| 查看: 2155 | 回复: 3 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【其他】pcr产物直接测序后结果比对问题 已有3人参与
|
|||
|
做菌种鉴定时，用PCR产物直接测序， 细菌使用通用引物PCR，双向测序得到1100bp左右的PCR产物的正反向两条序列，现在有几个问题哈 1、正反向两条序列如何拼接？是不是需要正反向拼接了才能blast比对呀？还是单链就可以？哪种处理准确性好呢？ 2、序列比对：网上说法是得到的测序结果全部都放到blast里去，老师告诉我说序列比对时要找保守序列，比如在所得序列中查找GGCGG或者GCAGC这样的结构，然后掐头去尾再去比对，不知道序列比对时候的具体操作是什么啊？ 3、我看很多说法是 克隆测序 ，这与直接测序有哪些区别啊？ 4、以上问题有什么参考资料可以借鉴啊？ 谢谢各位虫有解答我心中的疑惑 |
回复此楼» 猜你喜欢
08工科 320总分 求调剂
已经有9人回复
-
生物学071000 329分求调剂
已经有5人回复
-
306求调剂
已经有5人回复
-
284求调剂
已经有4人回复
-
寻找调剂
已经有4人回复
-
一志愿中南化学（0703）总分337求调剂
已经有10人回复
-
324求调剂
已经有6人回复
-
一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。
已经有3人回复
-
289求调剂
已经有7人回复
-
319求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 同源比对设计简并引物PCR产物测序不符！
已经有10人回复
- 请教一个关于测序结果的问题
已经有19人回复
- PCR产物经酶切电泳后所得的基因型与测序结果不一致，是何原因？该如何处理？
已经有10人回复
- pcr产物测序问题
已经有10人回复
- pcr产物测序和克隆之后重组质粒测序结果一样吗？
已经有12人回复
- PCR产物直接测序存在结合问题！！！
已经有4人回复
- 【求助/交流】如何对PCR测序产物进行分析？
已经有11人回复
- 【求助/交流】测序问题：PCR产物未纯化测序会怎样？
已经有9人回复
- 【求助/交流】PCR产物测序出现杂峰过多的问题
已经有7人回复
- 【问题反馈】一对引物扩出来的产物测序后竟然是很多质粒的PCR产物，再怎么区分呢？
已经有10人回复
- 【求助/交流】PCR产物直接测序，不出峰，啥原因？
已经有11人回复
- 【求助/交流】PCR产物测序，与推测相差50bp，why？
已经有3人回复
3楼2010-08-19 18:07:44
xp198766
铁杆木虫 (著名写手)
小木虫职业打酱油滴~~！
- MicEPI: 2
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 6525.1
- 散金: 262
- 红花: 25
- 帖子: 2193
- 在线: 554小时
- 虫号: 1046859
- 注册: 2010-06-24
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+3):欢迎分享经验~~ 2010-08-17 11:54:35
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+3):欢迎分享经验~~ 2010-08-17 11:54:35
|
1、首先，你要把正反序列拼接成一条序列，再去比对，要不，你测序的信息就没有利用完全，双向测序得到的两条序列，你先看峰图，把那些很乱的部分要去掉，峰图很乱说明测序不准，去掉很乱的部分之后，一般一条序列长度应该为700-800bp左右（一个反应的测序精度一般为700bp） 2、我想你是问如何拼接是吧？你们老师应该是告诉你如何拼接序列，原理就是，先让两条序列正反向一致（如果你是双向测序的话，一般是把一条序列变成反向互补序列就行了），两条序列肯定会有重复，一般是a的前端与b的后端重复（或a的后端与b的前端重复），选择a的前端的部分序列与b的后端比对，找到重复，再将别的序列连接在重复的两端（第二种情况也一样），不知道你清楚不，就是双向测序的话，中间肯定有重复的，找到重复就行了…… 拼接好序列后，直接到NCBI里面的BLAST里面，选择BLASTn，物种选others，默认设置就可以了…… 3、克隆测序的话，可以将pcr得到的结果序列全测出来，直接纯化测序的话，两端的序列，可能有50bp左右会测不准（峰图较乱），还有克隆测序的话，由于是转到质粒里面，序列是纯的，pcr有可能有杂带污染 4、上面是我个人经验，参考资料不清楚 [ Last edited by xp198766 on 2010-8-17 at 09:20 ] |
2楼2010-08-17 09:19:16
4楼2017-05-22 19:23:07
