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sai00fuji

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[交流] 【求助/交流】codehop设计的引物怎么修改？已有7人参与

codehop设计的引物在5‘端没有简并，这是他的特点。。。
导师说5’端还是要做简并的，毕竟有几个位置不同的碱基是1：1分布的。我的担心是：这样子做codehop的特点不就没了嘛

想问问大家做codehop的时候是怎么修改引物的

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1楼2010-05-29 14:31:01

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sai00fuji

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有经验的同学们给点建议呀~

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2楼2010-05-29 22:32:38

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longfeng

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不修改，直接用。我的直接就出来了

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3楼2010-05-29 23:00:12

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证明题

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lstt09nk(金币+2):热心虫友~~感谢交流~~ 2010-05-30 13:28:51

试试genefisher~
http://bibiserv.techfak.uni-biel ... er2/submission.html

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4楼2010-05-30 04:52:05

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sai00fuji

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Originally posted by longfeng at 2010-05-29 23:00:12:
不修改，直接用。我的直接就出来了

可是5‘端不是都保守的呀，不改没关系吗

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5楼2010-05-31 21:28:28

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longfeng

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没关系的

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6楼2010-06-07 20:49:56

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szylnl

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Originally posted by longfeng at 2010-05-29 23:00:12:
不修改，直接用。我的直接就出来了

我有一些蛋白肽段，想根据这些设计简并引物，怎么用codehop啊？直接输入后没有结果啊？
谢谢！！！

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用百分之百的努力去做每件事

7楼2011-04-27 19:35:22

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Originally posted by szylnl at 2011-04-27 19:35:22:
我有一些蛋白肽段，想根据这些设计简并引物，怎么用codehop啊？直接输入后没有结果啊？
谢谢！！！

应该要做一个比对，形成Blockmaker 格式的才行

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8楼2011-06-14 17:14:03

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ample1007

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我最近在学习设计CODEHOP简并引物，具体步骤如下：
先在genebank上找到你的目的基因，当然这个基因应该是蛋白基因而不是核酸序列；
接着进行block比对，建议结合clustralW，看保守区的具体位置；
blockmaker下面有CODEHOP链接的按钮，点击进去；
结合文献进行相应参数的设置；
然后look for primer；
然后就出来很多结果，不同的保守区有不同的很多引物序列，前面的是正向引物，互补的是方向引物，直接合成就行。
至于，如何用OLIGO 6对引物进行评估，我现在还不会。
期待高人进行解释！

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9楼2012-09-02 09:12:09

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Crescendo

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引用回帖:

9楼: Originally posted by ample1007 at 2012-09-02 09:12:09
我最近在学习设计CODEHOP简并引物，具体步骤如下：
先在genebank上找到你的目的基因，当然这个基因应该是蛋白基因而不是核酸序列；
接着进行block比对，建议结合clustralW，看保守区的具体位置；
blockmaker下面 ...

朋友你好！我请问一下为什么我通过CODEHOP给出的引物PCR不出来靶标序列？求教！

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日拱一卒，功不唐捐

10楼2014-01-09 18:04:40

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