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wxb711320

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子对接 已有4人参与

我在分子对接定义受体的时候出现下面的问题怎么解决啊,
The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.
Create a Valence Monitor from the Structure menu to highlight these atoms.
还有怎么才能显示与配体有关的残基!
谢谢各位!
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CADD

银虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:55:42
用的是DS吧?你没选中受体吧?
2楼2010-08-28 11:00:32
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tingjun

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-31 09:47:04
首先对结构加力场,然后定义为受体,直接定义好小球好,只显示小球范围内的残基即可
3楼2010-08-31 08:33:46
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wdali

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-09-07 09:46:05
啊,我也会遇到这样的情况呀,每次我都没太在意,加了力场再定义也还是会这样的。貌似不会影响的吧。
统治这个世界的是想象力
4楼2010-09-07 09:07:05
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puffy581

捐助贵宾 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-09-07 09:46:11
就是你的蛋白中,有残缺的氨基酸氨基。如果这个氨基酸残基不在你的对接口袋中,那基本没啥影响,如果在的话,就有问题了。
我一般来说会先拿sybyl预处理一下
5楼2010-09-07 09:41:15
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