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sunhongjuan

铁虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助/交流】序列比对中的问题已有7人参与

我在对20种灰霉菌的ITS序列进行比对后，为什么开头部分和结尾部分有很多序列不能配对，请大家指教这是什么原因造成的？

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1楼 2010-06-06 20:34:09

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

段家一凡

木虫 (正式写手)

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★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+2):解释的不错，欢迎多多交流~~ 2010-06-16 10:59:56

引用回帖:

Originally posted by yinbo2002 at 2010-06-07 22:31:29:
你要想准确了解片段信息，还是要克隆测序。

克隆测序也会不准，单个克隆不能代表整体，有可能你测得克隆刚好是突变的。PCR产物有突变的可能。准确的还是用PCR产物来测，ITS一般也就500-600bp，从两端测序，都可以测到另一个末端，开始几十个碱基一般不准，但600个碱基内还是准确的，在拼接起来就可以了。PCR产物的优势是即使部分的片段某一位点发生了突变，但是绝大部分的还是对的，读出的信号还是正确的碱基。但如果用克隆测的话，错就错了。

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