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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助成功】怎么样提高NEB计算速度?

怎么样设置才能提高计算速度?原来算image=1,五天了还没有收敛.今天开始image=3,不知道要几天.算过的给点指导意见.

呵呵,硬件条件受限制
55个原子的slab

INCAR:
ENCUT = 480 !经过优化的最小数值,文献最高取500
NPAR = 2
NELMIN = 5
EDIFF = 1E-4
EDIFFG = -0.05
LREAL = Auto
NSW = 60
GGA = 91
POTIM = 0.3 !经过多次测试计算,感觉比较合理
IMAGES = 3
SPRING = -5 ! NEB 方法
IBRION = 1
ISMEAR =0
VOSKOWN =1
PREC = Accurate

硬件:单机E5410两颗,8核,8G内存. OS red hat enterprise linux 5.2

Kpoints:

Auto
0
M-K
2 2 1
0 0 0

内存使用率90%, 六核并行

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-14 at 09:50 ]

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1楼 2010-06-12 21:31:28

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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:

Originally posted by gump_813276 at 2010-06-13 00:05:08:
个人感觉你的INCAR不太适合做NEB
根据vtstcode的说明我觉得这个INCAR比较合理收敛也会比较快主要
的区别是用了global lbfgs method（IOPT=1）去优化反应路径
如果觉得自己的初始guess比较好的话可以将in ...

谢谢你的回复,呵呵.

我用的是NEB,不是CNEB.

有四个小疑问:

(1) IBRION =3 要比IBRION =1快一些?
我感觉,较快的迭代方法每(离子)步的时间要短一些,但总的迭代部数可能要多一些.没有实证,观察了几个算例,可能不具有普遍性.

(2)NEB与CNEB相比,可能找到的能量最高点并不是真正的能量最高点.但是如果只关心能垒的话,NEB是不是也够呢?比如IMAGES=3的话,中间点的能量可能就已经非常接近过度态了.但从构型上看,CNEB与NEB差别是不是较大呢?比如过度态的键长和角度?

(3)POTIM=0.0?是笔误还是有意?这样设置的物理意义是什么?

(4)怎么减少image?如果用CNEB只算一个image怎么样?
手册上说用坚持用最少的image.那么,第一次在00与02之间只用一个imageA,第二次在00与imageA之间再插入一个imageB,第三次在imageA与02之间插如一个imageC;这样计算的结果与image=3,一次在00与02之间插入imageB,imageA ,imageC是不是等效的?

[ Last edited by cenwanglai on 2010-6-13 at 09:50 ]

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3楼2010-06-13 09:47:39

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gump_813276

铜虫 (小有名气)

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★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2):谢谢指导 2010-06-13 07:57:21
cenwanglai(金币+3):呵呵,希望再看看下面一条. 2010-06-13 09:53:44

个人感觉你的INCAR不太适合做NEB
根据vtstcode的说明我觉得这个INCAR比较合理收敛也会比较快主要
的区别是用了global lbfgs method（IOPT=1）去优化反应路径
如果觉得自己的初始guess比较好的话可以将invcurv提高到0.05
或者先用0.01做几步然后用新的初始路径提交并将invcurv提高到0.05
其他的没什么了就是把一些默认值写出来感觉更清楚一点

另外优化一般vasp计算速度的参数也尽量加
比如LPLANE=.TRUE. ;NSIM=4

试试看

ENCUT = 480 !经过优化的最小数值,文献最高取500
NPAR = 2
LPLANE=.TRUE.;NSIM=4
NELMIN = 5
EDIFF = 1E-4
EDIFFG = -0.05
LREAL = Auto
NSW = 60
GGA = 91
IBRION=3
POTIM = 0.0 !经过多次测试计算,感觉比较合理
ICHAIN=0
IMAGES = 3
SPRING = -5 ! NEB 方法
LCLIMB=.TRUE.
IOPT=1 #global lbfgs method
LGLOBAL=.TRUE.
MAXMOVE=0.2 # max step
INVCURV=0.01 # initial curvature

ISMEAR =0
VOSKOWN =1
PREC = Accurate

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2楼2010-06-13 00:05:08

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gump_813276

铜虫 (小有名气)

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cenwanglai(金币+8):呵呵,4*2.意思意思.欢迎常来第一性原理. 2010-06-13 10:45:27
cenwanglai(金币+2):这个是斑竹身份,呵呵,不是自己的省着点花. 2010-06-13 10:47:35

1. IBRION=3 + POTIM=0.0 实际上是把vasp自带的优化算法关掉实际使用的是IOPT=1
这些参数的意义需要看http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/optimizers/
2. 实际上用CI-NEB要比普通的NEB收敛性好一些而且计算的能垒更准确过渡态的构型更准
3. 见1
4. 只要路径收敛就应该是等效的还是建议你用CI-NEB 我觉得比较好的办法是先用一个image 算CI-NEB 收敛之后在过渡态的两边各插一个或者两个点一共3个或5个image 再进行一次计算可以得到反应路径的粗略信息关键是还可以观察在两个local minimal 之间是不是还有中间的local minimal. 如果有的话最好把路径分开成两个计算

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4楼2010-06-13 10:27:10

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