| 查看: 9914 | 回复: 35 | |||||||||||||
| 【奖励】 本帖被评价14次，作者zh1987hs增加金币 11.4 个 | |||||||||||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||||||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||||||||
[资源]
【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
|
|||||||||||||
|
">分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖 作为一个分子模拟领域的门外汉，主要应用一些成型的软件进行课题相关对象的模拟，在接触分子模拟一年多的时间里，多多少少也接触了一些分子对接，同源模建和分子动力学的软件。在此想开一贴，介绍一下我用这些软件的简要介绍，自己的一些心得，也欢迎更多的虫友能对这些方向的软件进行介绍，补充，争取做成一个系列。 初步列下我接触过的软件，以后将持续更新 同源模建： SWISS-MODEL MODELLER Geno3D phyre 分子对接： Autodock-5楼 MVD-7楼 iGEMDOCK-2楼 分子动力学： DESMOND NAMD GROMACS 这些软件都仅仅是接触过的，谈不上精通，因此能提供的只是个简单的介绍，其中比较熟悉的，比如AD, iGEMDOCK,Modeller以及SWISS-MODEL可以详细点介绍，其它的就仅当抛砖引玉，希望能引起大家对这些软件应用的探讨，共同进步。 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-18 at 00:07 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 资源收集 | 分子动力学 | 药物化学 | 分子对接 |
| 噬菌体库筛选 | 科研化学医药软件 | 计算各种马克 | 蛋白模拟与改造 |
| 药物设计软件 | 新药创新之路 | 学习收藏 |
» 猜你喜欢
一志愿华中农微生物，288分，三年实验经历
已经有7人回复
-
269求调剂
已经有3人回复
-
268分085602化学工程调剂
已经有16人回复
-
071000生物学调剂求助
已经有4人回复
-
296求调剂
已经有5人回复
-
求调剂
已经有3人回复
-
297求调剂
已经有25人回复
-
一志愿中国科学院上海有机所，有机化学356分找调剂
已经有10人回复
-
367求调剂
已经有9人回复
-
086003调剂求助
已经有17人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 选择学习charmm还是amber呢？
已经有10人回复
- 怎样用chem3D获取优化后的分子的pdb格式
已经有5人回复
- 分子对接时配体跟受体分开很远，配体不在受体活性口袋
已经有7人回复
- 蛋白同源模建之后能量最小化问题
已经有9人回复
- 配置一台1万元以内的计算机跑linux系统，运行C语言分子动力学模拟
已经有9人回复
- 哪种软件可以如何实现体系中某些分子动？
已经有4人回复
- [讨论交流] 分子动力学+分子对接=什么配置?
已经有3人回复
- 如何做动力学模拟pdb文件
已经有4人回复
- Autodock在Ubuntu下的安装问题
已经有7人回复
- 分子对接的免费软件？
已经有10人回复
- 狭缝中汽液相变的分子动力学模拟
已经有3人回复
- 同源模建，模板如何选择
已经有3人回复
- 【求助】分子对接请教
已经有7人回复
- 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？
已经有7人回复
- 【讨论】分子模拟还是同源建模
已经有16人回复
- 【求助】同源建模、分子动力学模拟和分子对接的关系是怎样的
已经有9人回复
- 【求助】Autodock用于虚拟筛选
已经有21人回复
- 【讨论】分子对接的基本问题
已经有8人回复
- 【求助】请教分子动力学模拟
已经有8人回复
- 【求助】高分子分子动力学模拟的初态设定
已经有5人回复
14楼2010-11-17 11:48:58
iGEMDOCK介绍
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+5):谢谢 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-16 18:39:53
lei0736(金币+5):谢谢 2010-09-12 18:20:57
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-16 18:39:53
|
2-1:2代表属于分子对接软件，1为2中的第一个介绍，下同 iGEMDOCK网站：http://gemdock.life.nctu.edu.tw/dock/igemdock.php 功能：分子对接，虚拟筛选 额外需要的软件：SWISS-PDBVIEWER 网站：http://spdbv.vital-it.ch/ 功能介绍： 这是台湾一个大学开发的分子对接软件，目前最新的版本是2.1 这个对接软件给我的印象就是使用非常简单，整个运行实际上只需要选择活性位点，选择配体即可开始对接，活性位点的选择通过SWISS-PDBVIEWER进行，配体的结构可以利用CHEM3D绘制并优化获得。都准备齐全后，就可进行对接。 对接的模式分为标准对接，稳定对接,准确对接，药物筛选，快速对接和用户自定义对接，主要的区别在于遗传代数以及对接次数。药物筛选主要用于配体数据库，如ZINC的筛选，而其余几种则比较适合小规模的对接。 结果的表示：会给出最好的构象，PDB格式，默认的显示软件是RASMOL。 评价：自带的教程很详细，一步一步照着做就能顺利完成，对接的准确度尝试了不带柔性键的苯，RMSD很小，但是因为我的专业不是药学，因此，柔性键很多的分子并未尝试，希望各位虫友有兴趣的可以将自己的结果在此公布，大家一起来评价不同的软件对接的准确性，哈哈 [ Last edited by zh1987hs on 2010-9-12 at 10:42 ] |
2楼2010-09-12 10:32:39
3楼2010-09-12 11:08:32
4楼2010-09-16 16:59:59
