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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助成功】怎么样提高NEB计算速度?

怎么样设置才能提高计算速度?原来算image=1,五天了还没有收敛.今天开始image=3,不知道要几天.算过的给点指导意见.

呵呵,硬件条件受限制
55个原子的slab

INCAR:
ENCUT = 480 !经过优化的最小数值,文献最高取500
NPAR = 2
NELMIN = 5
EDIFF = 1E-4
EDIFFG = -0.05
LREAL = Auto
NSW = 60
GGA = 91
POTIM = 0.3 !经过多次测试计算,感觉比较合理
IMAGES = 3
SPRING = -5 ! NEB 方法
IBRION = 1
ISMEAR =0
VOSKOWN =1
PREC = Accurate

硬件:单机E5410两颗,8核,8G内存. OS red hat enterprise linux 5.2

Kpoints:

Auto
0
M-K
2 2 1
0 0 0

内存使用率90%, 六核并行

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-14 at 09:50 ]

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1楼2010-06-12 21:31:28

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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:

Originally posted by gump_813276 at 2010-06-13 00:05:08:
个人感觉你的INCAR不太适合做NEB
根据vtstcode的说明我觉得这个INCAR比较合理收敛也会比较快主要
的区别是用了global lbfgs method（IOPT=1）去优化反应路径
如果觉得自己的初始guess比较好的话可以将in ...

谢谢你的回复,呵呵.

我用的是NEB,不是CNEB.

有四个小疑问:

(1) IBRION =3 要比IBRION =1快一些?
我感觉,较快的迭代方法每(离子)步的时间要短一些,但总的迭代部数可能要多一些.没有实证,观察了几个算例,可能不具有普遍性.

(2)NEB与CNEB相比,可能找到的能量最高点并不是真正的能量最高点.但是如果只关心能垒的话,NEB是不是也够呢?比如IMAGES=3的话,中间点的能量可能就已经非常接近过度态了.但从构型上看,CNEB与NEB差别是不是较大呢?比如过度态的键长和角度?

(3)POTIM=0.0?是笔误还是有意?这样设置的物理意义是什么?

(4)怎么减少image?如果用CNEB只算一个image怎么样?
手册上说用坚持用最少的image.那么,第一次在00与02之间只用一个imageA,第二次在00与imageA之间再插入一个imageB,第三次在imageA与02之间插如一个imageC;这样计算的结果与image=3,一次在00与02之间插入imageB,imageA ,imageC是不是等效的?

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-13 at 09:50 ]

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3楼2010-06-13 09:47:39

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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

如果只计算NEB,可不可以不下载vststool来编译?vasp4.6自带的NEB与编译进vststool中的NEB差别除了clneb外还有什么?

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5楼2010-06-13 16:49:11

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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:

Originally posted by gump_813276 at 2010-06-13 10:27:10:
1. IBRION=3 + POTIM=0.0 实际上是把vasp自带的优化算法关掉实际使用的是IOPT=1
这些参数的意义需要看http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/optimizers/
2. 实际上用CI-NEB要比普通的NEB收敛 ...

呵呵,今天打算下载vststool来编译.有五个模块呢,NEB,dynamical matrix,dimer,optimizer,Lanczos.

可以介绍一下心得不?编译进入后算NEB速度和效果上有什么提高?

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6楼2010-06-13 16:55:05

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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:

Originally posted by gump_813276 at 2010-06-13 17:10:31:
你没用vtsttool算NEB啊。。。
这个应该比vasp自带的EB好用多了
是做NEB算法的人些的在原始的NEB上做了很多改进优化可以看看他们的文章在那个网站上都有
自己感觉下吧

编译好了,重新安装过.跑一夜看看先.

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8楼2010-06-13 22:33:03

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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:

1179136楼: Originally posted by huangguiyang at 2012-05-31 00:42:40
使用PREC = Accurate极可能是毫无必要的。使用PREC=normal. 实在不放心，可以计算完毕的时候，再用PREC = Accurate来检验。但这多数情况下是毫无必要的。
ENCUT先取默认值。在用默认值计算完毕后，再提高ENCUT来测 ...

谢谢你的回复~

已经用上CNEB了。

ENCUT是用原胞测试过的。现在如果为了算过渡态修改ENCUT，初始结构有产物结构是不是都需要重新优化和计算能量呢？

对计算速度的影响，ISPIN=2/1与ENCUT哪个更大呢？

[ Last edited by cenwanglai on 2012-5-31 at 09:28 ]

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11楼2012-05-31 09:25:07

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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:

1179165楼: Originally posted by huangguiyang at 2012-05-31 21:04:12
在已经优化的基础上再优化一下，速度很快的。

ISPIN其实也是要先测试一下有没有必要。

先不开自旋，再在它基础上开自旋来测试一下，会快很多。...

在NEB开始的时候，可以关掉自旋。如果只关心相对能量，可能自旋是可以忽略的。

对于本身有单电子的体系，打开自旋原则上是不是更合理呢？

在分析电子结构的时候，如分析态密度的时候，似乎一般都是考虑自旋。

一个体系里面，或者一篇文章中，有时考虑自旋，有时又不考虑，似乎不是很合适。

这中情况下，有什么套路可以遵循的吗？

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13楼2012-05-31 21:19:09

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