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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于序列比对
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love_st

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】关于序列比对 已有4人参与

一直有个疑问就是，每次设计引物探针的时候由于型别或者突变较大，而需要在NCBI上面下载较多的序列，然后比对，麻烦的是要把每条序列都分别放在一个tet文件里，然后去做多序列比对,是否有这样的软件，能够把我从NCBI成批下载下来的序列也就是说在同一个文档里，直接进行比对，这样就省略了很多时间的啊？！有这样的软件么？
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1楼 2010-07-23 17:31:29
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★ ★
看天(金币+3):鼓励交流和分享 2010-07-23 18:33:27
love_st(金币+5):bioedit软件我下载了，似乎功能蛮强大的，谢谢 2010-07-26 12:48:48
LZ一般用什么软件比对的啊？
我一般用bioedit就行了啊，不过，你从NCBI上面下载的时候，一定要是fasta格式的，可以直接比对啊，上次我从NCBI上批量下载了1800多个ITS序列，直接就比对了……一定是fasta格式的啊，我用的bioedit软件，别的应该也可以，不太清楚……
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2楼2010-07-23 18:03:11
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Atalpha

木虫 (著名写手)
love_st(金币+1): 2010-07-26 12:48:05
SECentral软件就可以
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3楼2010-07-23 18:19:12
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darwinxie

铁杆木虫 (职业作家)

自强瓜族族长-----呆瓜大叔
love_st(金币+1): 2010-07-26 12:48:10
这样的软件很多啊，比对序列的，可以去生物秀下载，呵呵呵
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一切都会好的，雨后的天空更加明朗！人生苦短，快乐至上，加油！
4楼2010-07-23 18:32:02
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
love_st(金币+5):看来我还是比较笨的一直用dnaman 还用的不亦乐乎 2010-07-26 12:47:58
DNASTAR就可以呀，你直接把你的序列打开并全选，连网blast，就可以从ncbi中搜到好多序列，直接下载后，在DNASTAR软件包中打开megalign程序，将所比对序列直接add进去比对即可，很方便，都不用转换格式。
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5楼2010-07-26 11:41:43
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wxy337

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
733215楼: Originally posted by love_st at 2010-07-23 17:31:29
一直有个疑问就是，每次设计引物探针的时候由于型别或者突变较大，而需要在NCBI上面下载较多的序列，然后比对，麻烦的是要把每条序列都分别放在一个tet文件里，然后去做多序列比对,是否有这样的软件，能够把我从NCB ...

同学你好，我想请教一下用bioedit怎么记性多序列比对呀？？很急，麻烦帮帮忙吧~
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6楼2012-12-26 20:45:34
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