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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助成功】怎么样提高NEB计算速度?
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助成功】怎么样提高NEB计算速度?

怎么样设置才能提高计算速度?原来算image=1,五天了还没有收敛.今天开始image=3,不知道要几天.算过的给点指导意见.

呵呵,硬件条件受限制
55个原子的slab

INCAR:
ENCUT = 480 !经过优化的最小数值,文献最高取500
NPAR = 2
NELMIN = 5
EDIFF = 1E-4
EDIFFG = -0.05
LREAL = Auto
NSW = 60
GGA = 91
POTIM = 0.3 !经过多次测试计算,感觉比较合理
IMAGES = 3
SPRING = -5 ! NEB 方法
IBRION = 1
ISMEAR =0
VOSKOWN =1
PREC = Accurate

硬件:单机E5410两颗,8核,8G内存. OS red hat enterprise linux 5.2

Kpoints:

Auto
0
M-K
2 2 1
0 0 0


内存使用率90%, 六核并行

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-14 at 09:50 ]
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1楼 2010-06-12 21:31:28
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
贺仪: 金币+2, 谢谢指教！ 2012-05-31 08:32:58
引用回帖:
595223楼: Originally posted by cenwanglai at 2010-06-12 21:31:28
怎么样设置才能提高计算速度?原来算image=1,五天了还没有收敛.今天开始image=3,不知道要几天.算过的给点指导意见.

呵呵,硬件条件受限制
55个原子的slab

INCAR:
ENCUT = 480 !经过优化的最小数值,文献最高取 ...

使用PREC = Accurate极可能是毫无必要的。使用PREC=normal. 实在不放心，可以计算完毕的时候，再用PREC = Accurate来检验。但这多数情况下是毫无必要的。
ENCUT先取默认值。在用默认值计算完毕后，再提高ENCUT来测试一下。

IBRION = 3
POTIM = 0.1
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -0.01  或-0.02
默认的优化方法最稳定。

影响精度的决定因素是，kpoint是否足够多，力的收敛程度，镜像的数量是否足够多。

比起PREC = Accurate和提高ENCUT，显然EDIFFG = -0.01是更重要的。一般默认的ENCUT就足够。测试方法，不是去测试它的能量是否改变。而是直接测试ENCUT的改变是否直接影响你计算出来的势垒。这样可以极大地避免使用不必要大的ENCUT.
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9楼2012-05-31 00:42:40
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gump_813276

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-06-13 07:57:21
cenwanglai(金币+3):呵呵,希望再看看下面一条. 2010-06-13 09:53:44
个人感觉你的INCAR不太适合做NEB
根据vtstcode的说明 我觉得这个INCAR比较合理 收敛也会比较快 主要
的区别是用了global lbfgs method（IOPT=1）去优化反应路径
如果觉得自己的初始guess比较好的话 可以将invcurv提高到0.05
或者先用0.01做几步 然后用新的初始路径提交并将invcurv提高到0.05
其他的没什么了 就是把一些默认值写出来 感觉更清楚一点

另外优化一般vasp计算速度的参数也尽量加
比如LPLANE=.TRUE. ;NSIM=4

试试看

ENCUT = 480 !经过优化的最小数值,文献最高取500
NPAR = 2
LPLANE=.TRUE.;NSIM=4
NELMIN = 5
EDIFF = 1E-4
EDIFFG = -0.05
LREAL = Auto
NSW = 60
GGA = 91
IBRION=3
POTIM = 0.0 !经过多次测试计算,感觉比较合理
ICHAIN=0
IMAGES = 3
SPRING = -5 ! NEB 方法
LCLIMB=.TRUE.
IOPT=1 #global lbfgs method
LGLOBAL=.TRUE.
MAXMOVE=0.2 # max step
INVCURV=0.01 # initial curvature


ISMEAR =0
VOSKOWN =1
PREC = Accurate
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2楼2010-06-13 00:05:08
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by gump_813276 at 2010-06-13 00:05:08:
个人感觉你的INCAR不太适合做NEB
根据vtstcode的说明 我觉得这个INCAR比较合理 收敛也会比较快 主要
的区别是用了global lbfgs method（IOPT=1）去优化反应路径
如果觉得自己的初始guess比较好的话 可以将in ...

谢谢你的回复,呵呵.

我用的是NEB,不是CNEB.

有四个小疑问:

(1) IBRION =3  要比IBRION =1快一些?
我感觉,较快的迭代方法每(离子)步的时间要短一些,但总的迭代部数可能要多一些.没有实证,观察了几个算例,可能不具有普遍性.

(2)NEB与CNEB相比,可能找到的能量最高点并不是真正的能量最高点.但是如果只关心能垒的话,NEB是不是也够呢?比如IMAGES=3的话,中间点的能量可能就已经非常接近过度态了.但从构型上看,CNEB与NEB差别是不是较大呢?比如过度态的键长和角度?

(3)POTIM=0.0?是笔误还是有意?这样设置的物理意义是什么?

(4)怎么减少image?如果用CNEB只算一个image怎么样?
手册上说用坚持用最少的image.那么,第一次在00与02之间只用一个imageA,第二次在00与imageA之间再插入一个imageB,第三次在imageA与02之间插如一个imageC;这样计算的结果与image=3,一次在00与02之间插入imageB,imageA ,imageC是不是等效的?

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-13 at 09:50 ]
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3楼2010-06-13 09:47:39
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gump_813276

铜虫 (小有名气)
cenwanglai(金币+8):呵呵,4*2.意思意思.欢迎常来第一性原理. 2010-06-13 10:45:27
cenwanglai(金币+2):这个是斑竹身份,呵呵,不是自己的省着点花. 2010-06-13 10:47:35
1. IBRION=3 + POTIM=0.0 实际上是把vasp自带的优化算法关掉 实际使用的是IOPT=1
    这些参数的意义需要看http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/optimizers/
2. 实际上用CI-NEB要比普通的NEB收敛性好一些 而且计算的能垒更准确 过渡态的构型更准
3. 见1
4. 只要路径收敛就应该是等效的 还是建议你用CI-NEB 我觉得比较好的办法是先用一个image 算CI-NEB 收敛之后在过渡态的两边各插一个或者两个点 一共3个或5个image 再进行一次计算 可以得到反应路径的粗略信息 关键是还可以观察在两个local minimal 之间是不是还有中间的local minimal. 如果有的话最好把路径分开成两个计算
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4楼2010-06-13 10:27:10
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