SURFLEX,Schrodinger中的Glide等，
另一方面，就我目前对接的结果来看，AD的准确性还是很不错的，曾经看过MVD的官方介绍，讲到对比不同的对接软件
对已经解析获得的PDB复合物的再现性，得出MVD有87%是最高的，与之进行比较的包括Gold,glide和FLEXX,但是没有提
到和AD的比较，实际上AD的对接效果还是非常不错的。
首先，我们需要明确AD的组成，其核心部件只有两个，一个是Autodock4.exe,另一个是Autogrid4.exe。前者执行对接
后者执行格点计算。大家经常看到的图形化操作界面-AutodockTools不是对接所必需的，但是能给初学者很大的方便。
AD在LINUX和WIN下都可以正常运行，而win下的计算速度要比LINUX下慢六倍左右（自己的体系结果，仅供参考）
如果用LINUX，推荐UBUNTU,可以下载AD的deb文件，直接双击就可安装，没有编译的过程。
win下的安装略微复杂，不过现在不用Cygwin就可以运行！
配体的准备同iGEMDOCK的所述，受体的话需要加氢，去水。具体的可以看教程。
对接的时候需要对对接的位点进行定义，一般选择文献已报道的活性位点作为对接的中心。
结果的评价：主要看簇聚类情况，通常来说，合理的构象在对接中出现的概率较高，因此，通常一个簇中含有较多的
构象就说明这个构象可能是合理的，当然，也要结合实际体系具体判断。
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5楼2010-09-16 22:51:13
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