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[交流]
【求助成功】怎么样提高NEB计算速度?
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怎么样设置才能提高计算速度?原来算image=1,五天了还没有收敛.今天开始image=3,不知道要几天.算过的给点指导意见. 呵呵,硬件条件受限制 55个原子的slab INCAR: ENCUT = 480 !经过优化的最小数值,文献最高取500 NPAR = 2 NELMIN = 5 EDIFF = 1E-4 EDIFFG = -0.05 LREAL = Auto NSW = 60 GGA = 91 POTIM = 0.3 !经过多次测试计算,感觉比较合理 IMAGES = 3 SPRING = -5 ! NEB 方法 IBRION = 1 ISMEAR =0 VOSKOWN =1 PREC = Accurate 硬件:单机E5410两颗,8核,8G内存. OS red hat enterprise linux 5.2 Kpoints: Auto 0 M-K 2 2 1 0 0 0 内存使用率90%, 六核并行 [ Last edited by cenwanglai on 2010-6-14 at 09:50 ] |
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 第一性原理和电化学 | VASP计算资料收集byZF | 模拟，理论 | vasp计算总结 |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-06-13 07:57:21
cenwanglai(金币+3):呵呵,希望再看看下面一条. 2010-06-13 09:53:44
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-06-13 07:57:21
cenwanglai(金币+3):呵呵,希望再看看下面一条. 2010-06-13 09:53:44
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个人感觉你的INCAR不太适合做NEB 根据vtstcode的说明 我觉得这个INCAR比较合理 收敛也会比较快 主要 的区别是用了global lbfgs method（IOPT=1）去优化反应路径 如果觉得自己的初始guess比较好的话 可以将invcurv提高到0.05 或者先用0.01做几步 然后用新的初始路径提交并将invcurv提高到0.05 其他的没什么了 就是把一些默认值写出来 感觉更清楚一点 另外优化一般vasp计算速度的参数也尽量加 比如LPLANE=.TRUE. ;NSIM=4 试试看 ENCUT = 480 !经过优化的最小数值,文献最高取500 NPAR = 2 LPLANE=.TRUE.;NSIM=4 NELMIN = 5 EDIFF = 1E-4 EDIFFG = -0.05 LREAL = Auto NSW = 60 GGA = 91 IBRION=3 POTIM = 0.0 !经过多次测试计算,感觉比较合理 ICHAIN=0 IMAGES = 3 SPRING = -5 ! NEB 方法 LCLIMB=.TRUE. IOPT=1 #global lbfgs method LGLOBAL=.TRUE. MAXMOVE=0.2 # max step INVCURV=0.01 # initial curvature ISMEAR =0 VOSKOWN =1 PREC = Accurate  |
2楼2010-06-13 00:05:08
cenwanglai(金币+8):呵呵,4*2.意思意思.欢迎常来第一性原理. 2010-06-13 10:45:27
cenwanglai(金币+2):这个是斑竹身份,呵呵,不是自己的省着点花. 2010-06-13 10:47:35
cenwanglai(金币+2):这个是斑竹身份,呵呵,不是自己的省着点花. 2010-06-13 10:47:35
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1. IBRION=3 + POTIM=0.0 实际上是把vasp自带的优化算法关掉 实际使用的是IOPT=1 这些参数的意义需要看http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/optimizers/ 2. 实际上用CI-NEB要比普通的NEB收敛性好一些 而且计算的能垒更准确 过渡态的构型更准 3. 见1 4. 只要路径收敛就应该是等效的 还是建议你用CI-NEB 我觉得比较好的办法是先用一个image 算CI-NEB 收敛之后在过渡态的两边各插一个或者两个点 一共3个或5个image 再进行一次计算 可以得到反应路径的粗略信息 关键是还可以观察在两个local minimal 之间是不是还有中间的local minimal. 如果有的话最好把路径分开成两个计算 |
4楼2010-06-13 10:27:10
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
贺仪: 金币+2, 谢谢指教！ 2012-05-31 08:32:58
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贺仪: 金币+2, 谢谢指教！ 2012-05-31 08:32:58
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使用PREC = Accurate极可能是毫无必要的。使用PREC=normal. 实在不放心，可以计算完毕的时候，再用PREC = Accurate来检验。但这多数情况下是毫无必要的。 ENCUT先取默认值。在用默认值计算完毕后，再提高ENCUT来测试一下。 IBRION = 3 POTIM = 0.1 EDIFF = 1E-5 EDIFFG = -0.01 或-0.02 默认的优化方法最稳定。 影响精度的决定因素是，kpoint是否足够多，力的收敛程度，镜像的数量是否足够多。 比起PREC = Accurate和提高ENCUT，显然EDIFFG = -0.01是更重要的。一般默认的ENCUT就足够。测试方法，不是去测试它的能量是否改变。而是直接测试ENCUT的改变是否直接影响你计算出来的势垒。这样可以极大地避免使用不必要大的ENCUT. |
9楼2012-05-31 00:42:40
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谢谢你的回复,呵呵. 我用的是NEB,不是CNEB. 有四个小疑问: (1) IBRION =3 要比IBRION =1快一些? 我感觉,较快的迭代方法每(离子)步的时间要短一些,但总的迭代部数可能要多一些.没有实证,观察了几个算例,可能不具有普遍性. (2)NEB与CNEB相比,可能找到的能量最高点并不是真正的能量最高点.但是如果只关心能垒的话,NEB是不是也够呢?比如IMAGES=3的话,中间点的能量可能就已经非常接近过度态了.但从构型上看,CNEB与NEB差别是不是较大呢?比如过度态的键长和角度? (3)POTIM=0.0?是笔误还是有意?这样设置的物理意义是什么? (4)怎么减少image?如果用CNEB只算一个image怎么样? 手册上说用坚持用最少的image.那么,第一次在00与02之间只用一个imageA,第二次在00与imageA之间再插入一个imageB,第三次在imageA与02之间插如一个imageC;这样计算的结果与image=3,一次在00与02之间插入imageB,imageA ,imageC是不是等效的? [ Last edited by cenwanglai on 2010-6-13 at 09:50 ] |
3楼2010-06-13 09:47:39
5楼2010-06-13 16:49:11
6楼2010-06-13 16:55:05
7楼2010-06-13 17:10:31
8楼2010-06-13 22:33:03
10楼2012-05-31 00:45:00
11楼2012-05-31 09:25:07
12楼2012-05-31 21:04:12
13楼2012-05-31 21:19:09
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+5, 谢谢你的回复~，受益了. 2012-05-31 22:12:46
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+5, 谢谢你的回复~，受益了. 2012-05-31 22:12:46
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体系是否有磁性？ 如果不是那些磁性原子（例如是Fe）,那么一般是不用开自旋的。 即使体系含有磁性原子，也可以测试一下对于实际计算来说，开自旋和不开自旋的结果的差别大不大。 如果差异足够小，在精度要求范围内，那就不开自旋就行。 在很多情况下，即使出现轻微的磁矩，例如表面的情况下，造成的区别太小，也没必要开自旋。这可以通过实际计算测试来决定是否应该开自旋 。 即使在真的需要开自旋的情况下，不开自旋的结构也可以成为优化的始点，从而减小计算量。 如果你测试的结果，发现没必要开自旋。那么你就说明根据测试，开自旋不会影响结果，然后就用不开自旋的结果就行。如果发现有必要开自旋，那么你就采用开自旋的结果，同时也可以比较一下开自旋和不开自旋结果的差别。由于不开自旋的结果只是作为第一步，所以看起来好像你算多了不开自旋的情况，实际上，这反而减小了计算量。 |
14楼2012-05-31 22:03:28
15楼2012-05-31 22:26:14
16楼2012-05-31 22:45:22
17楼2012-06-01 22:18:50
18楼2012-06-01 22:24:21
19楼2014-02-18 15:15:18
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