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ninglz木虫 (小有名气)
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[交流]
【求助/交流】RAPD引物问题求助
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在做RAPD时，需要从很多条引物中筛选到能扩增出条带的几十条引物，然后怎么分析呢？我只知道大体的步骤如下： 1）对于每一天引物扩增出来的条件需要转换成0/1模式，然后怎么把所有引物扩张的条带综合起来呢？ 2）是不是用软件大体分析一下每个引物扩增的条带大小（...bp），然后按照一定的顺序（比如说按照bp数从大到小）把所有引物扩增的全部条带排列，最后转换成0/1模式，然后再用相关的软件进行聚类分析呢？ 要不然的话，筛了那么多条引物做啥用呢？ 请各位XDJM多多指教！！！ 说了那么多，我就是想问问：是不是最后要把所有引物扩增的条带综合在一起？比如说：有8组DNA（即8个品种的基因组），筛选到20条引物，最后就需要做一个0/1模式的8列表，每一列代表一组DNA，这一列的0/1模式是由20条引物以该组DNA为模板扩增的所有条带转换而来的，最后通过相关的软件进行分析？ 麻烦大家啦！！！！！！！！ |
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ninglz
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8楼2010-08-12 10:15:09
reasonspare
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amisking(金币+4):good~！ 2010-08-11 20:31:17
amisking(金币+4):good~！ 2010-08-11 20:31:17
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是不是最后要把所有引物扩增的条带综合在一起？ 看你干什么：找biomarker,不用综合，看多样性：要组合 比如说：有8组DNA（即8个品种的基因组），筛选到20条引物，最后就需要做一个0/1模式的8列表，每一列代表一组DNA，这一列的0/1模式是由20条引物以该组DNA为模板扩增的所有条带转换而来的，最后通过相关的软件进行分析？ 手工作做，可以。幸亏你的不同，又是Rapd，如果给你100株，做个AFLP 或者SDS-PAGE。不弄你一个头昏眼花才怪呢。 关于软件分析：读胶软件很多，有花钱的，有免费。 就你的问题而言：一般的统计学软件，很难完成分析。 最权威的Gelcomp。能够从头到尾，帮你完成，，尤其是1个样品几十条RAPD类型的组合类型。 |
3楼2010-08-11 08:03:59
ninglz
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reasonspare:条带处理DICE法，通常加合方法，Pearson 法，聚类方法：UPGMA 方法。如果还有一问我们可以深入探讨@http://emuch.net/bbs/viewthread. ... p;page=1#pid1224340 2010-08-12 05:11:52
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您好！您好像没有理解我的问题： 我知道需要把所有筛选出来的引物的条带综合其来，弄成0/1模式 我是问到底怎么综合？？？ 对于同一个DNA模板而言，是简单的把每条引物的扩增条带弄成0/1模式，并机械地罗列在一起呢，还是把所有引物扩增的条带先按照bp数大小排列，再转换成0/1模式表呢？ 您能看明白了吗？？？？？？？？ |
6楼2010-08-11 11:40:57
reasonspare
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ninglz(金币+1): 2010-08-12 17:30:35
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你那样的加合，肯定不对的，除非你找到有人用你的方法发表过文章，否则，还是想帮法借助软件， 条带处理DICE法，通常加合方法，Pearson 法，聚类方法：UPGMA 方法。如果还有一问我们可以深入探讨@http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2281755&pid=1224340&page=1#pid1224340 |
7楼2010-08-12 05:01:31
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