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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接
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wxb711320

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子对接 已有4人参与

我在分子对接定义受体的时候出现下面的问题怎么解决啊，
The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.
Create a Valence Monitor from the Structure menu to highlight these atoms.
还有怎么才能显示与配体有关的残基！
谢谢各位！
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1楼 2010-08-27 16:38:35
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tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-31 09:47:04
首先对结构加力场，然后定义为受体，直接定义好小球好，只显示小球范围内的残基即可
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3楼2010-08-31 08:33:46
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CADD

银虫 (正式写手)
★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:55:42
用的是DS吧？你没选中受体吧？
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2楼2010-08-28 11:00:32
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wdali

金虫 (正式写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-09-07 09:46:05
啊，我也会遇到这样的情况呀，每次我都没太在意，加了力场再定义也还是会这样的。貌似不会影响的吧。
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统治这个世界的是想象力
4楼2010-09-07 09:07:05
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puffy581

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-07 09:46:11
就是你的蛋白中，有残缺的氨基酸氨基。如果这个氨基酸残基不在你的对接口袋中，那基本没啥影响，如果在的话，就有问题了。
我一般来说会先拿sybyl预处理一下
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-09-07 09:41:15
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