| 查看: 1550 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
ninglz木虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助/交流】RAPD引物问题求助
|
||
|
在做RAPD时，需要从很多条引物中筛选到能扩增出条带的几十条引物，然后怎么分析呢？我只知道大体的步骤如下： 1）对于每一天引物扩增出来的条件需要转换成0/1模式，然后怎么把所有引物扩张的条带综合起来呢？ 2）是不是用软件大体分析一下每个引物扩增的条带大小（...bp），然后按照一定的顺序（比如说按照bp数从大到小）把所有引物扩增的全部条带排列，最后转换成0/1模式，然后再用相关的软件进行聚类分析呢？ 要不然的话，筛了那么多条引物做啥用呢？ 请各位XDJM多多指教！！！ 说了那么多，我就是想问问：是不是最后要把所有引物扩增的条带综合在一起？比如说：有8组DNA（即8个品种的基因组），筛选到20条引物，最后就需要做一个0/1模式的8列表，每一列代表一组DNA，这一列的0/1模式是由20条引物以该组DNA为模板扩增的所有条带转换而来的，最后通过相关的软件进行分析？ 麻烦大家啦！！！！！！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有142人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有9人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- RAPD标记有问题，虚心请教。。。。
已经有5人回复
- 求助高手RAPD的问题
已经有4人回复
- 【求助/交流】PMD 19 质粒载体 引物 m13 特异性问题
已经有5人回复
- 【求助/交流】关于基因片段和测序问题求助！
已经有4人回复
- 【求助】求教基因克隆中的引物设计问题【有效期至2010年11月18日】
已经有6人回复
- 【求助/交流】土壤细菌多样性，引物F357GC R518 PCR老是出问题，求救！
已经有11人回复
- 【求助/交流】RAPD不能鉴别杂合子和纯合子的问题
已经有7人回复
- 【求助/交流】求助~关于引物降解问题
已经有6人回复
- 【求助/交流】关于启动子缺失的引物设计问题
已经有4人回复
reasonspare
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.894
- 金币: 2137.1
- 红花: 11
- 帖子: 1909
- 在线: 72.5小时
- 虫号: 180928
- 注册: 2006-02-10
- 专业: All in one
★ ★ ★ ★
amisking(金币+4):good~！ 2010-08-11 20:31:17
amisking(金币+4):good~！ 2010-08-11 20:31:17
|
是不是最后要把所有引物扩增的条带综合在一起？ 看你干什么：找biomarker,不用综合，看多样性：要组合 比如说：有8组DNA（即8个品种的基因组），筛选到20条引物，最后就需要做一个0/1模式的8列表，每一列代表一组DNA，这一列的0/1模式是由20条引物以该组DNA为模板扩增的所有条带转换而来的，最后通过相关的软件进行分析？ 手工作做，可以。幸亏你的不同，又是Rapd，如果给你100株，做个AFLP 或者SDS-PAGE。不弄你一个头昏眼花才怪呢。 关于软件分析：读胶软件很多，有花钱的，有免费。 就你的问题而言：一般的统计学软件，很难完成分析。 最权威的Gelcomp。能够从头到尾，帮你完成，，尤其是1个样品几十条RAPD类型的组合类型。 |
3楼2010-08-11 08:03:59
ninglz
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2278.8
- 散金: 63
- 帖子: 171
- 在线: 47.6小时
- 虫号: 849731
- 注册: 2009-09-17
- 专业: 生物大分子结构与功能
reasonspare:条带处理DICE法，通常加合方法，Pearson 法，聚类方法：UPGMA 方法。如果还有一问我们可以深入探讨@http://emuch.net/bbs/viewthread. ... p;page=1#pid1224340 2010-08-12 05:11:52
|
您好！您好像没有理解我的问题： 我知道需要把所有筛选出来的引物的条带综合其来，弄成0/1模式 我是问到底怎么综合？？？ 对于同一个DNA模板而言，是简单的把每条引物的扩增条带弄成0/1模式，并机械地罗列在一起呢，还是把所有引物扩增的条带先按照bp数大小排列，再转换成0/1模式表呢？ 您能看明白了吗？？？？？？？？ |
6楼2010-08-11 11:40:57
reasonspare
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.894
- 金币: 2137.1
- 红花: 11
- 帖子: 1909
- 在线: 72.5小时
- 虫号: 180928
- 注册: 2006-02-10
- 专业: All in one
ninglz(金币+1): 2010-08-12 17:30:35
|
你那样的加合，肯定不对的，除非你找到有人用你的方法发表过文章，否则，还是想帮法借助软件， 条带处理DICE法，通常加合方法，Pearson 法，聚类方法：UPGMA 方法。如果还有一问我们可以深入探讨@http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2281755&pid=1224340&page=1#pid1224340 |
7楼2010-08-12 05:01:31
ninglz
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2278.8
- 散金: 63
- 帖子: 171
- 在线: 47.6小时
- 虫号: 849731
- 注册: 2009-09-17
- 专业: 生物大分子结构与功能
8楼2010-08-12 10:15:09
