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曹艳辉

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】为什么内切酶总是切不开我的DNA已有11人参与

为什么内切酶总是切不开我的DNA,我用了好多种酶进行酶切,但是最后还是切不开,是怎么回事啊?请哪位高手指点一下。
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KAMA-what done is done!
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liyong1981

金虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
很多也切不动?你水有没有问题啊,再有,你DNA是什么?质粒?基因组?说不清无真相~
2楼2010-05-31 11:10:35
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goodwish

木虫 (正式写手)

木虫书呆子


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
说清楚一点,这样没法回答。你用的是什么样的DNA,从哪儿的来的,酶是什么牌子的。
生命的海洋里,我是蓝色的一滴
3楼2010-05-31 11:16:47
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jasco

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
9494,什么dna,怎么得到的,用什么酶,怎么切的。。。。。
4楼2010-05-31 11:31:18
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fungixx

至尊木虫 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
不太明确啊,切质粒还是基因组。。。。
几年前踏上火车那一刻都还没有意识到,从此故乡只有冬夏,再无春秋
5楼2010-05-31 11:33:08
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ququr008

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+4):good! 2010-05-31 12:50:34
影响因素很多:

下面是一道考研题及答案,请参考。

影响限制性内切核酸酶活性的因素

1 DNA纯度
在DNA样品中若含有蛋白质,或没有去除干净制备过程中所用的乙醇、EDTA、SDS、酚、氯仿和某些高浓度金属离子,均会降低限制酶的催化活性,甚至使限制酶不起作用。

2 核酸内切限制酶的缓冲液
核酸内切限制酶的标准缓冲液包括氯化镁、氯化钠或氯化钾、Tris-HCL、巯基乙醇或二硫苏糖醇(DTT)以及牛血清白蛋白(BSA)等。
使用所有限制酶均可发挥活性的一种缓冲液。
不同限制性内切酶对NaCl浓度的要求不同,这是不同限制酶缓冲液组成上的一个主要的不同。据此可分为高盐、中盐和低盐缓冲液,在进行双酶解或多酶解时,若这些酶切割可在同种缓冲液中作用良好,则几种酶可同时酶切;若这些酶所要求的缓冲液有所不同,可采用以下三种方法进行消化反应:先用要求低盐缓冲液的限制性内切酶消化DNA,然后补足适量的NaCl,再用要求高盐缓冲液的限制酶消化;
先用一种酶进行酶解,然后用乙醇沉淀酶解产物,再重悬于另一缓冲液中进行第二次酶解。

3 酶切消化反应的温度
DNA消化反应的温度,是影响限制内切酶活性的一个重要因素。不同的核酸内切限制酶,具有各自的最适反应温度。多数限制内切酶的最适反应温度是37℃,少数限制性内切酶的最适反应温度高于或低于37℃。

4 DNA的分子结构
DNA分子构型对核酸内切限制酶的活性有很大影响,如消化超螺旋的DNA比消化线性DNA用酶量要高出许多倍。
有些限制酶在消化它们自己的处于不同部位的限制位点,其效率也有明显差异。
限制性内切酶反应的终止 通常是采用65℃条件下温浴5min;
加终止反应液(如0.5mol/L的EDTA使之在溶液中的终浓度达到10 mol/L)螯合Mg2+,以终止反应。
6楼2010-05-31 12:13:26
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天空与飞鸟

金虫 (正式写手)


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长见识了
7楼2010-05-31 13:04:57
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曹艳辉

新虫 (初入文坛)

首先谢谢各位好心人了!我是用苯酚氯仿混合抽提两次,-20度无水乙醇沉淀一小时,75%乙醇再沉淀,用双蒸水悬浮的染色体,我的基因组是放线菌的,最终提取的基因组蛋白质含量很高,怎样才能降解这些蛋白质啊?
KAMA-what done is done!
8楼2010-05-31 13:24:31
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ben1147

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
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scelab(金币+5):正解~~~ 2010-05-31 22:36:07
引用回帖:
Originally posted by 曹艳辉 at 2010-05-31 13:24:31:
首先谢谢各位好心人了!我是用苯酚氯仿混合抽提两次,-20度无水乙醇沉淀一小时,75%乙醇再沉淀,用双蒸水悬浮的染色体,我的基因组是放线菌的,最终提取的基因组蛋白质含量很高,怎样才能降解这些蛋白质啊?

氯仿抽提两次怎么会还有很多蛋白呢?吸上清的时候吸到中间层了?

酚:氯仿抽提完以后要拿氯仿单独抽一次,把水相中残余的酚抽提掉(苯酚微溶于水)

如果确认样品里蛋白多的话,用蛋白酶K消化一下,再用酚氯仿、氯仿抽提。

感觉提DNA的步骤可能有问题,不应该有这么多蛋白的。前面提取的步骤里有没有用溶菌酶或者蛋白酶?

另外乙醇沉淀以后75%乙醇洗的时候尽量把沉淀悬起来,再多泡一会,还可以洗两次,每次都要把上次残余的液体吸干净,尽量把盐离子除的干净一点,防止影响酶切体系的离子浓度

[ Last edited by ben1147 on 2010-5-31 at 15:24 ]
9楼2010-05-31 15:21:37
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yedwill

新虫 (小有名气)


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建议先用蛋白酶消化后再纯化后酶切
10楼2010-05-31 15:22:39
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