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wjlouc

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】autodock 如何对含金属化合物的分子做对接 已有2人参与

本人在用autodock 对含金属化合物的分子做对接时, 生成GPF时报错。请教大家是否要对金属做特殊处理?或者是autodock无法做含金属化合物的分子做对接?
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君子生非异也,善假于物也!
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wjmed

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
wjlouc(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-07-29 09:50:48
分子包含哪种金属?
autodoc可以计算的金属原子类型有:
Mg   Non H-bonding Magnesium
MG   Non H-bonding Magnesium
Ca   Non H-bonding Calcium
CA   Non H-bonding Calcium
Mn   Non H-bonding Manganese
MN   Non H-bonding Manganese
Fe   Non H-bonding Iron
FE   Non H-bonding Iron
Zn   Non H-bonding Zinc
ZN   Non H-bonding Zinc

[ Last edited by wjmed on 2010-7-29 at 05:53 ]
Timeandtidewaitsfornoman!
2楼2010-07-29 05:49:38
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
wjlouc(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-29 09:50:54
我私下认为,和金属的对接,基本上是不准的。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
3楼2010-07-29 07:43:31
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小丁0912

金虫 (正式写手)


wjlouc(金币+1):谢谢参与
楼主遇到和我一样的问题,我也想做金属配合物的分子对接
4楼2010-09-05 14:49:33
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x-cool

金虫 (小有名气)


wjlouc(金币+1): 谢谢参与
我也想做金属离子的对接 ,用sybyl8.0做。希望各位高手指点。
x-cool
5楼2012-05-21 18:05:20
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相约南药

木虫 (正式写手)

药物上将


wjlouc(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
882908楼: Originally posted by wjmed at 2010-07-29 05:49:38
分子包含哪种金属?
autodoc可以计算的金属原子类型有:
Mg   Non H-bonding Magnesium
MG   Non H-bonding Magnesium
Ca   Non H-bonding Calcium
CA   Non H-bonding Calcium
Mn   Non H-bonding Mang ...

您好 请问具体的该如何设置跟操作??
为了理想不停的奋斗吧
6楼2012-06-22 09:57:24
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xiaoxiao08

银虫 (小有名气)


wjlouc(金币+1): 谢谢参与
可以做的,首先要对金属设定一个价态,
7楼2012-06-26 16:37:46
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冰晶石

木虫 (正式写手)


wjlouc(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
2459678楼: Originally posted by xiaoxiao08 at 2012-06-26 16:37:46
可以做的,首先要对金属设定一个价态,

我也碰到了同样的问题,我的是有机钠盐,然后我好像看见有介绍说是直接改pdb文件中金属离子的价态,但是我好像都不是很清楚改哪一列,改完后没变好呢???能再仔细说说么,谢谢哦
8楼2012-07-30 16:19:53
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xiaoxiao08

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2462079楼: Originally posted by 冰晶石 at 2012-07-30 16:19:53
我也碰到了同样的问题,我的是有机钠盐,然后我好像看见有介绍说是直接改pdb文件中金属离子的价态,但是我好像都不是很清楚改哪一列,改完后没变好呢???能再仔细说说么,谢谢哦...

你先把底物小分子中的金属离子设定一个价态,这个可以直接在pdb格式中修改,金属离子价态一般出现最后一列。
9楼2012-07-31 12:56:26
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