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lhwei1987

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教RNA二级结构对反转录的影响 已有6人参与

最近反转感觉总是拿不到全长,请问二级结构会对反转有影响吗?我用AMV反转的。二级结构如图(不太会做,随便找了个软件预测的):
[img][/img]
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lhwei1987

铁杆木虫 (正式写手)

等待高人指点!
2楼2010-09-06 21:18:31
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hacherboy

银虫 (小有名气)

友情帮顶~~
3楼2010-09-06 23:27:20
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人

友情帮顶
小木虫之有关部门负责人
4楼2010-09-06 23:54:19
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lhwei1987

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by lhwei1987 at 2010-09-06 21:18:31:
等待高人指点!

谢谢~~
5楼2010-09-07 08:47:56
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lhwei1987

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by hacherboy at 2010-09-06 23:27:20:
友情帮顶~~

谢谢~~
6楼2010-09-07 08:48:11
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jasco

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
65℃足够打开这些二级结构了,拿不到全长还有几个可能:
1、rna降解
2、酶活不够
所以rna鉴定看看,然后酶是不是能换支新的,superscriptIII是我用的感觉比较好的逆转录酶
7楼2010-09-07 08:58:32
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zhwenxing

木虫 (著名写手)

尛森蟲


silicare(金币+1):谢谢参与 2010-09-07 12:12:15
1、当然有影响!65-70℃变性打开二级结构后立刻冷却,防止退火。
2、全长的获得不一定是反转录的问题,也许是模板的问题——可以在提取总RNA时候多多注意,用好一些的试剂,我们用的是Trizol,或者Qiagen的盒子。其他所有试剂一律色谱级。
3、可以纯化,即得到mRNA后再做反转录!效率不是一个级别的。
4、AMV的活性很高,但是推荐你使用Rnase阴性的MMLV等。
5、目的gene多长?2k以内就好一点,再长了不好拿,过3.6kb的,分了几段拿出来的。
6……影响因素太多了!
8楼2010-09-07 09:39:49
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lhwei1987

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by jasco at 2010-09-07 08:58:32:
65℃足够打开这些二级结构了,拿不到全长还有几个可能:
1、rna降解
2、酶活不够
所以rna鉴定看看,然后酶是不是能换支新的,superscriptIII是我用的感觉比较好的逆转录酶

非常感谢!!
RNA降解不好说,不过比值都还好,1.9左右吧,酶是刚买的,应该问题不会很大,就是没有做预变性,不太清楚是不是这个原因,谢谢!
9楼2010-09-07 12:30:56
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lhwei1987

铁杆木虫 (正式写手)

lhwei1987:编辑内容 2010-09-07 12:37
引用回帖:
Originally posted by zhwenxing at 2010-09-07 09:39:49:
1、当然有影响!65-70℃变性打开二级结构后立刻冷却,防止退火。
2、全长的获得不一定是反转录的问题,也许是模板的问题——可以在提取总RNA时候多多注意,用好一些的试剂,我们用的是Trizol,或者Qiagen的盒子。 ...

我用CTAB法提的,RNA感觉还行吧,
[img][/img]
用的L3,下次先变性试试,非常感谢!!

[ Last edited by lhwei1987 on 2010-9-7 at 12:37 ]
10楼2010-09-07 12:35:29
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