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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助成功】怎么样提高NEB计算速度?
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助成功】怎么样提高NEB计算速度?

怎么样设置才能提高计算速度?原来算image=1,五天了还没有收敛.今天开始image=3,不知道要几天.算过的给点指导意见.

呵呵,硬件条件受限制
55个原子的slab

INCAR:
ENCUT = 480 !经过优化的最小数值,文献最高取500
NPAR = 2
NELMIN = 5
EDIFF = 1E-4
EDIFFG = -0.05
LREAL = Auto
NSW = 60
GGA = 91
POTIM = 0.3 !经过多次测试计算,感觉比较合理
IMAGES = 3
SPRING = -5 ! NEB 方法
IBRION = 1
ISMEAR =0
VOSKOWN =1
PREC = Accurate

硬件:单机E5410两颗,8核,8G内存. OS red hat enterprise linux 5.2

Kpoints:

Auto
0
M-K
2 2 1
0 0 0


内存使用率90%, 六核并行

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-14 at 09:50 ]
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1楼2010-06-12 21:31:28
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huangguiyang

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
贺仪: 金币+2, 谢谢指教！ 2012-05-31 08:32:58
引用回帖:
595223楼: Originally posted by cenwanglai at 2010-06-12 21:31:28
怎么样设置才能提高计算速度?原来算image=1,五天了还没有收敛.今天开始image=3,不知道要几天.算过的给点指导意见.

呵呵,硬件条件受限制
55个原子的slab

INCAR:
ENCUT = 480 !经过优化的最小数值,文献最高取 ...

使用PREC = Accurate极可能是毫无必要的。使用PREC=normal. 实在不放心，可以计算完毕的时候，再用PREC = Accurate来检验。但这多数情况下是毫无必要的。
ENCUT先取默认值。在用默认值计算完毕后，再提高ENCUT来测试一下。

IBRION = 3
POTIM = 0.1
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -0.01  或-0.02
默认的优化方法最稳定。

影响精度的决定因素是，kpoint是否足够多，力的收敛程度，镜像的数量是否足够多。

比起PREC = Accurate和提高ENCUT，显然EDIFFG = -0.01是更重要的。一般默认的ENCUT就足够。测试方法，不是去测试它的能量是否改变。而是直接测试ENCUT的改变是否直接影响你计算出来的势垒。这样可以极大地避免使用不必要大的ENCUT.
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9楼2012-05-31 00:42:40
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huangguiyang

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606459楼: Originally posted by cenwanglai at 2010-06-13 09:47:39
谢谢你的回复,呵呵.

我用的是NEB,不是CNEB.

有四个小疑问:

(1) IBRION =3  要比IBRION =1快一些?
我感觉,较快的迭代方法每(离子)步的时间要短一些,但总的迭代部数可能要多一些.没有实证,观察了几个算 ...

建议还是去装个CINEB, 它可以减小计算量，提高精度，而且稳定性和速度都增加了。

POTIM=0, 你去看看CINEB页面的说明书就知道了。是配合另外的优化方法IOPT=1来使用的。
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10楼2012-05-31 00:45:00
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huangguiyang

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cenwanglai: 金币+5, 谢谢回复！ 2012-05-31 21:14:07
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1179141楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-05-31 09:25:07
谢谢你的回复~

已经用上CNEB了。

ENCUT是用原胞测试过的。现在如果为了算过渡态修改ENCUT，初始结构有产物结构是不是都需要重新优化和计算能量呢？

对计算速度的影响，ISPIN=2/1与ENCUT哪个更大呢？
...

在已经优化的基础上再优化一下，速度很快的。

ISPIN其实也是要先测试一下有没有必要。

先不开自旋，再在它基础上开自旋来测试一下，会快很多。
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12楼2012-05-31 21:04:12
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huangguiyang

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cenwanglai: 金币+5, 谢谢你的回复~，受益了. 2012-05-31 22:12:46
引用回帖:
1179166楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-05-31 21:19:09
在NEB开始的时候，可以关掉自旋。如果只关心相对能量，可能自旋是可以忽略的。

对于本身有单电子的体系，打开自旋原则上是不是更合理呢？

在分析电子结构的时候，如分析态密度的时候，似乎一般都是考虑自旋。 ...

体系是否有磁性？

如果不是那些磁性原子（例如是Fe）,那么一般是不用开自旋的。

即使体系含有磁性原子，也可以测试一下对于实际计算来说，开自旋和不开自旋的结果的差别大不大。

如果差异足够小，在精度要求范围内，那就不开自旋就行。

在很多情况下，即使出现轻微的磁矩，例如表面的情况下，造成的区别太小，也没必要开自旋。这可以通过实际计算测试来决定是否应该开自旋 。

即使在真的需要开自旋的情况下，不开自旋的结构也可以成为优化的始点，从而减小计算量。

如果你测试的结果，发现没必要开自旋。那么你就说明根据测试，开自旋不会影响结果，然后就用不开自旋的结果就行。如果发现有必要开自旋，那么你就采用开自旋的结果，同时也可以比较一下开自旋和不开自旋结果的差别。由于不开自旋的结果只是作为第一步，所以看起来好像你算多了不开自旋的情况，实际上，这反而减小了计算量。
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14楼2012-05-31 22:03:28
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huangguiyang

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1179170楼: Originally posted by zhangfan2192 at 2012-05-31 22:26:14
你好，看了你前面的回复，觉得你应该对vasp 计算过渡态挺熟悉的，不知道你对于 先用低精度NEB计算一遍，再用dimer方法找过渡态有什么看法。或者能否把你计算过渡态的常用步骤，及对应的INCAR文件 贴出来，供新手参 ...

用CI-NEB来算会比较好。

毕竟用dimer来算，路径的信息是缺乏的。也不一定能减小计算量。

CI-NEB可以对整条路径有较全面的了解，而且可以通过增加镜像数目来提高精度，或检验是否镜像足够多。

可以先用较少镜像来算，然后在它的基础上增加镜像来算。

当你检查了路径，而且达到较好的收敛性的时候，你就会对结果比较自信了。不会像dimer那样，存在疑虑，担心找到的是否真的是鞍点。怀疑是否是路径上的最高点能量。
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16楼2012-05-31 22:45:22
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
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1179228楼: Originally posted by lgxyz at 2012-06-01 22:18:50
"IBRION = 3
POTIM = 0.1
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = -0.01  或-0.02
默认的优化方法最稳定"

请问如果EDIFF=1E-4  EDIFFG=-0.05 会不会在不影响精度的情况下，提高计算速度呢？...

“EDIFF=1E-4  EDIFFG=-0.05”本来就只是精度标准。

只是精度有点低。

删除PREC=Accurate对提高速度影响最大的了。
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18楼2012-06-01 22:24:21
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