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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】序列比对中的问题
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sunhongjuan

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】序列比对中的问题 已有7人参与

我在对20种灰霉菌的ITS序列进行比对后，为什么开头部分和结尾部分有很多序列不能配对，请大家指教这是什么原因造成的？
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1楼 2010-06-06 20:34:09
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gaiyf

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+2):最近很活跃。 2010-06-06 21:01:49
那时侧序的问题，一般的测序在开始和最后几个碱基都是不是很准确的，不过这是不用担心的，不会影响到后面的检测
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多看文献，多学知识
2楼2010-06-06 20:38:09
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sunhongjuan

铁虫 (初入文坛)

再次请教

谢谢楼上了。想再请教一下，这种结果有没有可能是种内的变异造成的
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3楼2010-06-07 09:22:08
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
一般开始的部分序列肯定是不准确的，无法用来做研究的。但是如果你是将序列构建克隆后测序，那就很准确了。
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4楼2010-06-07 14:41:47
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ben1147

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):热心的虫子~~ 2010-06-07 14:49:39
引用回帖:
Originally posted by sunhongjuan at 2010-06-07 09:22:08:
谢谢楼上了。想再请教一下，这种结果有没有可能是种内的变异造成的

需要分段多次测序，结果拼接起来，确定是事实存在的差异，而不是测序不准，然后才能谈得上分析可能性
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5楼2010-06-07 14:47:13
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sunhongjuan

铁虫 (初入文坛)
谢谢您的帮助，使我理清了思路来解决这一问题
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6楼2010-06-07 19:49:27
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gaiyf

金虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by sunhongjuan at 2010-06-07 09:22:08:
谢谢楼上了。想再请教一下，这种结果有没有可能是种内的变异造成的

也有可能，但是我在做细菌和真菌的时候都是不考虑这个问题的
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多看文献，多学知识
7楼2010-06-07 19:52:41
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yinbo2002

银虫 (小有名气)

克隆测序会更准确!

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你要想准确了解片段信息，还是要克隆测序。
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8楼2010-06-07 22:31:29
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段家一凡

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):解释的不错，欢迎多多交流~~ 2010-06-16 10:59:56
引用回帖:
Originally posted by yinbo2002 at 2010-06-07 22:31:29:
你要想准确了解片段信息，还是要克隆测序。

克隆测序也会不准，单个克隆不能代表整体，有可能你测得克隆刚好是突变的。PCR产物有突变的可能。准确的还是用PCR产物来测，ITS一般也就500-600bp，从两端测序，都可以测到另一个末端，开始几十个碱基一般不准，但600个碱基内还是准确的，在拼接起来就可以了。PCR产物的优势是即使部分的片段某一位点发生了突变，但是绝大部分的还是对的，读出的信号还是正确的碱基。但如果用克隆测的话，错就错了。
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9楼2010-06-08 01:39:56
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sunhongjuan

铁虫 (初入文坛)
dhd997:欢迎多来交流，节日快乐。 2010-06-16 09:59:25
感谢大家的回复，对我太有用了
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10楼2010-06-10 16:40:23
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