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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】RAPD引物问题求助
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ninglz

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】RAPD引物问题求助

在做RAPD时，需要从很多条引物中筛选到能扩增出条带的几十条引物，然后怎么分析呢？我只知道大体的步骤如下：
1）对于每一天引物扩增出来的条件需要转换成0/1模式，然后怎么把所有引物扩张的条带综合起来呢？
2）是不是用软件大体分析一下每个引物扩增的条带大小（...bp），然后按照一定的顺序（比如说按照bp数从大到小）把所有引物扩增的全部条带排列，最后转换成0/1模式，然后再用相关的软件进行聚类分析呢？
要不然的话，筛了那么多条引物做啥用呢？
请各位XDJM多多指教！！！

说了那么多，我就是想问问：是不是最后要把所有引物扩增的条带综合在一起？比如说：有8组DNA（即8个品种的基因组），筛选到20条引物，最后就需要做一个0/1模式的8列表，每一列代表一组DNA，这一列的0/1模式是由20条引物以该组DNA为模板扩增的所有条带转换而来的，最后通过相关的软件进行分析？

麻烦大家啦！！！！！！！！
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1楼 2010-08-11 00:14:20
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chenqian7777
★
ninglz(金币+1): 2010-08-11 00:47:32
amisking(金币-1):严禁纯表情发帖交流。 2010-08-11 20:31:09
2楼2010-08-11 00:46:36
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reasonspare

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
amisking(金币+4):good~！ 2010-08-11 20:31:17
引用回帖:
Originally posted by ninglz at 2010-08-11 00:14:20:
在做RAPD时，需要从很多条引物中筛选到能扩增出条带的几十条引物，然后怎么分析呢？我只知道大体的步骤如下：
1）对于每一天引物扩增出来的条件需要转换成0/1模式，然后怎么把所有引物扩张的条带综合起来呢？
2 ...

是不是最后要把所有引物扩增的条带综合在一起？

看你干什么：找biomarker,不用综合，看多样性：要组合

比如说：有8组DNA（即8个品种的基因组），筛选到20条引物，最后就需要做一个0/1模式的8列表，每一列代表一组DNA，这一列的0/1模式是由20条引物以该组DNA为模板扩增的所有条带转换而来的，最后通过相关的软件进行分析？

手工作做，可以。幸亏你的不同，又是Rapd，如果给你100株，做个AFLP 或者SDS-PAGE。不弄你一个头昏眼花才怪呢。

关于软件分析：读胶软件很多，有花钱的，有免费。
就你的问题而言：一般的统计学软件，很难完成分析。

最权威的Gelcomp。能够从头到尾，帮你完成，，尤其是1个样品几十条RAPD类型的组合类型。
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3楼2010-08-11 08:03:59
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jecci

木虫 (正式写手)
★
ninglz(金币+1): 2010-08-11 09:55:52
amisking(金币-1):严禁纯表情发帖！ 2010-08-11 20:31:33
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好运来，花儿冬天都会开！！！
4楼2010-08-11 08:22:54
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ameiqingqing

木虫 (著名写手)
ninglz(金币+1): 2010-08-11 09:55:49
software must
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5楼2010-08-11 08:33:48
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ninglz

木虫 (小有名气)
reasonspare:条带处理DICE法，通常加合方法，Pearson 法，聚类方法：UPGMA 方法。如果还有一问我们可以深入探讨@http://emuch.net/bbs/viewthread. ... p;page=1#pid1224340 2010-08-12 05:11:52
引用回帖:
Originally posted by reasonspare at 2010-08-11 08:03:59:


是不是最后要把所有引物扩增的条带综合在一起？

看你干什么：找biomarker,不用综合，看多样性：要组合

比如说：有8组DNA（即8个品种的基因组），筛选到20条引物，最后就需要做一个0/1模式的8列表，每一 ...

您好！您好像没有理解我的问题：
我知道需要把所有筛选出来的引物的条带综合其来，弄成0/1模式
我是问到底怎么综合？？？
对于同一个DNA模板而言，是简单的把每条引物的扩增条带弄成0/1模式，并机械地罗列在一起呢，还是把所有引物扩增的条带先按照bp数大小排列，再转换成0/1模式表呢？
您能看明白了吗？？？？？？？？
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6楼2010-08-11 11:40:57
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reasonspare

木虫 (著名写手)
ninglz(金币+1): 2010-08-12 17:30:35
引用回帖:
Originally posted by ninglz at 2010-08-11 11:40:57:

您好！您好像没有理解我的问题：
我知道需要把所有筛选出来的引物的条带综合其来，弄成0/1模式
我是问到底怎么综合？？？
对于同一个DNA模板而言，是简单的把每条引物的扩增条带弄成0/1模式，并机械地罗列在 ...

你那样的加合，肯定不对的，除非你找到有人用你的方法发表过文章，否则，还是想帮法借助软件，

条带处理DICE法，通常加合方法，Pearson 法，聚类方法：UPGMA 方法。如果还有一问我们可以深入探讨@http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2281755&pid=1224340&page=1#pid1224340
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7楼2010-08-12 05:01:31
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ninglz

木虫 (小有名气)
reasonspare:我不知道你看明白了没有？ 你问了三次，我回答了三次，加和采用pearson法（常用） 2010-08-13 05:29:12
引用回帖:
Originally posted by reasonspare at 2010-08-12 05:01:31:


你那样的加合，肯定不对的，除非你找到有人用你的方法发表过文章，否则，还是想帮法借助软件，

条带处理DICE法，通常加合方法，Pearson 法，聚类方法：UPGMA 方法。如果还有一问我们可以深入探讨@[url]htt ...

您好，我不是加合，我是用相关软件分析的，就是用聚类分析中的UPGMA 方法，可是得事先将实验条带转换成0/1模式，然后才能用软件分析，我向您请教的就是这个成0/1模式的排序问题，呵呵，您现在能看明白了吗？？？
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8楼2010-08-12 10:15:09
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reasonspare

木虫 (著名写手)
ninglz(金币+1): 2010-08-13 09:08:07
引用回帖:
Originally posted by ninglz at 2010-08-12 10:15:09:

您好，我不是加合，我是用相关软件分析的，就是用聚类分析中的UPGMA 方法，可是得事先将实验条带转换成0/1模式，然后才能用软件分析，我向您请教的就是这个成0/1模式的排序问题，呵呵，您现在能看明白了吗？？？

我不知道你看明白了没有？ 你问了三次，我回答了三次，加和采用pearson法（常用）
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9楼2010-08-13 05:48:09
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